La habilidad de Zetsu Blanco para imitar las apariencias de las personas ha causado confusión y desconfianza dentro de las Fuerzas Aliadas Shinobi. Naruto llega para ayudar y, utilizando sus poderes sensoriales, identifica a todos los clones disfrazados de Zetsu Blanco, cambiando el rumbo de la batalla.

¿Qué es peor que resucitar a Uchiha Madara? La Alianza Shinobi se ve obligada a enfrentarse a la leyenda de los Uchiha, imparable, y solo una pregunta en la mente de Naruto: si este tipo es el verdadero Uchiha Madara, ¡¿quién diablos es el hombre enmascarado?!

Naruto utiliza sus clones y el Ōdama Rasengan contra el ataque de Madara el cual logra controlar, pero Naruto queda sin chakra y teme desaparecer. Ōnoki le habla a Madara acerca de las guerras anteriores y del dolor y sufrimiento que han causado, pero afirmando que se dirigen a la paz verdadera ya que las naciones han madurado lentamente por lo que Madara responde que la paz se logrará bajo el Mugen Tsukuyomi.

Naruto chocha su cabeza contra la de Tobi sin hacerle ningún daño, inmediatamente los Jinchūrikis entran en acción empezando con Roshi y Yagura quienes usan el Yōton: Shakuyarūgan no jutsu y el Suiton: Mizukagami no jutsu contra Killer Bee y Naruto los cuales tienen que alejarse, pero de repente observan que burbujas empiezan a caer.

Naruto y Killer Bee pelean contra los Jinchūrikis los cuales usan el poder de sus Bijūs después de haber sido resucitados.

Los ojos de Sasuke finalmente están listos revelando así el Mangekyō Sharingan Eterno, éste se dispone a ponerse al tanto de la guerra. Jūgo y Suigetsu marchan hacia la guarida de Orochimaru.

Son Goku le dirá a Naruto como puede ser detenido, pero aun así este no confía en los Jinchūrikis, Kurama por otra parte recuerda como fue sellado por los diferentes miembros del Clan Uzumaki, y como intento por medio de la ira y el dolor de Naruto que el sello se fuera debilitando y finalmente se liberará, este recuerda esos momentos en que Naruto liberó su poder como en el país de las olas, la pelea con Gaara, la huida con Sasuke, la muerte de Gaara y la invasión de Pain. Hasta que Naruto lo venció y le arrebató el chakra preguntándose quién es Naruto realmente pues ha llegado muy lejos.

Kurama sigue recordando como Naruto nunca se dio por vencido en sus múltiples batallas como contra Pain y la conversación con Nagato, Naruto el cual esta inconsciente despierta y trata de salir de la boca de Son Goku, mientras que el Hachibi ayuda en su escape, Naruto usa sus clones lo que hace que Son Goku lo vomite una vez fuera Naruto observa que la barra con la que Tobi los controla se aloja en el cuello, así se lanza con intención de liberar al Bijū. Sakura y Shizune dejan el centro médico y se marchan al campo de batalla. Naruto una vez que encuentra dicha barra intenta sacarla con todas sus fuerzas pero Tobi alega que las cadenas son más fuertes que las del Gedo Mazo y además ata y absorbe las energías de Naruto, mientras que un clon aún dentro del Bijū, usa el Modo Ermitaño y dentro del esófago de la bestia localiza la barra y la golpea desde adentro sacándola. Así Son Goku es liberado.

Una vez que Naruto logra liberar a Son Goku este no que del todo libre, pues Tobi invoca al Gedo Mazo el cual aun posee el chakra de este, pero antes de ser absorbido choca puños con Naruto el cual dándole algo de poder, así Son es tragado por la estatua.

Las divisiones que ya han derrotado a los Zetsus blancos, ahora se dirigen a apoyar al campo de batalla principal, mientras que los rumores de que el verdadero Madara apareció y se está enfrentando a los cinco Kages empiezan a ser oídos por los shinobis. Tobi empieza a sentir una extraña sensación la cual no proviene de Naruto, y en ese instante empieza a llover. En el cuartel de la alianza al ver la situación del campo de batalla principal, Shikaku y el padre de Ino le dicen a la alianza que deben unir sus sentimientos como una promesa de victoria, por lo que los once de Konoha analizan cada uno lo mucho que Naruto ha crecido y madurado a lo largo de de los últimos años, mientras que por otra parte Sasuke se prepara para su primera batalla en la guerra.

