云忍者村小队来到木叶，转交雷影写的亲笔信给新任火影段藏。另一方面，鸣人与小樱从牙的口中得知，段藏已接替纲手继任火影职务，并同意追杀木叶的逃亡忍者佐助，心急的两人打算前去要求段藏撤回许可。

轻与重打算从鸣人口中问出佐助的相关情报，但鸣人却因为无法出卖伙伴而决定代替佐助挨打，好让轻与重出一口怨气。另一方面，晋升为火影的段藏，从根里面挑选出几位菁英担任护卫，准备出席五影会谈……

五影在村民们的目送下，各自踏上了前往参加会谈的旅程。另一方面，鸣人为了恳求雷影原谅佐助，也和卡卡西与大和一同出发，为了在五影会谈前夕与雷影碰面，他们开始跟踪寒一行人……

鸣人、卡卡西、大和终于和雷影碰面了。鸣人恳求雷影原谅佐助，不要因为抹杀佐助而启动复仇的连锁行动，但雷影却置之不理。另一方面，五影陆续抵达主办会议的铁之国境内，五影会谈将在互相提防的诡异氛围中揭开序幕。

为了与晓对抗，三船呼吁五影组成忍者联合军队，并提议由火影负责联合军队的指挥工作，然而这一切都是段藏的计谋。另一方面，祭为了鸣人的事主动去找小樱谈话，得知鸣人为佐助所做的一切之后，小樱做了一个痛苦的决定。

宇智波斑突然出现在鸣人的面前，并对鸣人一行人述说起发生在鼬身上的真相。另一方面，在铁之国境内，武士们与入侵的鹰的成员展开战斗。正当佐助在搜寻段藏的所在地时，出现在他眼前的，却是满怀愤怒的雷影与云忍者村的忍者们。

鸣人等人从斑的口中得知了关于鼬的真相后，不由得一脸茫然。另一方面，在铁之国境内，雷影对上了想把段藏解决掉的佐助，一场激烈的死斗就此引爆。正当双方酣战之际，风影·我爱罗突然挡在他们两人之间……

佐助施展“须佐能乎”，防御了由我爱罗、手鞠、勘九郎和懒联手发动的总攻击，现场因此遭到破坏，段藏一行人也趁乱离开了会场。虽然佐助想立刻展开追击，但水影却在此时挡住了他的去路。面对水影与土影，佐助再次陷入了新的战局……

宇智波斑向在场的领导人说明“月眼计划”的详情，打算让九只尾兽的源头“十尾”复活，并让自己成为十尾的祭品之力，并用幻术控制全世界，然而各忍者村的领导人却不接受斑的提议，于是斑提出了第四次忍界大战的宣战布告。

在听到宣战布告之后，五影们便推举雷影为领导者，同时组成了忍者联军。并决定立刻向诸侯报告。就在这时候，小樱一行人来到了鸣人他们在铁之国投宿的旅馆前面。小樱表明有重要的事情要对鸣人说，但内容却让鸣人大吃一惊……

杀人蜂与鬼鲛陷入了一场攸关生死的决斗。战斗中杀人蜂的查克拉持续遭到食量奇大无比的鲛肌吞噬，鲛肌的刀身也因此变得更加巨大。另一方面，青一路追踪乘隙逃走的段藏，却不小心身陷风所设下的可怕陷阱。

祭利用分身前来告诉鸣人一行人，小樱无法启齿的真相。因为喜欢佐助，所以小樱决定自己亲手杀死佐助，面对祭这一番话，着实让鸣人哑口无言。此时，我爱罗等人前来告诉他们五影会谈中所发生的事件经过。

接收来自风影一行人的情报后，卡卡西等人也决定了接下来该如何采取行动，然而一连串的变故，让鸣人因过度呼吸而倒下。就在此时，佐助与敌人段藏展开了对峙。佐助想要确认当年命令鼬杀光宇智波一族之事，到底是不是真的。

佐助对段藏施展的攻击无法奏效，反而被段藏所施展的神秘忍术玩弄于股掌之间。原来段藏施展的忍术，是宇智波一族中被视为禁术的瞳术——伊邪那岐。那是一种能够控制虚幻与现实区隔的极致幻术。

佐助与段藏的战斗看似是段藏获胜，但其实佐助早已对其施加了幻术，让段藏不知伊邪那岐的有效时间已过，并因此身受重伤。紧接着，段藏为了达到目的，想尽办法维持自己的生命，于是挟持香燐当人质，没想到却……

小樱确认了佐助的所在位置后，打算亲自去和他做个了结。幸好祭及时出面阻止，众人才得知了小樱的决定。就在双方出现争执之际，没想到小樱竟趁隙迷昏了众人，在她独自前往佐助身边的同时，昔日的回忆也开始一一浮现

鸣人由于过度呼吸症发作，而被迫在旅馆里休息。在鸣人陷入沉思的脑海里，不断浮现从少年时期开始的种种回忆。然而，早已经历过获得的喜悦，与失去的痛苦的鸣人，终于找到自己要的答案……

小樱来到佐助的身边，宣称要与他一起脱离木叶忍者村。于是佐助便要求小樱结束香燐的性命，以证明自己的决心。为了取得佐助的信任，小樱便手握苦无往香燐的身边走去，没想到这竟是佐助打算借机杀了小樱的计谋……

眼看着小樱就要死在佐助手中，幸好鸣人即时赶到化解了危机。身为佐助昔日恩师的卡卡西，打算与佐助单打独斗，但却遭到鸣人趁隙阻止。鸣人与佐助毫不留情的施展招式，强力的螺旋丸与千鸟擦出激烈的火花。

“一流的忍者只要交手一次，就能看透彼此心里在想什么”。鸣人与佐助透过战斗了解了彼此的心思。抱着赴死决心的鸣人，要佐助把所有的憎恨往自己的身上发泄。面对已显出不耐烦的佐助所提出的问题，鸣人的答覆竟是……

杀人蜂背着紧黏着他的鲛肌回到云忍者村，但它的行动背后，竟隐藏着晓的企图。另一方面，刚醒来的祭发现舌头上的咒印已消失，这是因为段藏已死，所以术也跟着解开了。当然木叶的暗部也察觉到此事，因而引起了骚动。

五大国的诸侯们，透过视讯会议同意组成忍者联军。影则是各自回到村子，为战争进行准备工作。就在此时，鸣人一行人抵达了木叶忍者村。鸣人拜托特地过来迎接的鹿丸集合伙伴，因为他有话想跟大家说……。

鸣人对伙伴们宣称要自己解决掉佐助，虽然伙伴们大都表示无法接受，但鸣人也不想再多说。另一方面，卡卡西为了解决村内无火影领军的事态，接受了木叶高层们要他接任火影的要求。

鸣人被召唤至妙木山听取预言，并进行让蛤蟆寅进入自己体内的入藏仪式。但九尾的查克拉是从憎恨而来的力量，其中也包含了九尾的意志，要让自己的意志强到足以控制九尾的查克拉并非易事。犹豫不决的鸣人最后选择的是……