Эдвард и Альфонс Элрики по приказу фюрера Кинга Брэдли выслеживают алхимика-изгоя Исаака Макдугала. Из-за невнимательности Эдварда, «Ледяной алхимик» сбегает. Братья Элрики вместе с другими военными пытаются помешать Макдугалу когда тот одновременно активизирует многочисленные круги преобразования в Централе, с помощью которых он намерен заморозить Центральный штаб. Эдвард подозревает использование философского камня, но не может подтвердить свои подозрения. К счастью, братья Элрики, полковник Рой Мустанг и майор Алекс Луи Армстронг срывают планы Макдугала похоронить Централ во льду. Алхимик-изгой пытается сбежать, но фюрер убивает его.

Солдаты под командованием Брэдли и Армстронга нападают на бар «Гнезда Дьявола», штаб-квартиру банды Жадности. Пока солдаты убивают бандитов из числа простых людей, фюрер спускается в канализацию, где вступает в поединок против Жадности. Брэдли оказался сильнее, хотя для этого ему пришлось раскрыть свою истинную сущность. Роа и Дольчетто, пытаясь спасти Жадность, погибают от руки фюрера. Мартел, скрывавшаяся внутри доспехов Ала, пытается задушить Брэдли, который её убивает. Её кровь попадает на печать Альфонса и разблокирует его воспоминания. Ал рассказывает Эду, что ему удалось восстановить воспоминания о Вратах Истины, к которым он попал во время неудачной попытки оживить маму. Обессиленного Жадность взяли в плен, чтобы доставить его к Отцу, против которого он когда-то взбунтовался. Отец готов простить мятежника, но Жадность отказывается присоединиться к гомункулами, после чего Отец возвращает его в своё тело.

Сержанту Фьюри удаётся спасти Хоукай, после чего вместе с Мустангом они побеждают Обжорство. Барри, возжелав непременно разделать собственное тело, преследует его. Мустанг и его команда, а также присоединившийся к ним Альфонс, отправляются вслед за Барри и попадают в Третью лабораторию, где разбиваются на две группы. Мустанг и Хавок попадают в засаду устроенную Похотью, в результате чего оба тяжело ранены. Затем Похоть рассекает на части Барри. Хоукай, полагая Мустанга мёртвым, вступает в бой с Похотью. Когда гомункул уже готова убить Риз, появляется Мустанг и жжёт Похоть до тех пор, пока её философский камень не истощился. Потеряв способность к регенерации, она рассыпается в пепел. Эдвард возвращается в Резенбург и на могиле матери встречает своего отца Ван Хоэнхайма.

Оливия Армстронг приезжает в Централ, где признаётся в убийстве Рэйвена и убеждает Брэдли ввести её в число избранных. Хоукай с помощью кода сообщает Мустангу о том, что Сэлим Брэдли гомункул. Хоэнхайм во сне вновь переживает события далёкого прошлого. Много лет назад он был рабом №23 в городе-государстве Ксеркс. Там из его крови создали Гомункула, который дал безымянному рабу имя Ван Хоэнхайм и научил основам алхимии. Однажды, правитель Ксеркса попросил Гомункула раскрыть ему секрет бессмертия. Гомункул обманом убедил правителя создать гигантский круг преобразования, с помощью которого, принеся всех жителей Ксеркса в жертву, создал философский камень и обзавёлся человеческим телом, за основу для которого взял тело Хоэнхайма. Позже Гомункул из Ксеркса стал называть себя Отец. Пробудившись, Хоэнхайм сталкивается с Изуми и Сигом. Поняв что случилось с Изуми, Хоэнхайм перестраивает её органы так, чтобы облегчить ток крови. После этого, он открывает супругам Кёртис, что является философским камнем в человеческой форме.

Люди Мустанга, взяв под контроль радиостанцию Централа, выпускают в прямой эфир интервью с женой Брэдли. С помощью радио и ишваритов, разносящих по городу последние новости, жителей города убеждают, что Мустанг ведёт бой против военной верхушки, задумавшей свергнуть фюрера. Это даёт повстанцам поддержку со стороны граждан. Солдаты Бригса начинает атаку на Центральный штаб. С помощью Мустанга группе Эдварда удаётся уничтожить зомби. Мэй и гонящийся за ней Зависть проваливаются с верхних уровней в подземный зал, где сталкиваются с Мустангом, Эдом и другими. Зависть подтверждает, что он убил Хьюза. Взбешённый Мустанг, давно мечтавший отомстить за смерть друга, отправляет группу Эдварда вперёд, а сам остаётся жечь Зависть. Эд, обеспокоенный тем, что Мустанг может в конечном итоге быть поглощён своей ненавистью, решает вернуться. Зависть не может противостоять Мустангу и пытается сбежать от него. Увидев Хоукай, Зависть придумывает план. Чуть позже Рой и Риза встречают друг друга и продолжает путь вдвоём, но Хоукай неожиданно наводит пистолет на Мустанга.

