黑絕成功找到大名藏身位置，與負責護衛的照美冥等精英上忍們正面交鋒。而鳶獲知鳴人和殺人蜂已逃出，便來到第一部隊所在的海岸線戰場召喚出外道魔像展開攻擊，趁亂搶走封印金角銀角的紅葫蘆與琥珀淨瓶作為「替代品」。夜幕降臨，兜突然召回所有穢土轉生準備發動「夜襲」，聯軍方得到短暫的休息而準備隔天的戰鬥，清點人數時發現他們與敵方在戰爭首日彼此都損失一半的軍力。

鳴人和殺人蜂奔向戰場時，九尾靠吸收鳴人查克拉而恢復體力，與鳴人在內心世界中進行一番交談。九尾諷刺鳴人以天真的想法根本不可能以一人之力結束戰爭，同時搬出鳴人沒能阻止佐助為先例。在九尾一番話下，鳴人回憶起自己在忍者學校的忍組手當天，未能與當時受憎恨纏身的佐助完成「和解之印」的遺憾。但鳴人並沒有因此消沉或自我懷疑，表示自己一定會想出辦法，走前還表示自己總有一天會消除九尾自身心中的仇恨。

聯軍醫療營中突然發生針對醫療忍者的刺殺，使小櫻、靜音等所有醫療忍者受性命威脅之下只能提防彼此。而小櫻最終識出兇手實為靠吸收對手查克拉進行完美變化的白絕所為，立刻將情報匯報給本部。然而當時大多數白絕靠白天的戰鬥所吸收的查克拉、再靠變化滲透進各個營地進行暗殺，使聯軍方陷入敵我不分、草木皆兵的劣勢。而以穢土轉生復活的鼬與長門此時在林中行進，因各自保留強大瞳術而聽從兜的指示等待行動。

隨著聯軍面對白絕滲透的威脅，第八班的牙、志乃與雛田受令前去調查白絕用來入侵的一座洞穴，但三人在洞穴裡被白絕設的陷阱沖散，回過神來後同樣陷入敵我不分的窘境。經過隨機核實過彼此的身份與信息後，機智的志乃自導自演一場苦肉計，誘使正在冒充雛田的白絕自行暴露，兩人殺死冒牌貨後救出真正的雛田，斷言敵方是從被俘的大和記憶中獲知他們的個人信息。

黑土來到第五部隊的營地審問被俘的前師兄地達羅，然而隨著白絕同樣滲透進部隊中造成不小騷亂，地達羅伺機逃跑後準備與兜會合。然而就在地達羅即將逃跑之際，突然看到本由自己的C0自爆解決的佐助重新出現在眼前，無法置信之下直奔過去卻再次被勘九郎抓獲而關回黑蟻傀儡中束縛，而出現的佐助僅是由黑土變化而成。

忍界大戰期間，未參戰的惠比壽召集保護村子的所需人手以防敵襲時，由小櫻之母春野芽吹召集鹿丸、丁次與井野的母親組成媽媽聯合軍，共同抵禦當時偷襲村子的相撲手軍團。

鳴人和殺人蜂趕往戰場時受到綱手和雷影出面攔路，雷影表示無論如何都不能讓兩名祭品之力落入敵手，由於鳴人執意要去幫助同伴，雷影甚至做好殺死鳴人以不讓敵人得逞的準備。然而殺人蜂自願擋在鳴人前面，希望大哥能網開一面，兩兄弟同時回憶起他們自見面以來建立兄弟情的經過。年幼的殺人蜂從雲忍者村幾百名的候選人中脫穎而出，成為當時唯一能跟第三代雷影之子配合力量使出雷犁熱刀的人。久而久之，殺人蜂馴服原本脾氣暴躁的八尾並成為完美祭品之力，使他們這對並肩作戰、身經百戰的兄弟倆以雲忍最強「AB」組合聞名忍界，直到他們在戰場上初遇有「黃色閃光」之稱的波風湊，使兄弟倆均折服於其快速自如、神出鬼沒的飛雷神之術下。

