Кимбли удаётся догнать поезд, на котором едут Шрам и Йоки. Ишварит и «Багровый алхимик» узнают друг друга. Шраму удаётся ранить Кимбли. Между тем, Мэй и Марко продолжают свой путь на Север. Эдвард и Альфонс, приехав на Север, сталкиваются с командиром патрульных Бригса капитаном Баканиром, который доставляет их к Оливии Армстронг. Мэй и Марко нашли записи исследований старшего брата Шрама.

Эдварду узнаёт, что его автоброня не подходит для Севера с его морозами. Оливия Армстронг расспрашивает Элриков о цели их прибытия. Братья отвечают полуправдой, рассказав о своих поисках информации об алхимии Ксинга, с её помощью которой намерены лечить людей. Генерал заинтересовалась восточной алхимией, надеясь использовать её для войны с империей Драхма. Братьев поручили майору Майлзу, адъютанту генерала Армстронг, наполовину ишвариту, наполовину аместрийцу. Элрики встречают в крепости Фармана. Неожиданно на самый нижний уровень Бригса прорывается гомункул Лень, поразивший всех своей неуязвимостью. Эд, показав свою осведомлённость о гомункулах, отказывается отвечать на вопросы о них. Генерал Армстронг находит способ пленить Лень.

Солдатам Бригса удалось захватить Лень, заморозив его. Генерал Армстронг хочет узнать от Элриков больше о гомункулах. Кимбли, который после ранения от Шрама находится в госпитале, поспешно исцеляют с помощью философского камня. Мэй учит Марко восточной алхимии. Братья, Оливия Армстронг и Баканир спускаются в тоннель, который рыл Лень. Эд и Фарман приходят к выводу, что тоннель нужен как часть гигантского круга преобразования с целью получения философского камня и что Аместрис был создан именно для этой цели. Генерал Рэйвен в сопровождении Кимбли приезжает в крепость Бригс и, решив вовлечь Оливию Армстронг в заговор военной верхушки, рассказывает ей о фюрере, истории Аместриса и Бессмертной армии.

Хоэнхайм вспоминает о том, как оставил свою семью, сетуя, что его тело переживёт жену и сыновей. Между тем, солдаты Бригса начинают исследовать тоннель, где их атакуют таинственные тени. Генерал Рэйвен приказывает Оливии Армстронг отпустить Лень обратно в тоннель и запечатать его. Выполнив приказ, Армстронг убивает Рэйвена. После этого Оливия через заранее подготовленный вход в тоннель отправляет Баканира на поиски пропавших солдат. Кимбли приводит Уинри Рокбелл в тюрьму, где находятся братья Элрики, давая им понять, что девушка будет у него заложницей. Шрам и Йоки воссоединяется с Мэй и Марко. Мустанг с помощью мадам Кристмасс устанавливает связь с Бригс.

Уинри привезла Эдварду новую автоброню, приспособленную для использования в условиях Севера. Кимбли разделяет братьев. Поисковый отряд Баканира находит в тоннеле останки солдат и лишь двоих выживших, которые просят их не включать свет, так как он привлечёт монстра. Риза Хоукай доставляет в резиденцию фюрера документы и понимает, что с Сэлимом Брэдли что-то не так. Той же ночью приёмный сын фюрера, всё поняв, признаётся Хоукай в том, что он первый из семи гомункулов. Он решил не убивать Ризу, пообещав, что будет приглядывать за ней, притаившись в её тени. Кимбли требует от Эдварда принять участие в охоте на Шрама и Марко, обещая взамен отдать философский камень. Рассказав всё Альфонсу и Уинри, Эд соглашается помочь Кимбли, хотя, и не намерен использовать камень. Братья отправляются на поиски Шрама, Уинри решает сопровождать их.

Хоукай не решилась рассказать Мустангу о Гордыне, опасаясь слежки. Кимбли отправляется на поиски Шрама в заброшенный горняцкий город Бадзукуле. Элриков и Уинри сбегают от охранников Кимбли и находят Мэй, Марко и Йоки. Последний при виде ненавистного Эда вспоминает, как из-за него был с позором уволен из армии и подвергся уголовному преследованию. Шрам вступает в бой с химерами Джерсо и Зампано, которых привёз Кимбли. Эд и Ал спасают Шрама от химер. Появляются Уинри и Майлз. Вскоре к зданию, где они прячутся, подходят Кимбли и его солдаты. Шрам берёт Уинри в заложники. Команда Баканира возвращается из тоннеля вместе с выжившими, а в крепость Бригс прибывает делегация из Центрального штаба.

