隨著鳴人的各個影分身相繼抵達各戰場支援且辨識敵我，消滅混入聯軍之中的大量白絕，使聯軍方開始逆轉戰局。鳶率領六名祭品之力開始行動以外，兜操縱沙漠中的無召喚出自己的「殺手鐧」，棺中的神秘亡者直接破棺而出、重見天日，同時疑惑自己為何會以穢土轉生形式復活、而並非長門的輪迴天生之術。當時身處不遠處的第四部隊抬頭發現，除了無以外的另一名亡者竟是宇智波斑本尊，由此證實一直以來自稱是斑、與眾人為敵的鳶實為「冒名頂替」。

宇智波斑以一人之力縱橫戰場，展現強悍的體術、劍術、忍術、及萬花筒寫輪眼瞳術，使眾聯軍無法匹敵這種超乎想像的實力，連鳴人、我愛羅與大軒三人聯手都無法傷及斑分毫。斑的雙眼從萬花筒直接變成「死前開啟」的輪迴眼，藉由無的身體觀戰的兜由此證實萬花筒的巔峰極致是輪迴眼。斑伴隨須佐能乎施展「天礙震星」，將天外的一顆巨大隕石砸向第四部隊，迫使手足無措、兵荒馬亂的眾聯軍只能盡全力往後撤。大軒與我愛羅全力阻擋隕石下墜時，緊接著卻面臨斑砸下來的第二顆隕石。巨大的撞擊使第四部隊死傷慘重、倖存者寥寥無幾，斑試圖通靈出九尾卻被鳴人體內的封印阻擾，被兜告知戰爭詳情後決定打掃戰場，當場使出「木遁·樹界降臨」伸向絕望的倖存者們。

鳴人、我愛羅、手鞠、土台、大軒等少數忍者在斑的攻擊中僥倖生還，卻很快面對斑的樹界降臨。情急之下，不甘願落入斑之手的九尾勉強助鳴人一臂之力，供給查克拉讓鳴人全力抵消樹界降臨。身在本部坐立不安的綱手決定伴隨雷影參戰，兩人冒險靠馬布伊的天送之術迅速抵達戰場；另一邊保護大名的照美冥伴隨長十郎成功戰勝黑絕，同樣靠玄馬小隊共同使用飛雷神之術抵達戰場。齊聚一堂的五影史上首次攜手共戰，與斑展開一場旁人無法企及的激烈戰鬥。鳴人希望助五影一臂之力，但五影們堅持由他們對付斑，並將對付鳶的使命託付給鳴人，表示守護忍界未來的成敗在此一舉。被五影給予厚望的分身鳴人答應會贏後消失，鳴人本體則與鳶正面交鋒。

鳶控制六名祭品之力發動分散式攻擊，鳴人從當中的肥皂泡之術認出源自曾與自己並肩作戰卻失蹤的羽高。而羽高與鳴人短暫在精神世界中以祭品之力的身份對峙，表示自己當初與他們分開後遭培因六道擊敗且抽出尾獸的經過，最後便失去自我而對鳴人和殺人蜂展開攻擊。鳴人厭惡鳶如此濫用尾獸力量的方式，發誓會阻止他與「另一個斑」。鳶意識到兜已將原先在自己面前展示的斑本尊復活，操縱全體進入一尾狀態的六名祭品之力速戰速決。

面對能自由尾獸化的六名祭品之力，鳴人和殺人蜂意識到鳶將捕獲的尾獸植回六人體內，並以培因六道相同的查克拉接收黑棒加以控制。兩人迅速處於防不勝防的劣勢，決定將戰鬥轉移至開闊的空間利於行動。殺人蜂迅速尾獸化靠高速旋轉將周邊森林夷為平地，找準時機靠墨汁封印術封印全部六人。然而鳶操縱六人進入尾獸外衣狀態，輪番的強大攻擊使鳴人和殺人蜂瞬間寡不敵眾，就在鳶即將拿下兩人時，卡卡西與凱及時前來支援。