1909 год. Ишварская война закончилась и Хоукай просит Мустанга сжечь кожу на её спине, чтобы уничтожить записи отца об огненной алхимии, которые вытатуированы на её спине. Рой не сразу, но соглашается. 1915 год. Хоукай разоблачила Зависть и пытается расстрелять его. Гомункулу всё же удаётся пленить её, но появляется настоящий Мустанг и начинает беспощадно жечь Зависть, пугая своей ненавистью Хоукай. Не выдержав огня, гомункул принимает свой изначальный жалкий вид. Рой хочет добить Зависть, но Хоукай наводит на него пистолет, требуя остановиться. Появляются Эдвард и Шрам. Элрик отбирает у Мустанга Зависть. Рой угрожает Стальному алхимику огнём, требуя вернуть гомункула. Все трое пытаются убедить Мустанга не вступать на путь жестокости и убийств, ведь Аместрисом не может управлять человек, охваченный злобой. Хоукай готова застрелить Мустанга, а после победы умереть. Рой не хочет терять Риз и уступает. Гомункул возмущён поведением людей, которые не хотят следовать своим инстинктам, и пытается спровоцировать их на убийство, напоминая всё то, что они сделали друг другу. Эд определяет, что причина ненависти Зависти к людям, в том, что он завидует их способности продолжать жить дальше, несмотря на все невзгоды, помогая друг другу. Униженный и оскорбленный поражением от людей, своим нынешним жалким видом и тем что «какой-то мелкий даже по меркам людей» понимает его, Зависть совершает самоубийство, вырывая и уничтожая свой философский камень. Брат и сестра Армстронги по-прежнему дерутся с Ленью. Изуми прибывает в Централ, чтобы участвовать в государственном перевороте вместе с солдатами Бригса. В другом месте Хоэнхайм противостоит Отцу.

Мустанг отказывается выполнять требование доктора с золотым зубом. Внезапно на доктора сверху нападает химера Джерсо. Вслед за ним появляются Мэй, Зампано и Дариус. Они освобождают Мустанга и Шрама, а Мэй исцеляет Хоукай. Затем Роя схватили Гнев и Гордыня, которые заставили Мустанга открыть Врата истины, преобразовав золотозубого доктора. Смертельно раненный, оставшийся без абсолютного зрения Гнев вызывает желающих на бой. Шрам принимает вызов. Мустанг проходит через Врата Истины и появляется в логове Отца, где выясняется, что за открытие Врат ему пришлось расплатиться своим зрением. Вместе с ним появляется Гордыня. Мэй, взорвав потолок, проникает в логово Отца. Альфонс, так и не пришедший в сознание, стоит перед воротами, готовый слиться со своим телом. Поняв как ослабло его тело и придя в отчаяние от того, что он будет не в состоянии сражаться вместе с другими, Ал решает пока оставаться в своих доспехах. Он проходит через ворота и приходит в себя в логове Отца. Все пять ценных жертв готовы.

Мэй пытается атаковать Отца, а Эдвард и Альфонс вступают в бой с Гордыней. Всё это время ишвариты делают круг преобразования по схеме разработанной братом Шрама. Гнев ранил Шрама и уже собирался его добить, когда выяснилось, что ишварит нанёс на свою вторую руку татуировку, изображающую создающий круг преобразования, рисунок которого он нашёл в записях своего брата. Пока Ал и Изуми вместе атакуют Отца, Эд наносит Гордыне удар, уничтоживший правую половину его лица. В это время Отец хватает жертвы и размещает их в круге. Начинается полная фаза солнечного затмения и Отец, несмотря на прибытие Жадности, активирует круг преобразования, начав впитывать в себя души около пятидесяти миллионов аместрийцев. Это даёт Отцу достаточно сил, чтобы открыть вначале Врата планеты, а затем открыть Врата неба и поглотить бога.

Ослепший Мустанг лежит в госпитале и при помощи своей команды готовится решить проблемы ишваритов. Его посещают Нокс и Марко, предложив вернуть зрение с помощью философского камня. Рой согласен, но хочет сначала излечить Хавока от паралича. Майлз собирается помогать Мустангу в решении проблем ишваритов и берёт с собой Шрама, чтобы тот возродил религию Ишвара. Линг обещает Мэй, что став императором Ксинга, будет заботиться о её клане. Братья Элрики возвращаются в Резенбург, где их ждёт Уинри. Прошло два года. Генерал Грумман, ставший фюрером, посещает вдову Брэдли, которая воспитывает Сэлима. Альфонс решает отправиться в Ксин и в другие восточные страны, чтобы больше узнать об алхимии Востока. С ним едут Джерсо и Зампано, всё ещё надеющиеся вернуть свои человеческие тела. Эдвард едет в другую сторону, на Запад. В будущем братья хотят объединить свои знания. Эдвард, прощаясь с Уинри перед посадкой в поезд, наконец-то решился выразить свою любовь к ней, предложив как в алхимии равноценный обмен, половину своей жизни взамен половины жизни Уинри. В ответ девушка после подсчётов готова отдать Эду 75% своей жизни.