Оливия Армстронг приезжает в Централ, где признаётся в убийстве Рэйвена и убеждает Брэдли ввести её в число избранных. Хоукай с помощью кода сообщает Мустангу о том, что Сэлим Брэдли гомункул. Хоэнхайм во сне вновь переживает события далёкого прошлого. Много лет назад он был рабом №23 в городе-государстве Ксеркс. Там из его крови создали Гомункула, который дал безымянному рабу имя Ван Хоэнхайм и научил основам алхимии. Однажды, правитель Ксеркса попросил Гомункула раскрыть ему секрет бессмертия. Гомункул обманом убедил правителя создать гигантский круг преобразования, с помощью которого, принеся всех жителей Ксеркса в жертву, создал философский камень и обзавёлся человеческим телом, за основу для которого взял тело Хоэнхайма. Позже Гомункул из Ксеркса стал называть себя Отец. Пробудившись, Хоэнхайм сталкивается с Изуми и Сигом. Поняв что случилось с Изуми, Хоэнхайм перестраивает её органы так, чтобы облегчить ток крови. После этого, он открывает супругам Кёртис, что является философским камнем в человеческой форме.

Альфонс, придя в сознание, обнаруживает себя разобранным. Расшифровав заметки, написанные братом Шрама, Ал, Марко и другие сначала видят схему общенационального круга преобразования Аместриса, а затем находят схему другого круга, выстроенного по правилам восточной алхимии. Гордыня требует от Кимбли сделать в горах Бригса кровавую метку, необходимую для преобразования страны. Лень заканчивает рыть тоннель, круг почти готов. Хоэнхайм прибывает в Лиор, жители которого заняты восстановлением города. Отец Элриков спускается в подземелье под храмом бога Лето, где натыкается на тоннель вырытый Ленью. На него нападает Гордыня, но Хоэнхайм сумел спастись и просит гомункула предупредить Отца о том, что он придёт к нему. Для того, чтобы сделать кровавую метку Кимбли вступает в сговор с военными империи Драхма, обещая им помочь захватить крепость Бригс. Зампано сообщает Зависти о том, где находится Марко.

Кимбли обманул своих новых союзников, гарнизон крепости легко побеждает, кровавая метка создана. Зампано приводит Зависть к Марко, где гомункул попадает в ловушку, устроенную доктором и Мэй. Зависть принимает свою боевую форму, но Марко разрушает философский камень внутри гомункула и тот возвращается в свою реальную форму, оказавшись маленьким существом напоминающим пиявку. Шрам отдаёт его Мэй и убеждает её вернуться в свою страну. Альфонс и Уинри решают идти в Лиор, Марко, Шрам и Йоки отправляются собственным путём. В Дублисе Бидо, последний из химер Жадности, видит офицеров ищущих Изуми и думая, что они могут привести его к Жадности, прячется под их машину. В Централе Оливии Армстронг объясняют, почему алхимикам запрещено преобразовывать человека. Ал и Уинри достигнув Лиора, встречают там Розу Томас и Хоэнхайма.

Жадности удаётся выжить и сбежать от Гнева. Оливия, опасаясь, что её семью возьмут в заложники, убеждает отца покинуть страну, взяв с собой жену и младшую дочь. Чтобы стать во главе рода Оливия побеждает в схватке брата, Алекса Луи Армстронга, которого она презирает за трусость во время Ишварской войны, точнее за отказ убивать людей. Зависть убеждает Мэй не покидать Аместрис, а вернуться в Централ, где он, якобы, поможет ей исполнить её первоначальные планы. Эдвард, Дариус и Хейнкель прибывают в Централ, где вскоре встречают Линга, которому удалось временно восстановить контроль над своим телом. Ксингский принц называет Эду день, когда Отец собирается преобразовать Аместрис. Узнав, что Жадность ушёл от гомункулов, Эдвард предлагает ему стать его союзником. Жадность отказывается, говоря, что готов взять Элрика, Дариуса и Хейнкеля к себе на службу. Эд неожиданно принимает предложение, вслед за ним соглашаются и химеры. Свержение фюрера назначено на весну следующего года.

