ホムンクルス達に仕掛けたロイの作戦が大詰めを迎えた。自らの肉体を探すバリーを追って、ハボックやアルと共に第三研究所の地下へと潜入するロイたち。二手に分かれ進んだ先でハボックとロイは、彼らを始末しにきたラストと遭遇する。初めて明かされるホムンクルスの正体と秘密。戸惑いながらもロイは咄嗟の機転で大爆発を起こし、ラストを木端微塵に吹き飛ばす。だが賢者の石の力は凄まじく、一瞬の隙を突き復活したラストの矛がハボックとロイの体を鋭く貫いた。

お父様を見つけ出すため地下を進むエドやロイたちは、その途中の広間にて金の差歯をした医者と出会う。自分のことを「キング・ブラッドレイを作った男」と紹介したその医者は、ロイがいると知るや、周囲より壮年の屈強な『ブラッドレイになっていたかもしれない』男たちを呼び出し、エドたちを襲わせる。一方、中央司令部入口にてブラッドレイと戦うグリードとフー。しかし二人がかりでかかってもブラッドレイを倒せず、逆にフーが斬られてしまう。