前國家鍊金術師，在伊修瓦爾殲滅戰後轉而進行反政府活動的男子「冰凍之鍊金術師」艾薩克‧馬可度加魯，出現在中央。「焰之鍊金術師」羅伊‧馬斯坦古與擁有機械鎧手腳的少年「鋼之鍊金術師」愛德華‧愛力克，以及其弟弟阿爾馮斯，奉大總統金格‧布拉德雷之命前往緝捕。艾薩克在殺人的同時、卻也另有所圖似地在中央暗地活動，其目標究竟是…？

愛德與阿爾為讓溫柔的母親復活，挑戰被視為最大禁忌的「人體鍊成」，然而等待著兩兄弟的卻是過於巨大的代價。有一天，一名軍人出現在陷入絕望深淵的兩兄弟面前，他給這兩兄弟建議就是成為國家鍊金術師。為取回失去的東西，愛力克兄弟展開漫長的旅途！

愛德與阿爾聽說里歐爾有個使用「奇蹟之術」的教主而來到此地。該名雷托教教主柯奈洛所施展的鍊金術，竟違背等價交換的原則。為了探查真相，愛德與阿爾藉由當地認識的少女羅賽引領下與柯奈洛見面。

羅伊介紹「綴命之鍊金術師」修‧塔克給愛德與阿爾認識，塔克是在兩年前成功鍊成懂人話合成獸的生體鍊成權威。在愛德與阿爾到塔克家尋找資料的期間，也與他女兒妮娜變得很要好。另一方面，面臨一年一度的國家鍊金術師查核日，則讓塔克感到相當焦慮。

令亞美斯多利斯全國騷動，神出鬼沒、專挑國家鍊金術師殺害的神秘人物「傷痕男（斯卡）」出現在東都。愛德與阿爾在城裡巧遇斯卡，就遭到斯卡的攻擊、毫無轉圜的餘地。斯卡的驚人武術與不可思議的「破壞的右手」，讓愛德與阿爾無法招架…。

為修復損壞的機械鎧，愛德、阿爾與阿姆斯壯一起回到故鄉利塞布爾。當他們在中途的車站休息時，阿姆斯壯偶然看到一名男子。這名男子叫馬可醫生，過去在軍方的研究所，研究應用在醫療方面的鍊金術，伊修瓦爾內亂後卻突然失蹤。愛德一行人前往拜訪馬可，得知原來他曾奉軍方命令研究過「賢者之石」的驚人事實。

愛德與阿爾來到國立中央圖書館第一分館尋找馬可的研究資料，但他們看到的分館卻已完全燒毀。為確認馬可的資料是否放在分館裡，在羅斯少尉的安排下，去見一名據說精通分館資料的少女‧榭絲卡。她證實那些資料確實是放在已經燒光的分館。正當愛德等人為此感到沮喪時，榭絲卡提出一個意外的妙計。

為探查賢者之石真相而潛入第五研究所的愛德，發現畫在地上的賢者之石鍊成陣。此時，身著盔甲的男子‧48號向愛德襲擊。另一方面，在研究所外等待愛德的阿爾，也遭到66號的攻擊。在激戰當中，他們發現一個意外的事實。原來48號跟66號竟和阿爾一樣，都是靈魂附著於盔甲上。

愛德在第五研究所的戰鬥中不僅損壞了機械鎧，身體也受重傷，立刻聯絡在利塞布爾的溫莉前來中央修理機械鎧。此時，阿爾因巴利的一句話而心亂如麻。「自己的靈魂跟記憶，是否都是哥哥假造出來的？」－揮之不去的疑惑漸漸擴散開來，甚至影響他們從未動搖的兄弟之情…。

愛德與阿爾在病房裡，將第五研究所發生的始末告訴阿姆斯壯與休斯等人。人柱、賢者之石的鍊成陣，以及擁有銜尾蛇刺青的一些人…但仍是謎團重重。此時，大總統布拉德雷突然出現在他們面前。他告訴愛德等人，即使是大總統也無法掌握軍方內部不太穩定的情形，並要求他們在事件明朗前不得輕舉妄動。雖然得到忠告，但敵人的魔爪仍伸向意外的人物…。

