为了重建木叶，伊鲁卡回到忍者学校的遗址开始整理，并回想起往日时光。当时还是新手老师的伊鲁卡，在第三代火影的请托下，同意担任鸣人的班导师，然而双亲遭到九尾妖狐杀害的过去，却让他无法敞开心胸接纳鸣人的存在……

鸣人一心想赶上成绩优异的佐助，却不断成为班上的笑柄。而身为鸣人班导师的伊鲁卡，也迟迟无法从16年前的创伤中走出来，更无法坦然地面对鸣人，因此想拜托第三代火影解除班导师职务。但第三代火影却坚决不肯接见他……

木叶后山发现有他国忍者入侵，双方因此发生了冲突，但不知情的鸣人，却在此时为了加入同学们的小集团而前往后山。伊鲁卡在得知消息后立刻赶往救援，而他国的忍者则是为了找回机密文件，开始对鸣人与伊鲁卡发动攻击……

与培因交战过后，在火之国的诸侯殿中聚集了各个重要人物，为了村子的重建工作共商大计。另一方面，在木叶的村子里，纲手的意识迟迟未恢复，让鸣人颇为担心。看到鸣人今日的模样，让卡卡西不禁回想起第七小组刚成军时的往事……

和伊那利、达兹纳谈话时，小樱和鸣人回想起在三年前发生的一个事件，当时第七小组完成了“拘捕鸵鸟”的D级任务，在经过一处小镇时，看到一名叫津角的男子，正打算要进行报仇的场面……

木叶遭到毁灭一事也传入了砂忍者村，勘九郎与手鞠很担心木叶是否能迅速从惨状中脱困，但我爱罗却对此感到乐观。此时在我爱罗的脑海里，浮现出昔日与木叶的第七小组，联手执行任务时所发生的往事……

看到鸣人历经百战却丝毫不显疲累的模样，让小樱想起昔日在村子里发生的某起骚动。三年前，小樱因突发的高烧而倒下，其症状与“查克拉病毒”所引起的症状极为酷似，而与小樱有过接触的鸣人，似乎就是病毒的带原者……

为了村子的重建工作，天天与宁次前往研究所筹措必要的忍具，并回想起第一次造访研究所时发生的意外事件。当时鸣人取代小李，与天天和宁次组成三人小组。然而，出现在他们面前的，却是风格独特的忍具研究家硫黄与他的助理硝石……

在某个森林里，有一只名叫秃鹰的鸵鸟，以前曾被鸣人所属的第七小组捕捉过。但是历经了反覆的逃亡与修炼后，秃鹰已经蜕变成一只会说人话的忍者鸵鸟。在充满好奇心的小鸵鸟面前，秃鹰开始述说它与鸣人之间一段纠葛不清的历史……

小李在中忍考试时受了重伤，在他住院治疗的期间，鸣人竟然把阿凯特地为小李调配的青春饮品喝光了。虽然鸣人拜托阿凯再制作饮品，但其中最重要的成分“徐福花”已没有库存，于是鸣人决定要为了小李，把徐福花给摘回来……

为了带回佐助并学习保护自己，鸣人与自来也踏上了修炼之旅。他们前往拥有特殊磁场的村子进行幻术修炼，因为村子外围树海的磁场，会让人陷入与幻术雷同的状态。但才刚抵达村子口，他们便遇上了一位名叫田螺的少年……

韩蛇蜘挟持村里的妇孺当人质，借此控制住整个村子。鸣人与自来也虽然想解救村子，但他们的策略却以失败告终，被俘虏的人质也被当成了供品。见到这番情景，田螺决定要挺身拯救村民，但鸣人他们却因贝螺王的能力陷入了绝境之中……

为了完成“爪印大全”这本书，佐助等人接受了猫婆婆的委托，去采集掌控猫界的大人物·猫又的爪印。猫又住在难以攻克的山寨里，还有忍猫负责保护，为了潜入猫又的身边，鸣人他们所采取的神秘对策竟然是……

时空回到木叶毁灭行动不久之后。为了牵制他国忍者的行动，鸣人参加由上忍叶山所率领的小队，前往国境从事巡逻的工作。小队里有一位别名叫万年下忍的老人，负责照顾众人的起居。正当他们四处巡视之际，大批敌军却蜂拥而来……

完成任务返回村子的第七小组，目睹了暗部正在押解一名混进村子打探报情的女忍者。为了查明这名忍者的任务与委托的村子，情报小组决定直接探索她的脑部，没想到映入眼帘的，竟然是卡卡西年幼时的身影……

中忍考试正如火如荼地进行，然而木叶毁灭行动也在当时启动。村子立刻陷入了混乱的漩涡。赶往观众席的宁次与天天，得知雏田遭到两名云忍掳走的消息，为了夺回白眼，宁次与天天、牙还有赤丸组成小队，共同执行这件A级任务……

鸣人在结束自主修炼的回程途中，发现了一张奇怪的符咒。鸣人未经思考便撕下符咒并随即返家，没想到当晚竟然有个男性幽灵出现在枕边。另一方面，木叶忍者村正为了通过一项新的警备网议案，召开了高层协商会议……

第七小组接到了夺回黄金像的任务。他们决定兵分二路，由卡卡西前往港口，留鸣人三人在林间埋伏，没想到盗贼却在此时出现了。急于表现的鸣人与佐助虽然夺回了黄金像，但两人的手也因为敌人的忍术，怎么也没办法分开……

第七与第十小组，奉命前往长年受盗贼团洗劫的某个村子。为了突破盗贼的根据地，并救出被掳走的人质，“策略家”鹿丸与足智多谋的盗贼首领巴吉，展开了一场激烈的心理战，究竟深入险境的鹿丸等人，是否能顺利完成任务呢？

鸣人的成长让他与佐助的关系更加紧绷。为了不妨碍任务的执行，于是纲手指派他们负责不同的任务。鸣人与小樱执行护卫诸侯亲戚的工作；佐助与卡卡西则是去侦查入侵火之国的忍者动向。但在进行侦查时，他们却意外发现了一个计划……