Po uratowaniu przez Izumi, Al ucieka z miejsca potyczki z Greedem. Tymczasem Greed ucieka wraz z kompanami przed ścigającą go armią. W kanałach spotyka Kinga Bradleya, który także okazuje się być homunkulusem o imieniu Wrath. Po walce, pokonany Greed zostaje zabrany do Ojca i uśmiercony.

Dzięki informacjom od Envy’ego, Ed wpada na pomysł jak wydostać się z Gluttony’ego. Chce on otworzyć fałszywą Bramę Prawdy. Tymczasem Scar pomaga May Chang szukać jej małej pandy. W ten sposób natrafiają na Alphonse’a, który idzie razem z Gluttony’m do siedziby Ojca.

Edwardowi, Lingowi i Envy’emu udaje się wydostać z wnętrza Gluttony’ego. Dzieje się to w momencie, w którym Gluttony i Alphonse oraz śledzący ich Scar i May, docierają do Ojca. Okazuje się, że Ojciec wygląda tak samo jak Van Hohenheim, lecz nie jest to ta sama osoba. Scar dowiaduje się, że to Envy spowodował wybuch wojny w Ishvalu, a Lingowi zostaje wszczepiony kamień filozoficzny Greeda.

Miles wyjaśnia Scarowi, dlaczego wstąpił do armii Amestris. Zgodnie z planem, Scar aranżuje porywa Winry i wraz z doktorem Marcoh ucieka przez Kimblee’m. Tymczasem Ojciec rozważa kandydatury na „ofiary” – mają nimi być Edward, Alphonse, Izumim, Hohenheim i jeszcze jeden człowiek.

Olivier Armstrong jedzie do centrali, gdzie otwarcie przyznaje się do zabicia generała Ravena, żądając jego stanowiska dla siebie. Spotyka także swojego brata, za którym nie przepada. Porucznik Hawkeye przekazuje Mustangowi informację o Selimie Bradleyu, za pomocą mnemotechniki. Tymczasem Ojciec śni o swojej przeszłości, gdy był homunkulusem zamkniętym w kolbie, a jego właścicielem był Hohenheim – niewolnik w Xerxes.

Badając notatki brata Scara, May wpada na pomysł jak należy je odczytać. Okrywają tam dwa kręgi transmutacyjne rozciągnięte na całe Amestris. Tymczasem Hohenheim udaje się do Liore, gdzie w ruinach kościoła rozmawia z Pride’m. Natomiast Kimblee wywołuje masakrę w Briggs przygotowując atak wojsk Drachmy.

Żołnierze Briggs eskortują Winry do domu w Resembool, gdzie spotykają Eda, Greeda i towarzyszące im chimery. Pułkownik Mustang informuje generał Armstrong o prawdziwej tożsamości Selima. Tymczasem na dzień przed Dniem Sądu, King Bradley wpada w pułapkę, przyszykowaną przez ludzi generała Grummana (jego pociąg zostaje wysadzony)

Lan Fan i Ling walczą z Gluttony’m natomiast Ed i Heinkel starają się wyrwać Ala spod kontroli Pride’a. Tymczasem Mustang odwiedza bar prowadzony przez Madame Christmas, by ostatecznie potwierdzić tożsamość Selima Bradleya. Wkrótce potem Roy niszczy bar i pozoruje śmierć Madame Christmas, która jest jego przybraną matką.

Mustang ściga Envy’ego konsekwentnie spalając jego ciało i poddając go torturom. Udaje mu się ponownie sprowadzić go do formy robaka. Tuż przed dokonaniem zemsty zostaje powstrzymany przez Eda, Scara i porucznik Hawkeye. Będąc u kresu sił, Envy popełnia samobójstwo poprzez zniszczenie swojego kamienia filozoficznego.

Otoczeni przez sztucznych ludzi, Armstrongowie mają kłopoty w walce ze Slothem. Niespodziewanie na ratunek przybywa Izumi Curtis wraz ze swym mężem Sigiem. W tym samym czasie Hohenheim walczy w podziemiach z Ojcem.

Hohenheim oświadcza Ojcu, że rozmawiał z każdą ze znajdujących się w nim dusz. Atakując go, udaje mu się zniszczyć jego ciało. Tymczasem do Central City powraca King Bradley, który postanawia stłumić bunt. Poważnie rani kapitana Buccaneera, lecz naprzeciw niemu staje Greed wraz z Fu.

Będący na skraju śmierci kapitan Buccaneer, prosi Linga, by ten dopilnował utrzymania zamkniętej bramy. Tymczasem Ed, Al i Izumi zostają przeniesieni do podziemi, ponieważ są kandydatami na „ofiary” (otworzyli Bramę Prawdy). Złotozębny naukowiec rani Rizę Hawkeye, chcąc nakłonić Roya Mustanga, do przeprowadzenia ludzkiej transmutancji.

Pułkownik widząc mrugnięcie okiem porucznik Hawkeye, odmawia przeprowadzenia transmutancji. Wkrótce złotozębny naukowiec zostaje zaatakowany przez May i chimery. Po chwil na miejsce przybywa Pride i Wrath poświęcając naukowca i siłą przymusza Mustanga do złamania tabu i transmutowania człowieka.

W wyniku złamania tabu, Roy traci wzrok. Edward i Alponse walczą przeciwko Pride’owi, natomiast May stara się powstrzymać Ojca, z pomocą swojej danchemii. W tym samym czasie Scar i Lan Fan toczą walkę z Kingiem Bradleyem. Tymczasem Ojciec wykorzystuje swoje „ofiary”, by pochłonąć dusze wszystkich mieszkańców Amestris i otworzyć Bramę Prawdy całej Ziemi.

Hohenheim, który od początku znał plan Ojca, rozpoczyna swój kontratak. Przez lata umieszczał kamienie filozoficzne w różnych miejscach i dzięki ich mocy udaje mu się zwrócić życie wszystkim poległym w czasie transmutancji Amestryjczyków. Tymczasem oślepiony King Bradley zostaje zabity przez Scara, natomiast Ed, z pomocą duszy Kimblee’a uśmierca Pride’a.

Wszyscy alchemicy i chimery zdolne do walki stają naprzeciw Ojca. Kiedy większość zostaje pokonana, a Ed traci swoją protezę, Al postanawia przeprowadzić transmutancję swojej duszy w zamian za zwrócenie ręki bratu. Udaje mu się to dzięki pomocy May. Mając ponownie obie ręce sprawne Edward przeprowadza kolejny zmasowany atak na Ojca.

Ojciec chcąc się wzmocnić wchłania Greeda z ciała Linga. W wyniku tego zabiegu Greed bardzo osłabia Homunkulusa, dzięki czemu Edward kolejnym atakiem daje radę go pokonać i zredukować do formy z kolby. Tymczasem Ed postanawia przeprowadzić ostatnią transmutancję, by przywrócić do życia swojego brata. Poświęca on swoją własną Bramę, co skutkuje pozbawieniem umiejętności alchemicznych.