鳴人和殺人蜂受卡卡西和凱兩人的支援與掩護，想辦法拔除六人身上的黑棒，而八尾同時察覺到九尾似乎停止奪取鳴人的查克拉，質問九尾是否回心轉意。但九尾自從最一開始被斑控制、被初代火影馴服、隨後接連封印在漩渦水戶與九品身上，使屢次遭受人類擺弄的牠仍保持戒心。鳴人戰鬥過程中不慎被尾獸化的四尾吞進肚子，恰好進入尾獸的精神世界中見到全身束縛的四尾·孫悟空。四尾深感鳴人與自己一直以來見過的人類大不一樣，幾乎是第一位真心打算幫助尾獸的人，便決定告訴鳴人阻止自己的方法，同時告知九尾的本名為「九喇嘛」。與此同時，療養結束的佐助成功掌握永恆萬花筒寫輪眼的力量，用天照當場燒死留下來看守的白絕本體後，離開山嶽墳場獨自上路。

正當四尾猶豫要不要將自身的弱點告知鳴人時，九尾同樣認為鳴人還沒辦法說服對人類失去信心的尾獸同袍。九尾回想起自從被湊誓死封印在幼小的鳴人體內後，開始靠八卦封印的縫隙為鳴人提供查克拉進行弱化，認為只要堅持便足以水滴石穿。這段期間，九尾近距離目睹鳴人經受的坎坷成長之路，無依無靠且遭受村民冷眼相待。然而鳴人並沒有屈服，反而靠堅強的意志與同伴的協助，一次又一次從挫折與失敗中爬起來，加上鳴人對尾獸持有的同理心，使九尾漸漸對鳴人改觀。

鳶打算將鳴人連同四尾一併收入囊中，使鳴人為了迅速掙脫而使用多重影分身之術，迫使四尾將鳴人本體與所有分身吐出來。鳴人立刻找到四尾位於左下顎的黑棒位置後開始用力拔，卻被鳶用束縛尾獸力量的「魔像之鎖」當場鎖住，但幸運地靠留在四尾內的一個影分身汲取完自然能量後進入仙人模式，再靠影分身的「蛙叩」用力將黑棒擊出而拔除。目睹鳴人對拯救尾獸同袍的堅持不懈，九尾終於露出笑容且承認鳴人，支持他「說到做到、永不言棄」的忍道。

四尾雖拔除黑棒卻仍無法脫離魔像束縛，將自己一小部分查克拉分給鳴人後拖回魔像中。剩餘五隻尾獸集體靠尾獸玉進攻，精疲力竭的鳴人得到體內九尾的自願協助，兩者以對拳方式正式和解。鳴人解開封印期間承認九尾如今是與木葉並肩作戰的「九喇嘛」，以「二人一組」的形式完全釋放力量，在首次尾獸化的五分鐘內力抗其他五隻尾獸且順利拔除黑棒。過程中，鳴人在精神層面中見到因四尾號召而齊聚一堂的五隻尾獸與各自的祭品之力，眾尾獸同樣自願將各自的一小部分查克拉分給鳴人藉以解救牠們。九喇嘛回憶起自己曾被即將壽終的六道仙人告知，牠們總有一天會受到某人正確的引導而重聚，由此與眾尾獸一致認同鳴人就是仙人預言過的引領之人。

鳶將五隻尾獸拽出祭品之力拖回外道魔像中孤軍奮戰，因鳴人突飛猛進的實力、加上對另一邊復活的斑而心有不安，但仍認為只要月之眼計劃能完成則無關緊要。鳴人挽回局勢的戰鬥過程被聯軍本部探知，鹿角把握時機靠亥一將鳴人的壯舉傳達給當時結束各自戰鬥的眾聯軍。經過亥一全力發表的一番引向勝利的宣言，眾聯軍紛紛為之鼓舞，全速趕往鳴人一方戰場以幫助他贏下勝利。當天空下起雷雨時，佐助獨自一人持續在森林中行進。

