在夺回佐助行动失败后的几天，鸣人做了一个非常奇特的恶梦。隔天，他和小樱以及祭去探望仍在住院的卡卡西，卡卡西看到情绪低落的鸣人便提议说，要教鸣人一个只有他才能学会的忍术……

为了开发超越螺旋丸，只属于鸣人的独创忍术，卡卡西利用躺在病床上的时间，构思出可以让鸣人在短期间内完成修炼的方法，首先，是要调查鸣人的查克拉属性为何……

鸣人开始展开修炼了，由于方法得宜，再加上查克拉性质同属“风”的阿斯玛透露一些诀窍，鸣人很快就成功的切断了树叶。另一方面，纲手也指派了新的任务……

在大和的带领下，鸣人他们便出发前往火之寺，协助处理盗墓者事件。没想到还没到达，鸣人就发现隐形墓地已遭窃，甚至还因此被火之寺的人误认为是盗墓者，两人因此大打出手……

发现隐形墓地遭破坏后，火之寺的忍僧和鸣人他们都已做好随时应变的准备了。然而就在一行人进入火之寺后，鸣人发现空似乎不怎么受欢迎，鸣人在同理心的驱使之下，对空起了好奇心……

纲手在接到报告之后，察觉到木叶正面临内忧外患的现状，纲手决定先从内忧开始处理，于是派暗部去监视段藏……而在火之寺的鸣人一行人也纷纷掉进敌人所设下的陷阱……

空跟降土有了第一次的接触，降土看上空的强大力量，便鼓吹他加入他们的行列。另一方面，被“有为转变”的陷阱困住的小樱一行人也终于会合了……

大和判断对手的目标极有可能是空，于是提议带着空一起回木叶。回到木叶后，因为祭受伤得暂时休养，于是大和便推荐空暂时接替祭的位置成为卡卡西小组的新成员……

大和为了让空熟悉小组打算进行阵势的练习，刚好路过的阿斯玛却认为时机还不到，没想到大和竟然就借这个机会要鸣人和空跟着查克拉属性同样是风的阿斯玛修炼……

　根据情报显示，盗墓者四人组的目标似乎是空。另一方面，降土告诉空他的杀父仇人就是阿斯玛，空在憎恨的驱使之下，决定听从降土的指示去袭击第五代火影……

降土一行人的木叶袭击行动，终于在大停电后揭开了序幕。虽然木叶立刻进入了警戒状态，却因为降土所制造的防御结界，使得所有的人都被禁闭在村子里面无法出去……

阿斯玛发现前守护忍十二士的四人众借着降土的转生术再次复活了。原来降土的目的是要利用雷遁四人众的忍术，将木叶忍者村烧成灰烬……

当空得知降土的目标是要将木叶忍者村彻底歼灭时，感到相当的震惊。而同时间，木叶的其他伙伴也因为出现在大门附近的死尸部队而正在极力对抗中。大家都在为各自的决斗努力着……

正当鸣人与同时拥有多种属性的风火对决时，阿斯玛也为了阻止四人众施展雷梦雷人，正在努力与北子交战着。另一方面，封印在空体内的九尾查克拉被降土释放出来了……

空被降土解除封印之后，因为愤怒的情绪使得体内九尾的查克拉大量外泄而产生失控的状态，鸣人和赶来支援的鹿丸等人也想办法压制空的暴走，但此时的空早已跌入愤怒与绝望的深渊……

　当妖狐外衣的第四条尾巴出现时，鸣人他们只能眼睁睁的看着空的意识遭到九尾的吞噬，更糟的是，连鸣人体内的九尾查克拉也和空所释放出的九尾查克拉产生了共鸣……

鸣人一边极力压抑自己体内的九尾，一边拼命的想把空的心唤回来，而其他的伙伴们，只能选择袖手旁观。另一方面，降土与阿斯玛也到了必须做出最后了结的时刻了……