在溫莉的強烈要求下，愛德與阿爾也一起來到機械鎧技師的聖地「拉修巴雷」。沒想到抵達後不久，作為國家鍊金術師證明的銀懷錶卻被名叫帕妮孃的少女偷走了。但也因此，愛德等人與帕妮孃，以及幫帕妮孃製作機械鎧雙腳的多明尼克、與他的家人產生意外的互動。溫莉看到多明尼克的機械鎧技術後，馬上表明希望拜他為師。就在此時，原已懷孕的多明尼克兒媳‧莎特拉，突然要生產了。

愛德與阿爾抵達達普利斯後，與久違的師父伊茲米重逢。在見到伊茲米沒多久，就從她口中得知父親霍恩海姆的消息。當晚，愛德想起第一次見到伊茲米時的事。母親過世後不久，愛德與阿爾為磨練自己的鍊金術，而死纏著伊茲米要收他們為徒；沒想到等待著兩人的，卻是為期一個月的無人島求生訓練。兄弟倆是否能找出伊茲米所言「一即是全，全即是一」的答案呢？

羅伊終於調動到中央去。另一方面，被人造人打成重傷的斯卡，也正準備前往中央。此時，為找回真理之門的記憶而待在伊茲米家的阿爾，遇到一群宣稱知道阿爾秘密的詭異人士。他後來才發現，原來這些人全都是合成獸…。

在伊茲米的闖入下，讓愛德與古利德的戰鬥出現轉機。沒想到此時金格‧布拉德雷突然率領國軍衝進來，要殲滅古利德一夥人。古利德原本打算帶著阿爾逃走，結果卻遭到金格‧布拉德雷的阻擋，並對身為人造人的古利德展開壓倒性猛攻。在戰鬥當中，古利德從布拉德雷眼中看到無法置信的東西。

當斯卡與尤基正準備去中央時，神秘少女「梅」出現在他們面前。能使出「鍊丹術」這種不可思議法術的她，自稱是來自東方的大國‧清國，來亞美斯多利斯的目的則為了尋找長生不老的方法。另一方面，到拉修巴雷修理機械鎧的愛德與阿爾，認識一名倒在路上的少年‧麟。他也是清國人，目的是為了得到賢者之石。對麟打聽關於賢者之石的事，愛德謊稱「什麼都不知道」。但緊接著兩兄弟背後突然被人持刀抵住。

羅伊與巴利接觸後，對休斯遭到殺害的真相已有頭緒，一連串行動不久也被人造人們發現。此時，與溫莉一起來中央找休斯的愛德與阿爾，卻從在軍部見到的瑪麗亞‧羅斯、告知休斯已死的震驚事實。殊不知溫莉已先行往休斯家去…。

羅斯被當成殺害休斯的嫌犯，遭到軍方拘禁。眼看羅斯的處境越來越不利，沒想到巴利卻在此時襲擊了拘留所，剛好也把關在該處的麟一併救出。在軍方下令格殺勿論的緝捕令後，愛德與阿爾為探求事件真相而前往中央司令部。沒想到羅伊已早先一步出現在羅斯面前，並朝著她發出火焰閃光。

由於羅伊的命令，留下阿爾在中央，愛德則與阿姆斯壯一起前往利塞布爾。沒想到抵達不久就在普雷達的安排下，秘密前往傳說中的王都‧克塞魯克塞斯的遺跡。愛德經一番努力才越過大沙漠，並在該處與老胡重逢。愛德一行人在他帶領下前往遺跡的內部，沒想到卻意外地遇見了某個人。

羅伊對人造人策劃的作戰，即將進入最後關頭。巴利追尋自己的肉體而潛入第三研究所的地下，羅伊也與哈博克、阿爾等人一起進入，並分成兩路前進。哈博克與羅伊卻遭遭遇打算來收拾他們的拉斯多，此時才得知人造人的真實身分與秘密。羅伊雖感到困惑，最後仍成功掌握一絲機會引起大爆炸，拉斯多則灰飛煙滅。但在賢者之石驚人力量的加持下，復活的拉斯多瞬間用矛銳利地貫穿哈博克與羅伊的身體。