Jūgo y Suigetsu se dirigen a la guarida favorita de Orochimaru con la esperanza de encontrar allí a Sasuke, mientras que Karin la cual esta prisionera planea su escape.

Los cinco Kages continúan su lucha contra Madara donde este usa el Mokuton: Kajukai Kourin de repente unas flores se abren y esparcen polen.

Tsunade libera su sello donde inspira valor y persistencia a los demás Kages los cuales atacan a Madara.

Kabuto libera sus serpientes las cuales sienten a las personas a través del calor, Itachi y Sasuke liberan el Susanō para atacar y defenderse, pero Kabuto alega que él tiene la ventaja pues el terreno está a su favor además posee las cualidades de Suigetsu, Jūgo y Karin.

Kabuto al ver que los hermanos se llevan bien incita a Sasuke a que asesine a Itachi pues el masacro a todo el clan Uchiha, a lo que este recuerda la batalla que tuvo con el y la conversación con Tobi acerca de la verdad del clan y su odio por destruir Konoha.

El pasado de Kabuto es revelado pasado algún tiempo desde que llegó al orfanato este se convierte en un ninja medico donde gana dinero para ayudar con el orfanato y es allí donde conoce a Orochimaru.

La batalla entre Kabuto y los hermanos Uchiha continua, el Izamani aún no esta listo, de repente los cuatro del sonido empiezan a aparecer uno a uno en la serpiente que usa Kabuto.

Itachi una vez que logra retener a Kabuto en el bucle infinito se prepara para liberar el Edo Tensei.

Los cinco Kages continúan su lucha contra los clones de Madara los cuales son muy poderosos, el Raikage recibe el Gengutsu de este pero es salvado por Ōnoki el cual con sus ultimas fuerzas utiliza el Jinton: Genkai Hakuri no jutsu el cual acaba de una vez por todas con los clones y logran capturar a Madara en conjunto para sellarlo.

Una Vez que el Edo Tensei es liberado los shinobis revividos empiezan a desaparecer sus almas empiezan a ser liberadas.

El equipo Taka se reúne nuevamente donde Suigetsu le entrega el pergamino a Sasuke, y Jūgo carga a Anko, al leer el pergamino Sasuke decide resucitar al "Hombre que los sabe todo" por lo que toman un pedazo del cuerpo de Kabuto y lo fusionan con el sello maldito de Anko donde Sasuke realiza el Kaija Houin donde una serpiente aparece y de la boca sale Orochimaru el cual está al tanto de la guerra ya que su conciencia estaba en el sello pero no tiene la intención de participar en esta. Tras una charla donde Sasuke quiere saber que es la aldea, el clan y las demás cosas, después que Orochimaru recupera su poder al absorber el de Kabuto deciden partir al lugar que Sasuke conoce. En otra parte el Gedo Mazō sigue alborotándose después de abrir sus nueve ojos, Tobi alega que el Jūbi esta por renacer donde Kakashi deduce que el Mazō es el recipiente de este.

La pelea entre Tobi contra Naruto, Kakashi Guy y Killer Bee continua, los shinobis de Konoha trabajan en equipo pero no logran hacerle daño a Tobi, y cuidándose las espaldas este tampoco los afecta, tras una deducción de Kakashi al intentar desaparecer al Gedo Mazo con el Kamui y fracasar y más adelante al lanzar un Kunai justo en el momento que Tobi usa su ninjutsu la máscara de este sufre una grieta. El Gyūki intenta golpear al Mazō pero Tobi usa el Uchiha Kaenjin. Mientras que Kakashi planea como golpearlo donde todos toman parte y Kakashi envía a otra dimensión el Rasengan de Naruto en el mismo momento que Tobi usa su ninjutsu en esta ocasión el Rasengan golpea en el hombro derecho de Tobi.