雷影由於受到父親意外戰死的影響而決不退讓，綱手經過考量後選擇站在鳴人一邊，認為相信鳴人和殺人蜂會是最好的結果。雷影與殺人蜂同時以兄弟身份一決高下，最後是殺人蜂的雷犁熱刀更勝一籌，以此證明自己已足夠強大、不需要大哥的保護或禁足。正當雷影對此質疑時，鳴人向雷影與綱手道出自己修煉期間得知的一切真相，表示自己的父母已將力量寄託在自己身上，猶如照耀自己的「兩個太陽」。而雷影最後刻意對鳴人發動全速一擊，然而目睹攻擊同樣被鳴人猶如其父湊當年一樣閃避，以此證實鳴人所繼承的力量而同意兩人奔往戰場。日出時，鳶帶領自己用穢土轉生的六名前祭品之力改造而成的「培因六道」參戰，每人均是一顆寫輪眼與一顆輪迴眼。

卡卡西帶領第三部隊持續跟忍刀七人眾交戰，其中手持能破壞一切防禦之鈍刀「兜割」的通草野餌人對聯軍形成巨大威脅。卡卡西命令祭迅速熟練段藏生前為根組織準備的強大封印術，其必須靠祭的超獸偽畫完成，然而完成此封印必須在繪畫中傾注情感，導致祭險些再度被負面情感吞噬。但祭最終靠這段時間的經歷與他人陪伴，最終戰勝自我並將保護同伴的心意注入繪畫，成功使出「封印術·虎視眈彈」而順利封印野餌人。

隸屬第三部隊封印班的女砂忍卷，被迫在戰場中跟自己的已故恩師灼遁忍者·羽藏重逢，而羽藏不屑弟子卷竟跟殺死自己的霧忍者村攜手共戰，供述多年前本被譽為英雄的自己，卻不幸淪為砂忍者村與霧忍者村之間達成和平的犧牲品。卷與身邊的女霧忍解釋忍界現況已大不同，隨著聯軍的增援趕到，不忍心對心愛的弟子下手的羽藏，最終趕在自己的意識被兜抹殺之際將卷平安放走。

綱手和雷影一路趕回本部時回憶起他們倆多年前首次見面的情形，當時雷影帶領三名雲忍成功搶奪杉之村的秘術，卻遭對方僱傭的刺客團夥「軒猿衆」暗算，不但犧牲一人、還導致雲忍卡拉伊被植入爆裂蟲而性命不保。雷影被迫請求當時在附近酒館中買醉的綱手幫忙治療，兩人以掰手腕形式決定是否幫忙，綱手在手腕的力量中更勝雷影，迫使雷影被迫以速度將綱手反按回去而勝出，讓綱手勉強答應幫忙治療卡拉伊。

在綱手治療期間，軒猿衆全員在外埋伏等待時機，計劃藉此對雲忍方面進行敲詐；基於雷影自己也身中肉眼不可見的爆裂蟲。因綱手仍受恐血症影響，被迫由靜音出面完成手術，並告知雷影關於綱手的陰影由來。隨著卡拉伊體表的爆裂蟲被成功取出，最終使軒猿衆罷手離去，雷影也因此欠綱手一個恩情。如今，相繼走出陰影的綱手與雷影都將賭注放在鳴人和殺人蜂身上。

聯軍方無法對敵忍刀七人眾中分別手持爆刀「飛沫」與長刀「縫針」的無梨甚八與栗霰串丸，彼此靠不死之身打出完美配合，僅能由卡卡西與凱吃力地與兩人周旋。絕境之中的兩人回憶起他們曾與凜一同與岩忍戰役中撐下來，而這次卡卡西與凱同樣堅持到援軍抵達，並合作找出甚八和串丸之間不合群的弱點，使兩名敵人無路可退之下落敗而雙雙被封印。

忍刀七人眾中手持雷刀「牙」的林檎雨由利以一敵百、毫不留情，由於卡卡西與凱需要花時間抵達，受襲的雲忍小隊最後只剩重一人隻身對付雨由利。面對雨由利強大的絕技「雷遁·迅雷門」，重冒險將她引到一座荒無人煙的空地後看似坐以待斃，本以為自己取勝的雨由利卻發現自己被騙入無法逃脫的沼澤，最後一刻認可重的敏捷思維，將自己的刀遞給他作為離別禮。