愛德與阿爾的父親霍恩海姆，回到久違的利塞布爾。但愛德因不滿他讓母親朵莉夏受苦，而對他也相當不客氣。霍恩海姆得知愛德兩兄弟曾做過人體鍊成後，以疑問的口氣說「那真的是朵莉夏嗎？」。隔天，霍恩海姆離開村子後，愛德與比拿可前往老家的殘跡之處。目的是為了挖出自己所埋葬的罪孽證據－由人體鍊成做出的母親遺體。

愛德與阿爾到醫院探訪在與拉斯多戰鬥而負傷住院的羅伊與哈博克，他們得知人造人的大本營居然也涵蓋了大總統官邸，這也對自己所面對之巨大存在感到寒顫。當兩兄弟正打算前往探尋人造人的秘密時，突然接到斯卡現身於中央的情報。

蘭芳遭布拉德雷砍傷，雖然麟即時趕到，但仍被布拉德雷與庫拉多尼逼到無路可走。另一方面，溫莉與葛蕾希亞一起去休斯墳前掃墓，在回程的路上得知愛德與阿爾正與斯卡戰鬥中。溫莉急忙趕到現場，沒想到卻湊巧聽到斯卡正是殺害自己雙親的犯人之事實。

為緝拿人造人，將傷心的溫莉交給軍方保護後，愛德與阿爾打算與斯卡再戰一場。羅伊與霍克愛也趕往現場支援愛德兩兄弟。此時，麟一邊抱著蘭芳，一邊設法躲過布拉德雷的猛烈攻勢。雖然麟勉強躲過眼前的危機，但仍無法甩掉奉布拉德雷之命前來追殺兩人的庫拉多尼。蘭芳認為自己拖累了麟，居然持刀朝自身…。

馬可被人造人帶回他們的大本營囚禁，他認為這些人造人打算犧牲所有亞美斯多利斯國民，藉以構築「國土鍊成陣」。另一方面，愛德、阿爾與麟雖設法阻止失控的庫拉多尼，但庫拉多尼能把所有東西吞下的能力，讓三人無計可施。在這場戰鬥中，麟又感覺到存在著某些異樣的氣息。

愛德被庫拉多尼吞了進去，回神過來才發現自己身處於一片漆黑、無止盡血海的不可思議空間。愛德雖在這裡遇見麟，但兩人仍找不到逃出去的方法，不久他們又遇到一起被吞進來的恩維。恩維告訴他們這是庫拉多尼的肚子裡，也是「父親大人」做失敗的真理之門，一旦進來就無法出去。

阿爾與小梅為去見父親大人，與庫拉多尼一起前往人造人的大本營。途中湊巧被出來找小梅的梅與斯卡撞見，梅與斯卡決定跟蹤他們一起潛入地下。另一方面，在庫拉多尼的肚子裡，恩維顯現出真正模樣與愛德、麟戰鬥。不過當愛德看到構成恩維身體的人們的模樣，居然猶豫而被打倒。眼見愛德就要被恩維吞下肚，意識朦朧的愛德這時突然想起克塞魯克塞斯的鍊成陣，想到從庫拉多尼肚子裡逃出去的方法。

某個村子正在舉辦祭典，霍恩海姆也在旁觀看。此時，一名年輕女子拿著酒來找他，她叫比拿可‧洛克貝爾。比拿可與霍恩海姆邊喝酒、邊談著這個國家的狀況與愛德兩兄弟的旅程。當酒酣耳熱之際，一名少女出現在霍恩海姆面前，接著又有一名長相酷似霍恩海姆的男子。他們身處的世界漸漸地產生扭曲…。

庫拉多尼帶領阿爾與小梅來到了父親大人的所在處。那時庫拉多尼的肚子突然裂開，愛德、麟、恩維從中冒了出來。兩兄弟雖對重逢感到高興，但隨即被父親大人的長相給嚇到，因為他居然跟兩兄弟的父親‧霍恩海姆長得極為相似。父親大人雖善待兩兄弟，卻下令人造人殺了麟。兩兄弟試圖反抗，仍因父親大人不可思議的力量而無法使出鍊金術，與麟一起遭到制服。接著父親大人又說「古利德的位子還是空著的」，然後從體內取出賢者之石接近麟。