佐助在森林中巧遇幾名逃離戰場的白絕分身，獲知戰爭的進行後將白絕屠光，以此測試鼬留給自己的寫輪眼力量。當時仍在木葉淪為俘虜的香燐，堅持保留佐助的一副相片，趁守衛不注意時取出照片中暗藏的開鎖工具而準備越獄。水月和重吾持續在森林中追尋佐助下落，來到大蛇丸遺留的一處重要據點搜查時無意間闖入一間密室，從中獲取一本記載禁術解法的「至寶」卷軸。欣喜若狂的水月決定將其帶給佐助，認為該卷軸足以左右這場戰爭。

斑的強大使五影陷入苦戰，靠花樹界降臨的毒粉加上豪火滅卻的火勢，使五影幾近全軍覆沒。倒地的大軒回想起自己從身為初代土影的祖父身上學到「石之意志」的忠告，然而初次與斑對峙時因實力懸殊而導致他拋棄信念，為此猛然醒悟而協助五影死裡逃生，決定靠此戰重拾信念。但斑刻意被塵遁傷及，展露自己身上由兜強化且移植的柱間細胞與臉龐。五影再次被震懾，直到身為柱間孫女的綱手毫不畏懼地站出來，準備靠祖父傳承下來的「火之意志」擊敗他。另一邊，佐助在林中無意間跟鼬相會而追上去，確認他是死而復生的哥哥後，奔走著斥責鼬長期對自己撒謊，大喊自己不需要保護、更不需要別人替他決定道路。鼬為此承認自己做錯，但決定將阻止敵人視為優先。

綱手再次解放陰封印全力發動創造再生，以賭命的形式伴隨其他四影對斑發動輪番攻勢，然而斑暗中施展木遁分身迷惑五影，躲入地底靠須佐之劍刺穿綱手。但經受致命一擊的綱手卻迅速起身，以創造再生迅速復原傷勢。原以為穩站局勢的五影，卻緊接著面對斑釋出的二十五個實力接近本體的木遁分身，形成二十五對五的局面。鼬事先靠長門的逆向感應而找到兜藏身的鐘乳洞，而兜仍得意洋洋提醒鼬關於該術一旦術者死去則無法停止的忠告，加上堅持尾隨鼬的「戰利品」佐助自行送上門，認為自己已勝券在握。鼬自信地表示穢土轉生的一大風險則是能夠逆轉局勢的自己，而佐助決定在解開自己的內心疑惑前，先與鼬達成共識聯手對付兜。

兜面對兩名能使用須佐的宇智波兄弟，迅速遮斷視覺而靠蛇的熱感行動，在陰冷潮濕的黑暗洞穴中更是來去自如。佐助甚至得知兜已得到水月的鬼燈一族之液化能力、香燐的漩渦一族之恢復能力、重吾的天生仙人體質、以及連大蛇丸都無法觸及的「龍地洞」中所修成的白蛇仙人體，幾乎能無視任何傷害。兜施展「仙法·白激之術」封鎖住鼬和佐助的行動，本想先拿下佐助這一戰利品，然而鼬率先用須佐護住佐助而讓兜無從下手。戰鬥過程使鼬和佐助回憶起他們過去打獵一頭野豬的情景，鼬以相同的作戰計劃掩護佐助一箭刺中兜的蛇尾巴。兜雖靠液化脫身後拔劍刺中刻意衝上前的鼬，卻被鼬採用烏鴉分身矇騙，還被鼬的本體奪劍斬斷頭上的一根犄角，甚至沒察覺鼬其實早已「預留絕招」。

