האחים אלריק משתתפים במצוד אחר "אייזק המקפיא", אלכימאי לאומי לשעבר שנחוש למוטט את שלטונו של פיהרר בראדלי.

הצצה לעבר חושפת את הכאב והייאוש שהובילו את האחים אלריק לשבור את הטאבו הגדול ביותר של האלכימיה: התמרה אנושית.

המדע והאמונה מתנגשים כשהאחים אלריק מתעמתים עם האב קורנלו, וחושדים שהוא משתמש באבן החכמים לרעה כדי לשלוט בצאן מרעיתו.

אד ואל פוגשים את שו טאקר, שיכול ללמד אותם דבר או שניים על אלכימיה – ועל האכזריות האיומה שלפעמים כרוכה בה.

אדוארד ואלפונס מותקפים על ידי סקאר – מתנקש מסתורי בעל כוחות מדהימים, המבוקש בגין סדרת רציחות מחרידות.

האחים אלריק פוגשים את ד"ר מרקו, אלכימאי לאומי שנמלט מחטאיו ומחזיק במידע שיכול לעזור לאחים להשיג את אבן החכמים.

האחים אלריק, שגילו מהו המרכיב הסודי והמחריד באבן החכמים, ממשיכים בחיפוש אחר האמת ומגיעים למעבדה סודית.

אד ואל נלחמים בשומרים המופרעים של המעבדה החמישית. בתוך כל הכאוס שנוצר, האמת מאחורי אבן החכמים נקברת בהריסות.

אל זועם בגלל המחשבה שכל קיומו נוצר על ידי אחיו. רק וינרי תוכל להוכיח לו עד כמה הוא טועה.

המזימה סביב אבן החכמים מגיעה גם לדרגים הגבוהים ביותר בצבא. אחד מבעלי בריתו הנאמנים ביותר של מוסטנג נרצח.

האחים אלריק מבינים שהאלכימיה עדיין לא פענחה את סוד יצירת החיים, וניצבים חסרי אונים מול צירי הלידה של חברה חדשה.

האחים אלריק מבקרים את איזומי, מורתם לשעבר, ונזכרים כמה הם התקשו בזמנו לקלוט את מושג ההתמרה.

קינג בראדלי מתעמת עם גריד ומוכיח שהוא יכול להיות יריב אכזר. אבל מי שיצליח להרוס את המגן הסופי יהיה חזק יותר מהפיהרר בכבודו ובעצמו.

האחים אלריק מתקוטטים עם לינג יאו ועם בני לווייתו לאן פאן ופוּ, שבאו משינג כדי לחפש את אבן החכמים.

אנבי עדיין מסתתר מתחת לאף של האלכימאים הלאומיים, והומונקולוס נוסף עומד לחדור לשורותיהם.

אפילו התומכים הנאמנים ביותר של אלכימאי הלהבה מזועזעים ממעשיו הבעייתיים כלפי מי שהואשם ברצח מייס היוז.

מסעו של אד לארץ רחוקה חושף פרטים מפתיעים על המפגש בין מוסטאנג לרוס. אלריק מגלה סוד הקשור להוריה של וינרי.

מוסטאנג, אלפונס, האבוק והוקאיי מתפצלים כדי לחפש מעבדה צבאית. אם התוכנית של לאסט תצליח, הם לא יראו עוד זה את זה.

הביקור של הוהנהיים מסתיים באזהרה חמורה לפינאקו, אבל אד מוצא תקווה בין שרידי ילדותו ומשוכנע שיהיה אפשר להחזיר את אל לגופו.

אד ואל חושבים על תוכנית מסוכנת במטרה לפתות את ההומונקולוסים לצאת מהמחבוא. השלב הראשון: להסתכן בכך שסקאר, אויבם המסוכן ביותר, יהרוג אותם.

וינרי מגלה מה היה חלקו של סקאר במות הוריה ונתקפת רגשות רצחניים, בדיוק כמוהו.

שיתוף פעולה בין הכוחות המורדים של מוסטאנג לחבורתו של לינג יאו מוביל ללכידת הומונקולוס, אבל גם מושך את תשומת ליבו של מרגל הומונקולוס.

האחים אלריק מתקשים להילחם בכוחות הרשע של גלאטוני. מוסטאנג חושד בבראדלי ומוצא את עצמו בבטן המפלצת.

אד ולינג מוצאים את עצמם בבטן של גלאטוני, ונתקלים באויב מרושע. בסנטרל, מוסטאנג נאלץ להתבונן מהצד כשבראדלי מפלג את הצבא שלו.

האמת המטרידה נחשפת לאחר שאל מוצא את מי שמכונה "אבא", ואד שוב מפר את הטאבו הגדול ביותר של האלכימיה.

חזיונות מהעבר מלווים את הרהוריו של הוהנהיים על האבסורד שבאנושיות: הכאב הכרוך באהבה למשפחה, סודות האלכימיה ושורשי המלחמה.

האחים אלריק פוגשים את "אבא" ונדהמים לראות כיצד הוא יוצר הומונקולוס חדש באמצעות אלכימיה שאמורה להיות בלתי אפשרית.

טעות אחת קטנה של האחים, ויקיריהם יראו את נחת זרועו של בראדלי. מלבד זאת, ייתכן שאין צורך באבן החכמים.

אדוארד שומע את הסיפור של הוקאיי על תקופה שבה חיילים נשלחו לבצע רצח עם. בד בבד, הזוועות משדה הקרב באישבל נחשפים.

מוסטאנג מצליח למצוא בעלי ברית גם אחרי שאיבד את אנשיו, אלא שגם אויביו אינם לבדם. ההומונקולים משחררים את אחד הרוצחים המסוכנים ביותר ממלחמת אישבל.

