第四次忍界大战已接近开打的状态，面对即将到来的战争，木叶的每个人都为自己应该守护的事物做好心理准备。在此同时，五影在云忍者村中集结，为今后的作战方针进行讨论。在会议结束后，纲手特地拜托雷影帮忙一件事……。

为了不让鸣人发现“隐藏祭品之力”的作战计划，纲手捏造了一个机密任务给鸣人执行。 　　为了寻找预言中的章鱼，鸣人与大和、阿凯、青叶等人打算搭船出海，没想到却被突如其来的难题给困住了。

不习惯搭船的阿凯出现严重晕船的情况，于是众人决定先到附近的无人岛休息，正巧在岛上遇见前来执行采集药草任务的小樱等人于是鸣人决定在阿凯休养的期间，帮忙小樱他们完成任务，但是药草却早就被红州的商忍们采集一空。

鸣人一行人的船在航行途中突然遭受炮击。这座看似战舰的岛屿，就是在附近海域横行的海贼们的巢穴。

　　为了从攻击中脱困，大和运用木遁制造速成的潜水艇潜入海里，并暂时在海底洞穴栖身。没想到却在洞穴里看到令人震惊的光景……

晕船的阿凯被飞来的巨鸟抓走了，他们循着巨岛飞行的方向，登陆了一座小岛。

　　在这座岛上，青叶遇见了一位神秘女性，并在她的引导下，得知了隐藏在这座岛上的可怕秘密……

阿凯曾经为了庆祝小李学会必杀技·里莲华，而举办了师徒两人的庆祝会。

　　但是在店里喝多了的阿凯，到了隔天只记得某些片段的记忆，而小李也将前一晚的事忘得一干二净。

　　为了回想起昨晚发生的事，他们展开了各式各样的想像训练。

为了补给水与粮食，鸣人一行人的船只在某个港口靠岸。

　　前往张罗粮食的鸣人，在一名卖菜小贩的推荐下，买了一颗很珍贵的蘑菇。

　　但这颗蘑菇却害得船上的食物及饮水全都无法食用，于是一场海上求生奋斗记就此揭开序幕。

为了与暴风雨奋战，鸣人动员影分身帮忙处理大量的工作，在一直得不到休息的情况下，分身们决定要绑架鸣人，要求改善工作环境与待遇。面对鸣人被俘的状况，大和、青叶与阿凯这些上忍们，只好展开救援作战……

大战在即，鹿丸感受到自己肩负着伙伴性命的重责大任，并为此感到迷惘。看穿鹿丸心思的四角，建议他接下与鸣人一行人会合，进行物资补给的任务。但是当众人准备离开藻屑岛之际，却遭逢了难以理解的危机。

在日向一族的聚会中，日足下达了在战场上由宁次负责统领的指示。由于人选跳过宗家的嫡系，使得日向家的族人们议论纷纷。另一方面，天天邀集所有同期的女性伙伴举行聚会，与会的雏田从众人的对话中，回想起自己勤于修炼的过往……

鸣人的面前出现了自称是“漩涡鸣人”的盗贼，当这名盗贼被制伏时，另一名假借官兵身份的同伙也随之出现。另一方面，“盗贼·漩涡鸣人”的传闻传了开来，反倒让这两名冒牌事件的主谋陷入了一筹莫展的绝境。

木叶忍者村正加紧脚步进行战争的准备工作。斗志高昂的木叶丸也想跟众人一起上场作战，为村子立下汗马功劳。于是他向小樱和鹿丸等前辈询问能立下功劳的方法，但是却没有人把他当一回事，于是木叶丸作了一个决定……

鸣人在某个港口遇到了来自抚子村的女忍者。过去她们的村长曾经以结婚为赌注向自来也提出挑战，但这场战斗却没有分出胜负，于是两人便约定由彼此的徒弟继续这场战斗，但是得知详情的鸣人，却无法接受这种无视双方心意的择偶方式。

面对学生的提问，志乃回想起过去自己还是下忍的一段回忆。那是发生在第八小组执行任务之时，因为自己的弱点被敌人掌握而导致任务失败。当时的牙与雏田为了鼓励消沉的志乃，约他前往温泉区一边疗伤一边锻炼近身肉搏战的实力。

为了即将到来的大战，天天陪着小李进行强化八门遁甲的修炼，但小李却在跳入瀑布之后迟迟不见人影。当她大声呼喊小李之际，天天回想起自己过去崇拜纲手大人，为了更接近理想而每天热衷于修炼的往事。

祭利用难得的休假到村子郊外散心。虽然重建工程如火如荼地进行中，但实际上却还是人手不足。祭在废墟里遇到了正在玩耍的孩子们，当他们问起“伙伴”与“朋友”有什么不同之时，祭不由得露出了一脸苦笑。

井野、丁次、鹿丸以巧妙的默契摆平了孩子们的纷争。在一旁看到这一幕的万年下忍小助爷爷，竟夸奖起他们三人的合作默契。并跟三人分享起过去在木叶毁灭行动中，自己因为他们父亲的猪鹿蝶阵型而获救的往事。

不知不觉中差了“村子的英雄”鸣人一大截，这让牙觉得很不甘心。为了缩短两人的差距，牙请卡卡西协助自己修炼，但是卡卡西却因有要务在身，于是改为召唤八忍犬出面协助。对于这个作法十分不满的牙，下定了某个决心。

航程最后的补给地就在眼前，船行至此虽然可以暂时放心，但最近有种连查克拉都能拷贝的变身之术，于是大和还是慎重地提醒大家不可掉以轻心。就在当天晚上，阿凯在半梦半醒之际，竟然看到了本该待在木叶村内的卡卡西。

在鸣人他们进行最后补给的地方，身为土影使者的赤土与黑土遭到了雾忍的攻击。虽然鸣人与前来迎接的长十郎即时介入，但赤土却已身受重伤。而策动这次攻击行动的人，就是人称“与须贺岭悲剧事件”的侥存者。