兜目睹曾經反目成仇的宇智波兄弟如今卻能攜手並進，不知他們之間內情的情況下試圖拉攏佐助來到自己麾下，但佐助沒有理會兜的假仁假義，而鼬也挑明自己無論如何都身為「木葉的宇智波鼬」。兜便作罷而接著使用「仙法·無機轉生」，當場賦予作為無機體的鐘乳石生命且自由操縱，這次意圖奪回鼬的穢土轉生控制權卻被佐助阻擾。看到對手被逼入絕境，兜揚言現在的自己足以「媲美六道仙人」。鼬不由得從兜身上看到過去自己的影子，以自己的錯誤先例善意地提醒兜：「若不承認自己則註定會失敗」。但兜並不認為自己會失敗，同時回想起自己原為失去記憶、一無所有的戰爭孤兒，直到被藥師乃納收留至木葉孤兒院為起始的悲慘過往。

年幼的兜從乃納身上學會高超醫療忍術、並贈予矯正近視的眼鏡，直到曾為精英間諜「步行者巫女」的乃納被段藏強行召回根組織執行長期臥底任務，還打算在眾孤兒之中挑選一人入伍。兜為了報答孤兒院而自告奮勇加入根麾下成為多國間諜，直到數年後在岩忍者村臥底時，因自保而無意殺害仍是間諜的乃納。瀕死的乃納卻認不出眼前的兜，死前的一句「你是誰？」讓兜陷入迷茫，而大蛇丸伺機網羅他且告知真相，兜與乃納自從任務開始起便被段藏安排好最後的自相殘殺；而乃納定時收到的兜之相片甚至被段藏篡改以避免她們相認。面對兜擺出的身份之巨大疑問，大蛇丸輕易誘惑他協助自己搜集世間所有情報進行探究，讓兜就此走上歧途且越陷越深。

兜逐漸執迷於自身吸納的多種力量中無法自拔，接連使出體內音忍五人眾的絕招，最後甚至變出大蛇丸之白磷大蛇本體。而鼬尋找時機準備對兜使用宇智波一族中不靠視覺施加的強大幻術，亦是與伊邪那岐相對的禁忌瞳術「伊邪那美」。兜由於對伊邪那美一無所知，靠大瀑布之術抵消佐助的豪火球後與鼬正面接觸，使伊邪那美正式發動。不知自己中術的兜突然發現自己正在重複經歷相同的戰鬥情景，包括刺中烏鴉分身、被斬斷犄角、被水滴到左肩、乃至踩中羽毛，即使意識到這是某種幻術、使盡招法想脫離卻無濟於事。在現實中，鼬靠伊邪那美施加的幻術，讓兜的意識陷入一種閉合且無法逃脫的無限時間循環，從而徹底掌控他的命運；而代價是鼬的左眼失明。

隨著兜受困伊邪那美幻術，鼬對佐助講解該術會創始出來並非制敵，真正作用是為了懲戒歷史中濫用伊耶那岐來改變命運、進而引發無止境的家族權力相爭的宇智波族人。鼬同時提到伊邪那美中置入一條脫離循環的出路，只要中術者能放棄執念、認清真正的自我即可返回現實，對兜使用是為了讓他醒悟且重拾過去的自己，取決於兜最後能不能幡然悔悟。當時走不出幻術的兜逐漸心力憔悴，並不知道自己在孤兒院的同伴一直在盼望他回家。當完成身為木葉忍者的最後使命後，鼬用月讀操縱兜獲知穢土轉生的解除方法，佐助仍不理解哥哥為何一再地幫助害他淪為至此的木葉村。鼬坦然道如今只有鳴人能改變佐助，如同伊邪那岐與伊邪那美的相對關係。

五影拼盡全力消滅所有木遁分身，使斑認同五影的實力而「全力應戰」，展現自己高過山峰的完全體須佐能乎而一劍砍平山頭。眼看已無力招架，五影在大軒的支撐下決定拼死一搏。這時，鼬操縱兜解開穢土轉生之術，即將伴隨其他在戰場上的亡靈回歸淨土。升天之前，鼬把握時機靠寫輪眼將自己畢生的回憶送給佐助，讓佐助獲知鼬曾目睹被段藏奪去右眼的止水跳崖自盡，無力代替止水阻止即將發生的宇智波叛亂，因此跟段藏做交易留下佐助一命、再由自己暗中與鳶聯手殲滅宇智波一族，最後還包括鼬與父母死前的交流與承諾。如今認清過錯的鼬選擇相信佐助，讓他決定自己的道路，最後對佐助表示「不管你將來變成什麼樣子，我都會一直深愛著你」。