被恩維等人抓到的愛德與阿爾，在父親大人的指示下移交給中央司令部的布拉德雷。愛德兩兄弟進入房間後看到羅伊已經坐在房內，並從羅伊口中得知包含霍克愛在內的羅伊所有部下都被調職，以及軍方高層早已落入敵人的手中。愛德向布拉德雷表示，他不想成為父親大人計劃的幫兇，打算歸還國家鍊金術師的資格…。

愛德為歸還借來的槍，因此到霍克愛的公寓找她，也坦承自己在戰鬥中不敢開槍的事實。接著愛德又問了霍克愛是否曾感到槍很沉重，以及霍克愛奉命前往參加的伊修瓦爾殲滅戰所發生的事。就在同時，被關在中央司令部地底的馬可，正打算把軍部在伊修瓦爾所幹下的種種恐怖行為告訴斯卡。

愛德離開霍克愛那裡到街上與阿爾相遇。表示羅伊跟霍克愛在伊修瓦爾戰後活下來，正為「達成目的的未來」行動，讓他們也重新下決心要身體恢復原狀。愛德還對阿爾提及與父親大人戰鬥時，在地上也不能使用鍊金術。因看到當時鍊丹術仍發揮力量而感到一線曙光。為想瞭解鍊丹術、隔天早上兩人去探查梅的去向…。

古拉曼與羅伊在休斯的墳前密會，羅伊將事件的始末全都告訴古拉曼，希望得到他的協助。另一方面，愛德一直無法掌握梅的行蹤，此時阿姆斯壯前來告知梅他們已經往北方去了。愛德打算馬上出發去找他們，阿姆斯壯給了愛德一封親筆介紹信，並要他抵達北方後首先去找素有「布利古斯的北壁」之稱號的布利古斯要塞駐守將軍。此時，阿爾也遇到一名意外的人物…。

金普利與搜索隊一行人，為追尋斯卡與馬可的行蹤往西而去。在情報混亂的狀況下，金普利推斷斯卡打算由西往北前進。當晚，斯卡果真潛伏於往北行駛的貨物列車中。此時，金普利突然現身，並與曾在伊修瓦爾戰交手的斯卡重逢。眼看殺死自己哥哥的兇手就出現在面前，斯卡的憤怒也在此時達到頂點。

好不容易抵達布利古斯要塞的愛德與阿爾，立即向當地的指揮官‧奧莉薇表明自己前來的原委與目的，並希望能協助尋找梅。愛德與阿爾也被要求在找到梅之前，得在要塞內幫忙工作。奧莉薇的輔佐官、也有著伊修瓦爾血統的軍人‧邁爾斯，一邊帶路、一邊告訴他們奧莉薇的行事作風，以及這個要塞的規則就是「弱肉強食」。途中，兩兄弟還遇見了被降職調到布利古斯要塞的法爾曼，沒想到此刻卻聽到從地底傳來陣陣的不正常的聲響。

奧莉薇對於襲擊要塞的人造人‧斯洛烏斯，展開「布利古斯風格」的反擊，那就是利用能將一切為之凍結的布利古斯的自然環境。隔天，邁爾斯得知金普利住進附近的醫院，因而前往探望。這時，愛德與阿爾在斯洛烏斯挖掘的隧道內，將一切真相告訴奧莉薇，他們也在對話中察覺到這個國家的成立，似乎有些異樣的地方。

霍恩海姆一人佇立於毫無人煙的山裡。當他將手指刺進胸膛，從體內取出紅色血塊時，腦海裡突然想起昔日與家人的種種回憶。奧莉薇正打算刺探軍方的企圖而配合雷文談笑之時，突然有人回報在斯洛烏斯挖掘的隧道內進行搜索成員失去聯絡。

為捕捉斯卡，愛德、阿爾、溫莉、金普利以及邁爾斯等人來到巴茲庫爾。在分頭尋找的時候，愛德和阿爾避開軍方的耳目，打算獨自尋找斯卡及與他一起的梅。想不到遇上梅、馬可和尤基等人。在聽尤基談到他過去故事的時候，與梅分開行動的斯卡那邊，則出現金普利的手下桑巴諾跟傑爾森。

