Os irmãos Elric participam numa caça ao homem em perseguição do perigoso Isaac, um antigo alquimista do estado, apostado em derrubar o King Bradley.

Um vislumbre do passado revela a dor e o desespero que levaram os irmãos Elric a infringir a maior proibição da alquimia: a transmutação humana.

Os irmãos Elric conhecem Shou Tucker, que tem muito para ensinar a Ed e Al sobre a alquimia, incluindo a terrível crueldade que por vezes a acompanha.

Edward e Alphonse são atacados por Scar, um misterioso e incrivelmente poderoso assassino procurado por uma vaga de sangrentos e horríveis assassinatos.

Os irmãos Elric conhecem Dr. Marcoh, um alquimista do estado que foge de erros do passado e que tem informação que pode colocar a Pedra Filosofal mais perto deles.

Após descobrir o terrível ingrediente que compõe uma Pedra Filosofal, os irmãos Elric investigam um laboratório secreto à procura de mais factos.

Ed e Al enfrentam os psicóticos guardas do Quinto Laboratório. No caos da batalha, a verdade por detrás da Pedra Filosofal fica enterrada nos escombros.

Quando Al se irrita ao pensar que toda a sua existência pode ter sido simplesmente criada pelo seu irmão, apenas Winry pode convencê-lo do quão errado está.

Quando a conspiração que rodeia a Pedra Filosofal envolve as mais altas patentes militares, um dos aliados mais leais de Mustang é assassinado.

Enquanto Edward ouve a história de Hawkeye sobre um tempo antigo em que jovens soldados cometeram genocídio, os horrores do campo de batalha de Ishval são revelados.

Um rumor acerca de um alegado golpe de estado ajuda os rebeldes, enquanto May alicia Envy para uma armadilha que leva a um confronto com Mustang.