穢土轉生之術正式解除，所有處於封印或未封印的亡者大軍集體靈魂升天，各自把握最後停留在世的時間交代完遺願後回歸淨土。當時命懸一線的五影目睹斑的穢土轉生也即將解除，然而斑的靈魂卻沒有脫離轉生體且打算放手一搏，使綱手不惜性命準備替四影擋下最後一擊。所幸斷趕在升天前實用自己擅長的「靈化之術」，及時前來挽救綱手一命，兩人經過短暫重聚後撫平各自的遺憾。但戰鬥並沒有因此結束，精通穢土轉生解法的斑僅憑結印解開術的控制，以查克拉不受限之亡者的形式停留在戰場，使五影仍如臨大敵。另一邊的鳴人發現六名祭品之力集體靈魂升天後默默感謝鼬，迫使鳶將之前奪得的紅葫蘆及琥珀淨瓶扔進外道魔像中，決定提早實施月之眼計劃。

佐助隨著鼬的離去陷入沉思，開始思考家族、村子與忍者的意義所在，恰好水月和重吾帶著重要卷軸攻入洞穴找到他，使佐助把握這個天賜良機而去向「知曉一切的人們」來尋找答案。為了實施計劃，佐助不惜冒險復活大蛇丸，靠重吾剝下兜身上的一部分來自於大蛇丸之肉體、再加上處於昏迷的紅豆脖子上的天之咒印，靠佐助的「解邪法印」成功使大蛇丸重見天日。而大蛇丸這次復活「感觸良多」，由於目睹繼承自己一切的兜機關算盡卻仍慘談收場，使他茅塞頓開而決定協助佐助的探討。在戰場，鳶靠先前取得的八尾觸角、與身上有九尾力量的金銀兄弟，因而勉強湊齊九隻尾獸的查克拉，準備將實為十尾軀殼的外道魔像強行復活成十尾，迫使鳴人一行人決定爭分奪秒阻止他。

鳴人、殺人蜂與凱對鳶發起聯合攻勢，但鳶能靠時空間忍術來去自如，卡卡西趁他們周旋時，打算用神威將魔像頭部吸入時空間卻突然中斷。為了證實心中的猜測，卡卡西接下來刻意靠神威吸入一枚帶雷苦無，經過鳴人一番交鋒後，成功在鳶的面具上留下一道刻痕；後來又靠神威吸入鳴人的螺旋丸，這次成功擊中鳶保持虛化的右肩部分。卡卡西由此證實鳶是靠轉移身體的一部分至時空間內來維持虛化，但同時也證實自己的神威空間與鳶的時空間彼此「相連」。經過質問，鳶聲稱是在「神無毗橋之戰」中得到這顆寫輪眼，使卡卡西對眼前的強敵之真實身份產生不詳預感。鳶持續揚言自己會靠月之眼計劃結束這座讓人絕望的世界，卻激勵鳴人和九喇嘛繼續戰鬥下去。

卡卡西抑制住內心的慌亂而陪鳴人發動新一輪攻勢，耗費巨大查克拉用神威偷偷將鳴人的一個影分身送入時空間。對此渾然不知的鳶從容地進入時空間躲避尾獸玉，卻緊接著面對被卡卡西的神威送進去的影分身。避無可避之下，鳶的面具被螺旋丸徹底擊碎，乃至在眾人面前露出讓卡卡西無法置信的真容，曾經捨身救己的前戰友兼木葉英雄「宇智波帶土」。然而物是人非，帶土早已拋棄原先的名字與成為火影的理想，取代而之的則是一個瘋狂的執念，還聲稱自己會淪為如此是源於卡卡西對凜「見死不救」。面對曾經教會自己「重視同伴」、如今卻判若兩人的帶土，使卡卡西頓時不知如何是好。就在這時，斑結束與五影的戰鬥來到眾人面前，還與帶土同惡相濟。