經過一番奮戰，愛德與阿爾終於抓到了斯卡，沒想到溫莉卻幫這殺死父母的仇人療傷。當斯卡問她「妳是要原諒我嗎？」，溫莉只是毅然地回答他「我並沒有原諒你的無理蠻橫」。另外，雖身上留著伊修瓦爾人的血，但為「改變這個國家」而繼續留在軍中的邁爾斯，他的存在也讓斯卡的心境產生新的變化。在馬可等人的懇求下，邁爾斯決定暫時釋放斯卡。當他們正在思考如何才能瞞過金普利的眼目，將溫莉與斯卡等人一起藏匿在布利古斯要塞之時，溫莉卻說出了令大家感到意外的方法。

奧莉薇在布拉多雷的命令下，被召回了中央司令部。為尋找突破的機會，她刻意接近布拉多雷，並轉調至軍方高層。另一方面，與霍克愛在中央司令部的餐廳重逢的羅伊，透過霍克愛的暗號得知大總統之子傑利姆的真實身份。此時，在中央司令部的地底，父親大人正夢見著過去的那段日子。當時的克塞魯克塞斯王國仍非常強盛，從被稱為「23號」的奴隸少年的血而誕生的他，給這名少年名字當作謝禮。那就是「馮‧霍恩海姆」。

邁爾斯等布利古斯要塞的成員，試圖暗中殺死金普利及其部下。愛德提議希望能活抓他們，但反被邁爾斯斥責「你的那種天真個性，說不定會奪走你或夥伴的性命」。邁爾斯等人雖然試圖等到金普利落單時加以狙擊，但他們的計畫卻早已被金普利察覺，並在實行前遭到反擊。而且化身為合成獸的金普利部下塔利烏斯與海因凱爾，還向愛德發動攻擊…。

溫莉等人抱著突然昏迷的阿爾，來到途中的山間小屋。他們在此休息，順便試著解讀斯卡哥哥的書。討論之間，梅在聽到醒來後的阿爾與馬可的對話後，像是得到線索似的對斯卡哥哥的書做了一些動作，成功找出隱藏於其中的鍊成陣。沒想到，這個鍊成陣居然是…。另一方面，金普利在斯洛烏斯挖掘的地道與普萊德相遇。普萊德命令金普利反過來利用布利古斯士兵的團結，在布利古斯刻下血紋。

馬可等人躲在「亞斯培克」這伊修瓦爾人的貧民窟，恩維從桑巴諾口中得知這個消息後也隨即前往。雖然馬可與傑爾森等人試圖反擊，但馬可仍被巨大化的恩維抓住。恩維一一說出馬可過去犯下的罪行，並慢慢地加以折磨。不僅如此，恩維還透露馬可過去的部下，已經全被做成賢者之石之事。馬可在得知此事之後…。

阿爾一行在里歐爾與霍恩海姆重逢，阿爾也告訴霍恩海姆至今發生的事，以及愛德目前下落不明。此時，塔利烏斯出現在北都的銀行，並領走愛德戶頭的錢。他在領完錢後就回到鎮上的醫院，沒想到卻被軍方人士暗中跟蹤…。另一方面，彼得為尋找古利德而潛入中央軍司令部的地底，在那裡遇見外表已變成麟的古利德。

返回清國而來到尤斯威爾這東部城鎮的梅，受到當地居民的熱情款待。這也讓原本對自己要拋下亞美斯多利斯的人們，獨自回國而猶豫的梅內心更感到掙扎…。另一方面，愛德與塔利烏斯為尋找阿爾而來到羅伊在中央的藏身之處，結果再次遇見暫時取回身體主導權的麟。麟向愛德傳達父親大人將在「終將到來之日」當天開啟真理之門的事。