忍界大戰之前，位於火之國邊境荒漠中央的一座聖域「坑」內的土二化村，突然在一夜之間被神秘襲擊者燒光，村內的教師道克冒生命危險營救五名孤兒而死裡逃生。綱手指派由大和帶領的新生卡卡西班前去毀於一旦的村子調查，鳴人和小櫻調查時撞見身為幕後黑手的兜，其召喚已故曉成員在內的多名穢土轉生的亡者展開攻擊，甚至靠當地充滿生機的特殊水源、外加已故大蛇丸細胞構成的克隆蛇群，雙者結合重塑飛段的身軀而使他重返人間。

鳴人在戰鬥中無意間吞入一小部分兜的克隆蛇，由此得到意外收穫的兜迅速撤退。一行人跟隨由西塞爾為首的當地警備隊來到與坑鄰近的葉長村，初識在此庇護的道克等孤兒們，年齡最小的孤兒米娜因察覺到鳴人體內的異狀而儘量遠離。祭與大和從葉長村的村長迪索納斯供述中得知，兜意圖竊取自古以來埋藏在坑中封印、足以顛覆忍界的力量「天之矛」。而啟動該力量需要七組「音」譜出歌聲旋律，其中兩組事先被土二化村的老村長陣亡前交道克保管。

由凱帶領的其他木葉同伴及時趕到葉長村支援卡卡西班，然而失控的克隆鳴人直接從鳴人身上汲取更多九尾查克拉，開始巨大化淪為九尾形態。兜乘亂擄走鳴人與道克，召回所有穢土轉生與力量消失的克隆鳴人返回坑地下的天之矛埋藏地。遭束身的鳴人開始被體內的九尾力量侵蝕，直到被身邊的道克安撫下來。而兜伴隨著他的共謀者、曾是大蛇丸協力者的迪索納斯現身，承認他們聯手屠村藉以奪得天之矛力量，同時決定要回道克身上的音棒。

迪索納斯為道克和鳴人展示啟動力量的儀器「鳴囀」，而此時五名孤兒在雷歐和米娜兄妹帶領下，自願前來用兩組音交換道克和鳴人性命。迪索納斯以此湊齊音棒而啟動天之矛，力量在坑的中央形成高塔，而卡卡西帶領木葉同伴一湧而上，迫使兜釋放所有穢土轉生以及克隆鳴人參戰。鳴人靠仙人模式逃出束縛後，靠強大的內心打敗自己的克隆體使其墜入深坑中，兜見不妙而召回所有穢土轉生逃跑，唯獨飛段隨著劣質身體加上水源失效而散架。這時天之矛的力量解放而使天空紅雲密佈，不死心的迪索納斯剛想爬上去奪取力量遭到鳴人阻攔。然而落入坑中的克隆體卻剛好因汲取更多天之矛釋放出的力量，轉化為一隻巨大的九頭怪物。

九頭怪物一掌打飛迪索納斯，鳴人在緊急情況下控制住九尾力量，以六尾化形態與怪物一決雌雄。道克和西塞爾冒險回去坑中關閉天之矛，靠米娜時常哼著曲調找到正確順序。然而隨著兩隻九尾的打鬥逐漸失控，大和被迫用木遁抑制住險些暴走的鳴人，而米娜同時伸出援手安撫鳴人恢復理智，使鳴人重新控制住力量而救下命懸一線的西塞爾，道克成功關閉天之矛而結束危機，失去力量源頭的怪物隨風消逝。兜臨走前召喚回老村長而將無用處的迪索納斯就地正法，最後蛻變成「白蛇」體質後為接下來的忍界大戰做準備，而老村長遠處目視道克、西塞爾與孤兒們團圓後回歸淨土。天之矛被封印至火之國秘處，道克和西塞爾事後成婚、領養所有孤兒成為一家人，與鳴人用書信往來作為答謝。