帶土和斑在眾人面前表露他們一直以來的共謀關係，其中包括利用長門以輪迴天生之術復活斑的原定計劃，鳴人同時驚恐地獲知另一邊的五影已全軍覆沒，當時僅能靠身體斷成兩截的綱手通靈出活蝓勉強續命。面對兩名宇智波強敵，鳴人一行人再度處於劣勢，面對卡卡西的巨大疑問，帶土回想起自己猶如「地獄」一般的生存經歷。自從在洞穴坍塌中無意間靠虛化瞳術倖免於難後，帶土被當時即將壽終的斑帶回山嶽墳場、靠植入半身柱間細胞的形式從生死邊緣拉回來。清醒的帶土本感謝斑營救自己，但斑卻需要帶土幫自己實現未盡的使命以償還救命之恩。帶土不打算與斑為伍，但由於自身行動不便、唯一的出口甚至被斑有意堵死，導致他一時無法逃出這座黑暗的地獄。

帶土絕望地抱著死在血泊中的凜，強烈認為這不是他所熟知的世界，腦海中迴蕩著斑講述過「不分個體、意識統一」的夢境世界，讓他意識到唯有創造夢境世界才能斬斷戰亂因果、復活死去的凜。帶土毫不猶豫地回到斑身邊，從斑身上繼承理念、步驟、與陰陽遁忍術。斑同時用自身意志創造出「黑絕」、附在白絕本體身上起到監視與指導作用，最後切斷外道魔像補給而靜待復活。然而帶土並不打算聽命於斑，執意要靠自己發動無限月讀來構思出自己心目中的完美世界與同伴。帶土戴上面具以「斑」的身份開始行動，首先來到雨忍者村試圖拉攏兒時被斑移植入輪迴眼的長門，但長門、彌彥和小南拒絕與之聯手，隨後組建起實現和平為理想的曉組織，帶土決定先暗中觀察再行動。

隨著長門、彌彥和小南相繼招收許多擁有相同理念的新同伴，使曉的名聲與勢力開始逐漸壯大，乃至被雨忍者村首領半藏知曉。然而當時正值第三次忍界大戰末期，雨忍者村成為木葉與岩忍之間的主戰區，以段藏為首的木葉暗部混入岩忍之中，為了木葉利益而四處激化矛盾、阻礙和談的進行。彌彥三人一度跟段藏的隊伍交涉，目睹同伴被襲的長門短暫覺醒輪迴眼的力量掩護他們逃跑。這一幕被段藏看在眼裡，使他決定順勢而為，將大量死去村民遺體帶到半藏面前，以此污衊曉是一群濫殺無辜、妄圖造反的叛賊。本就對曉日漸壯大抱有不安的半藏輕信這個謊言，答應與段藏聯手除去後患。事情的發生讓作為旁觀者的帶土證實，美好的理想在這殘酷的現實面前不堪一擊。

半藏假借聯手的名義向曉發出邀約，讓彌彥一行人看到成功的曙光，卻不知隔天會是一場「鴻門宴」。帶土試圖最後一次拉攏長門到自己麾下以避免他目睹慘劇，但長門仍堅信彌彥的理想，帶土只好讓長門面對殘酷的現實。在不知道小南被半藏設陷阱抓為人質的情況下，彌彥和長門獨自去面會，然而曉的成員隨後收到緊急線報而察覺到端倪，全員出動趕去支援他們。但帶土和絕殲滅曉的援軍以防他們干預，隨後來到會面地點親眼見證「初生·曉」隨著彌彥之死而隕落，但帶土心裡默默答應會讓長門三人在夢境世界中重逢。就此走向極端的長門正式與帶土和絕聯手，同時將死去彌彥之遺體改造成「帶給世界痛楚」的培因，讓他繼續擔任「新生·曉」的首領。