在「約定之日」的前夕，溫莉回到了利塞布爾的老家，沒想到卻意外地與愛德重逢。另一方面，與邁爾斯一起暗中來到東部的阿爾，在藏匿處再度發生靈魂與肉體拉扯回的感覺。由於這種感覺發生的間隔越來越短，也讓阿爾感到相當不安。在那時候，阿爾的行蹤居然被庫拉多尼發現了。雖然阿爾想要逃走，但此時靈魂又開始遭到肉體的拉扯，終於陷入昏迷。

愛德一行在卡納馬這個部落與霍恩海姆重逢，霍恩海姆也告訴愛德關於他身體的秘密，以及父親大人打算在隔天發生的日蝕開啟真理之門等事。其後，愛德也將比拿可要他轉達母親朵莉夏的遺言給霍恩海姆。聽到這番話，霍恩海姆的反應是…。休息過後，愛德等人正打算啟程前往中央，突然阿爾出現在面前。雖然愛德很高興能與阿爾重逢，但古利德體內的麟卻察覺到一股異樣的氣息。

愛德等人在重新復出的蘭芳的幫助下，一下子就反轉戰局。但在此刻，在另一地點與普萊德對戰的海因凱爾，卻因不論怎麼攻擊都無法擊倒普萊德而陷入苦戰。不久周圍的燈光也漸漸亮起，讓原本被封住的普萊德的影子得以復活。另一方面，在聖誕節夫人的協助下，羅伊查出了傑利姆的真實身份。可是在他的背後，居然出現軍方的密探。

普萊德以無情的手段取得庫拉多尼的能力，愛德等人也對那種能力束手無策，一轉眼就被逼到無路可退。此時，被帶到其它地方醒來的阿爾，當知道哥哥等人是因自己而身陷險境時，向霍恩海姆提出一個計畫。霍恩海姆為執行這項計畫，獨自前往挑戰普萊德。當他對普萊德發動攻擊的瞬間，繞到普萊德背後的阿爾也同時向前狂奔，試圖壓制普萊德。沒想到在最後一刻，反過來被普萊德抓到…。

羅伊挾持布拉德雷夫人做為人質，對中央司令部燃起反叛的狼煙。原以為這場叛變會馬上遭到鎮壓，沒想到在羅伊一行人的巧妙攻擊，以及出乎意料的查理小隊等布利古斯軍助陣下，形成擴及中央全域的激烈巷戰。此時，羅伊等人與協助策劃這場叛變的某個人物相遇。這個人也告訴羅伊，其實還有一名暗中提供支援的意外協助者。

軍部上層終於解放出大量的人偶兵們，他們不怕死，更不屈不撓，也咬死了本來應該遵從軍部上層的人。同時，一群人偶也朝著愛德他們襲來。另一方面，公然對軍部上層引起叛亂的奧莉薇前方，出現為了殺掉她而來的斯洛烏斯，擋住了她的去路。而傑利姆和阿爾一起被關在圓頂物內，留在村落附近的海因凱爾，聽到圓頂物裡有連續的敲擊聲，才發現傑利姆是有意圖的。但是為時已晚，金普利已經出現在他背後…。

因為海因凱爾的話，阿爾終於決定使用賢者之石。充分利用被關在石頭裡靈魂們的力量，以普萊德和金普利兩人為對手，阿爾勢均力敵且展開憤怒的戰鬥。另一方面，由於阿姆斯壯的參戰，緩和了奧莉薇與斯洛烏斯的苦戰。但是沒多久，斯洛烏斯拿出了「認真」的力量，所謂那個被隱藏的力量…。

普雷達叛亂軍佔領了中央廣播電台。他們藉由廣播，向國民捏造事實，說明引起政變的其實是中央軍上層，而他們會採取行動去阻止。另一方面，愛德和斯卡們在中央司令部的地下和大量人偶兵戰鬥，羅伊和霍克愛也趕到現場。之後，梅也和恩維一起出現了。第一次見到恩維的羅伊尋問「殺了休斯的是誰？」，而恩維展現的回答是…。

恩維使用卑鄙的圈套，始終還是被羅伊和霍克愛識破。已經到極限的恩維，又再次變回小蜥蜴般的身體。怒火充斥的羅伊，打算給恩維最後一擊。這時，霍克愛舉槍制止了羅伊的行為。同時，擔心羅伊而急忙趕到的愛德和斯卡，也告訴他「不能因贈恨和復仇而迷失自我」。看著眼前尋找多年的仇敵，最後羅伊找回了理智而沒有殺它。