Naruto en su modo Bijū ataca con todo a Tobi, pero este sigue usando el Kamui, mientras que Kakashi distraído piensa en la posible persona que puede ser y con ayuda de Guy, Tobi lanza Shurikens gigantes pero Naruto las repele todas, como alternativa despide unas estacas para suprimir el poder de los Bijūs, pero Naruto usa los clones de sombra y Kakashi lo teletransporta, Mientras que el otro clon usa la Bijūdama, para protegerse del impacto Tobi se refugia en su otra dimensión, pero en ese lugar Naruto con su Rasengan el cual gracias a Kakashi, finalmente logra destruir la máscara de Kakashi, Después del impacto los recuerdos de Obito Uchiha son revelados de cuando se presentaron al examen Chunnin con Kakashi, Rin y otros de aquella generación, finalmente se muestra la misión de destruir el puente Kanabi donde este supuestamente había perdido la vida tras rescatar a Rin y obsequiarle su Sharingan izquierdo.

Madara que ha llegado a la batalla se prepara para capturar al Gyūki y Kurama, mientras que los Kages están gravemente heridos, Tsunade la única con pocas fuerzas invoca a Katsuyu para ayudar a los demás, Naruto libera a Gyūki de las estacas y su clon se lanza contra Madara lanzándole una Bijūdama pero Madara la absorbe con su abanico y usando el Uchihagaeshi le regresa el potente ataque. Kakashi le pregunta a Obito que es lo que le ha pasado, donde este empieza a recordar los momentos de cuando conoció a Madara y le salvo la vida, Obito aún débil decide volver a la aldea junto con los demás pero Madara alega que debe devolverle el favor pero Obito insiste en marcharse aún muy débil por perder medio cuerpo. Madara le explica que el quiere crear un mundo donde exista la verdadera paz, pero Obito no presta atención ya que su meta es volver a reunirse con Kakashi y Rin.

Una vez que Obito logra acabar con los shinobis enemigos, se acerca al cuerpo de Rin sin vida donde tras llorar, recuerda las palabras de Madara acerca del mundo que desea crear donde todo el mundo vivirá en paz, de vuelta en el escondite, le pide a Madara que le explique el plan de sumir a todo el mundo, Madara entonces usa su Genjutsu y le explica que a través de los poderes Uchiha y Senju logró despertar el Rinnegan y así obtener la muda del Jūbi al que llamaría Gedō Mazō y con el inmenso Chakra de este lograría proyectar el genjutsu en la luna donde todo el mundo lo vería. Después de ello en Amekagure Zetsu le presenta a Nagato quien posee los ojos originales de Madara y el único que puede controlar al Mazō.

En Konoha el joven Kakashi le pregunta a Jiraiya acerca de los tres huérfanos de la lluvia, ante esto el Sannin le habla acerca de cada uno cuando él fue su maestro hace tantos años, allí este recuerda cuando le hablo a Nagato a cerca de conseguir la paz mundial, mientras que en Amekagure la naciente Akatsuki sigue dando el mensaje de la paz sin la violencia, cuando se cruzan por una aldea devastada y confirmar que han sido shinobis de la Aldea de la Roca, Yahiko, Nagato y Konan deciden hablar con los responsables pero en el camino son atacados allí Nagato pierde el control y ante el temor de perder a sus amigos libera al Gedō Mazō el cual acaba con los shinobis enemigos y este cae inconsciente. Después de ello Danzō que observo la pelea decide llevarle los cuerpos caídos a Hanzō y hacerle creer que Akatsuki hará un golpe de estado y controlar toda la aldea.

La organización Akatsuki logra hacer un acuerdo con Hanzō para la paz en Amekagure, pero es una trampa para acabar con Yahiko el cual es el líder, los demás miembros de Akatsuki salen en su ayuda pero Obito y Zetsu aparecen y acaban con todos, tras reunirse Hanzō y Yahiko, este le pide a Nagato matar a su líder ya que Konan fue capturada, tras la muerte de su amigo, Nagato invoca al Gedō Mazō donde acaba con todos los subordinados de Hanzō, así después de ello la nueva Akatsuki nace donde Yahiko con el Rinnegan se convierte en el primer camino del dolor.