Dwaj bracia Edward (Państwowy Alchemik) i Alphonse Elric proszeni są o schwytanie Lodowego Alchemika – Isaaca McDougala, którego planem jest zamrożenia całego miasta Central City.

Po uratowaniu przez Izumi, Al ucieka z miejsca potyczki z Greedem. Tymczasem Greed ucieka wraz z kompanami przed ścigającą go armią. W kanałach spotyka Kinga Bradleya, który także okazuje się być homunkulusem o imieniu Wrath. Po walce, pokonany Greed zostaje zabrany do Ojca i uśmiercony.

Dzięki pojawieniu się Kaina Fuery’ego i Roya Mustanga, udaje się uratować Rizę Hakweye przed Gluttony’m. Uciekając, trafiają do trzeciego laboratorium, gdzie dochodzi do konfrontacji z Lust. Pułkownik, używa na niej swojej alchemii, spalając jej ciało tak długo, aż jej kamień filozoficzny stracił moc i nie mogła już odnowić swojego ciała.

Olivier Armstrong jedzie do centrali, gdzie otwarcie przyznaje się do zabicia generała Ravena, żądając jego stanowiska dla siebie. Spotyka także swojego brata, za którym nie przepada. Porucznik Hawkeye przekazuje Mustangowi informację o Selimie Bradleyu, za pomocą mnemotechniki. Tymczasem Ojciec śni o swojej przeszłości, gdy był homunkulusem zamkniętym w kolbie, a jego właścicielem był Hohenheim – niewolnik w Xerxes.

Drużyna Roya Mustanga przyprowadza żonę Kinga Bradleya do radia, gdzie kobieta zaświadcza publicznie, że to wojsko stoi za buntem a pułkownik ją uratował. Tymczasem grupa Edwarda i Mustanga spotykają May i Envy’ego. Homunkulus wyjawia Royowi, że to on zabił Maesa Hughesa.

Mustang ściga Envy’ego konsekwentnie spalając jego ciało i poddając go torturom. Udaje mu się ponownie sprowadzić go do formy robaka. Tuż przed dokonaniem zemsty zostaje powstrzymany przez Eda, Scara i porucznik Hawkeye. Będąc u kresu sił, Envy popełnia samobójstwo poprzez zniszczenie swojego kamienia filozoficznego.

Pułkownik widząc mrugnięcie okiem porucznik Hawkeye, odmawia przeprowadzenia transmutancji. Wkrótce złotozębny naukowiec zostaje zaatakowany przez May i chimery. Po chwil na miejsce przybywa Pride i Wrath poświęcając naukowca i siłą przymusza Mustanga do złamania tabu i transmutowania człowieka.

W wyniku złamania tabu, Roy traci wzrok. Edward i Alponse walczą przeciwko Pride’owi, natomiast May stara się powstrzymać Ojca, z pomocą swojej danchemii. W tym samym czasie Scar i Lan Fan toczą walkę z Kingiem Bradleyem. Tymczasem Ojciec wykorzystuje swoje „ofiary”, by pochłonąć dusze wszystkich mieszkańców Amestris i otworzyć Bramę Prawdy całej Ziemi.

Roy Mustang używa kamienia filozoficznego by uleczyć Havoca, a także odzyskać wzrok. Po śmierci Kinga Bradleya, nowym zwierzchnikiem sił zbrojnych zostaje generał Grumman. Ling, któremu udało się zdobyć kamień filozoficzny przed powrotem do Xing, składa obietnicę, że zaopiekuje się pozostałymi rywalizującymi klanami. Edward i Alphonse powracają do rodzinnego Resembool, gdzie spotykają Winry.