帕卡尼亞們和布利古斯軍終於佔領了中央司令部。當時，還生存的中央軍士兵們共同和大量的人偶兵作戰，阿姆斯壯和奧莉薇也在其中。但是，原本已經不能動的斯洛烏斯卻又再度開始活動，使他們受了重傷。雖然士兵們已經幫阿姆斯壯和奧莉薇爭取逃跑的機會，可是他們仍然選擇不逃跑，在那樣緊急的情況下，意想不到的人物現身解危了。

父親大人和霍恩海姆正對峙著。霍恩海姆使用龐大的時間，已經與自己體內53萬6329人的靈魂完成對話，並使用這些靈魂，打算從內部來破壞父親大人的身體。另一方面，返回到中央司令部正門口的布拉德雷，被布利古斯軍一齊射擊，不過，布拉德雷僅一個人就完全擊破了防守線。帕卡尼亞也受到重傷。儘管如此，法爾曼還是抱著必死的決心，害怕的架起槍對著大總統。而原本下落不明的古利德突然現身，幫忙攔阻了。

為了找到父親大人而延著地下道前進的愛德和羅伊們，在中途的大廳遇到了金牙醫生。那個醫生介紹自己是「製作了金格‧布拉德雷的人」，他看到羅伊也在場，於是叫出了「說不定能變成布拉德雷」的男人們，向愛德他們襲來。另一方面，在中央司令部入口和布拉德雷作戰的古利德和胡爺爺，就算兩人聯合也無法打倒布拉德雷，結果最後反倒是胡爺爺犧牲了。

由於胡爺爺和帕卡尼亞先前拼命的奮戰，再加上布利古斯兵幫助古利德，終於從城牆上成功打掉布拉德雷。而麟聽了帕卡尼亞的最後請求，藉助古利德的力量，一個人開始向中央兵猛攻。同時，愛德、阿爾和伊茲米的腳下，出現了無數的影子手將他們拖入真理，最後一起出現在父親大人的面前。

在金牙醫生和羅伊激戰的地方，梅和桑巴諾們的援助攻擊一瞬間襲來。一下子就讓情勢使之反轉，然時此時，傑利姆和渾身是血的布拉德雷卻突然出現。布拉德雷取劍襲擊羅伊，刺穿了他的手並且固定在地上，之後，傑利姆以金牙醫生作為犧牲品，開始進行強制的人體鍊成。

五個人柱在父親大人的面前全部到齊。但是愛德和阿爾們不放棄，和梅一起，打算在國土鍊成陣發動之前擊敗父親大人和傑利姆。同時，在另一地，布拉德雷和斯卡的戰鬥也開始了。雖然布拉德雷背負重傷，不過，攻速仍然凌駕斯卡，終於在決定性的一劍即將逼近斯卡時；突然，斯卡左手練成的光芒出現，從地板冒出的刺石柱將布拉德雷彈飛。

父親大人使用亞美斯多利斯全體國民的生命，獲得了天上具有強大力量的門。他稱呼那個是「神的力量」。當時，所有人以為一切都已經沒有希望了；突然地，霍恩海姆在各地植下的賢者之石，使鍊成陣開始發動了…。此外，斯卡和布拉德雷在另一地的戰鬥也即將邁入結束。

由於霍恩海姆的策略，使父親大人失去了身體裡全部的亞美斯多利斯國民的靈魂，不過，為了能使自己繼續保有神的力量，而開始襲擊周圍的人類，打算得到靈魂。倖存的布利古斯兵、羅伊和阿姆斯壯們，為了耗盡父親大人體內剩餘的賢者之石，而奮力展開攻擊。但是，父親大人的反擊破壞了阿爾的身體和愛德右手的機械鎧。父親大人不斷的迫近愛德，打算取他的靈魂。這時，為了拯救哥哥，阿爾下定決心犧牲自己，結果是…。

賭上亞美斯多利斯命運的最終決戰！

愛德、阿爾長久以來的旅途現在將邁向結束。