מפגש סודי מאפשר למוסטאנג להצית שאיפות חדשות במכר ותיק – בעל ברית שיש לו חיילים. אד ואל פוגשים את המעריץ הגדול ביותר שלהם.

קימבלי סוגר על סקאר. אזור הגבול הצפוני הופך לשדה קרב. תנאים קשים עומדים בדרכם של אד ואל אל מבצר בריגס.

החיילים במבצר בריגס שומרים על דריכות מול איום המרגלים. נדמה שאין דרך לחדור למתחם, אבל פולש אלים מצליח לעשות זאת.

אד חושף קנוניה בסדר גודל אדיר: מזימה שכבר גבתה קורבנות רבים מספור. נראה שצפויה שפיכות דמים גם במבצר בריגס.

רייבן מנסה לדרדר את ארמסטרונג. בינתיים, אד ואל נאלצים להמתין בתאם. לפני שנים רבות, אביהם התמודד עם שבי, וכדי להימלט מהכאב, הוא נפרד לשלום.

ההומונקולוס הראשון חושף את עצמו בפני הוקאיי ההמומה. קימבלי מציע הצעה לאדוארד, אבל תחילה עליו להסכים להפוך לרוצח המונים.

צמד כימרות מאיים על סקאר, והאחים אלריק נחלצים במפתיע לעזרתו. בהמשך, הניסיון של וינרי להתעמת עם סקאר מסתיים באסון.

חטיפתה של וינרי בידי סקאר נחשפת, וצריך לגבש תוכנית חילוץ. סופה קשה מתקרבת – סופה שרק אלפונס אלריק יכול לה.

לפני שנים רבות, דמו של עבד פשוט שימש בניסוי שבו נוצרה ישות מוזרה וחסרת צורה.

האחים אלריק, שהקשר ביניהם עמוק יותר מקשר דם, חלקו זה עם זה רגעים של שמחה וגם של כאב. עכשיו, נראה שהחיבור המיסטי בין נשמותיהם עלול להיות קטלני.

מיי ומרקו משיגים התקדמות במאמציהם לפענח את המחקר של אחיו של סקאר, אבל ייתכן שכבר מאוחר מכדי למנוע אסון.

בצפון המושלג, החיילים במבצר בריגס נלחמים מול צבא פולשים, ומרקו עומד בראש מתקפה נגד אויב מפלצתי.

הוהנהיים ואלפונס זוכים להתוודע זה לזה מחדש. הם מחדשים את הקשר כאילו לא נפרדו מעולם, והאב רואה בכך הזדמנות לשתף את בניו בסודותיו.

אזהרות שקטות נשמעות מכל עבר: היום המובטח קרב ובא.

תוכניותיהם של אלה שעומדים לתבוע לעצמם את השלטון נחשפות, והכאוס מתעצם אחרי שמתנקש מכה במנהיג רב־עוצמה.

מהשריון של אל בוקע קול מרושע. אד וגריד מוצאים את עצמם תחת מתקפה.

מוסטאנג חוקר לעומק את ההיסטוריה המשפחתית של בראדלי ומכנס את חייליו הנאמנים ביותר.

אביו של אל עוזר לו לבלום את פרייד בפעולה מדהימה.

במתקפה על הביצורים של סנטרל, מוסטאנג מוביל כוח שמורכב מכל מיני חיילים מהצפון, כולל כמה פנים אהובות מהעבר.

הצוות של אד ניצב מול עדר של בובות רעבתניות – יצורים מתועבים שמקושרים לנשמות של בני אדם.

אבן החכמים נמצאת בידיו של אלפונס, והוא מתעמת ללא חת עם פרייד ועם קימבלי.

השמועה על ההפיכה מסייעת למורדים. מיי מפתה את אנבי לתוך מלכודת שמובילה לעימות חזיתי עם מוסטאנג.

אדוארד מבין שאנבי מנסה להסית את חברי הקבוצה זה נגד זה. הקרב בין האחים ארמסטרונג לסלות' מגיע לנקודת תפנית.

קרב אחד מסתיים, ואחר מתחיל. הוהנהיים ואבא נלחמים על אבן החכמים – מי ינצח?

אבא מתכנן את הבריחה. בראדלי תוקף את מרכז הפיקוד של סנטרל ומתמודד מול יריבים חזקים.

קרב קטלני פורץ בין בראדלי לפו. הקבוצה של אדוארד פוגשת את הרופא שיצר את בראדלי ומתמודדת עם אתגר חדש לגמרי.

לינג משתמש במלוא הכוח של גריד כדי להשמיד את האויב בשער. הקבוצה של אדוארד מוצאת את הוהנהיים ונופלת למלכודת.

אדוארד, אלפונס, הוהנהיים, איזומי ומוסטאנג ממתינים שגורלם יוכרע במאורה של אבא, והעתיד נראה עגום.

אבא מממש את תוכניתו ובולע את כל הנשמות באמסטריס. כעת הוא יכול לעבור דרך שער גן העדן ולהגיע לעין האלוהים.

ליקוי חמה נותן מעט תקווה לנשמותיהם של אנשי אמסטריס. הוהנהיים חושף את תוכניותיו, ואדוארד נלחם בפרייד בפעם האחרונה.

אדוארד, ארמסטרונג ואיזומי מוצאים דרך לעמוד בפני המתקפות האכזריות של אבא. אלפונס מקריב מעצמו כדי לעזור לאדוארד.

בעקבות העימות הסופי עם אבא, אדוארד גומל לאלפונס הקרובן שהקריב בהקרבה משלו. הוהנהיים מוצא סוף־סוף מנוחה לנפשו.

בפרק האחרון, האחים אלריק חוזרים לריסמבול, שבה מחכה להם עתיד חדש. וינרי ואדוארד מגלים זה לזה את רגשותיהם.