Команду Мустанга и заложницу спасают ишвариты. Между тем, солдаты Бригса во главе с Баканиром вступают в бой с армией Централа. Команда Мустанга окружена и испытывает нехватку боеприпасов, но на помощь им приходят Мария Росс и Ребекка Каталина, давняя подруга Хоукай, тоже снайпер. Они доставили оружие и боеприпасы, получив их от Жана Хавока, который после увольнения из армии по причине инвалидности занялся семейным бизнесом. Группе Эдварда, воспользовавшись хаосом, наступившим в Централе, удаётся проникнуть в Третью лабораторию, откуда они через подземный ход намерены попасть в Центральный штаб. Затем группа разделяется. Эд, Шрам, Дариус, Джерсо и Зампано идут в одном направлении, а Хоэнхайм и Лан Фан в другую сторону. В это время один из генералов-избранных решает оживить Бессмертную армию, несмотря на предупреждение о незавершённости экспериментов по вливанию душ.

1909 год. Ишварская война закончилась и Хоукай просит Мустанга сжечь кожу на её спине, чтобы уничтожить записи отца об огненной алхимии, которые вытатуированы на её спине. Рой не сразу, но соглашается. 1915 год. Хоукай разоблачила Зависть и пытается расстрелять его. Гомункулу всё же удаётся пленить её, но появляется настоящий Мустанг и начинает беспощадно жечь Зависть, пугая своей ненавистью Хоукай. Не выдержав огня, гомункул принимает свой изначальный жалкий вид. Рой хочет добить Зависть, но Хоукай наводит на него пистолет, требуя остановиться. Появляются Эдвард и Шрам. Элрик отбирает у Мустанга Зависть. Рой угрожает Стальному алхимику огнём, требуя вернуть гомункула. Все трое пытаются убедить Мустанга не вступать на путь жестокости и убийств, ведь Аместрисом не может управлять человек, охваченный злобой. Хоукай готова застрелить Мустанга, а после победы умереть. Рой не хочет терять Риз и уступает. Гомункул возмущён поведением людей, которые не хотят следовать своим инстинктам, и пытается спровоцировать их на убийство, напоминая всё то, что они сделали друг другу. Эд определяет, что причина ненависти Зависти к людям, в том, что он завидует их способности продолжать жить дальше, несмотря на все невзгоды, помогая друг другу. Униженный и оскорбленный поражением от людей, своим нынешним жалким видом и тем что «какой-то мелкий даже по меркам людей» понимает его, Зависть совершает самоубийство, вырывая и уничтожая свой философский камень. Брат и сестра Армстронги по-прежнему дерутся с Ленью. Изуми прибывает в Централ, чтобы участвовать в государственном перевороте вместе с солдатами Бригса. В другом месте Хоэнхайм противостоит Отцу.

Армстронги с трудом отбиваются от Лени и зомби, но на помощь им приходят Изуми и Сиг. Алекс и Сиг совместно убивают Лень, после чего могут заняться истреблением солдат-гомункулов. Хоэнхайм борется с Отцом под землей. В разгар битвы выясняется, что Отец не в состоянии принять в себя философский камень Хоэнхайма. Солдаты Бригса наконец сломили сопротивление врага и захватили Центральный штаб. Но праздновать победу рано. В Централе появляется Брэдли—Гнев, выживший после взрыва своего поезда. Он собирается покарать мятежников и вернуть себе штаб.

Хоэнхайм в отличие от Отца побеседовал со всеми душами ставшими частью его философского камня, и они стали его союзниками. Когда Отец попытался забрать философский камень у Хоэнхайма, эти души проникли в его тело, чтобы уничтожить изнутри. Однако Отец смог выжить, потеряв тело, и принимает свою истинную форму: бесформенное существо, состоящее из тёмной материи, глаз и рта. Брэдли начинает свою атаку на штаб, в одиночку истребляя всех, кто пытается ему противостоять. Выжить сумел только Баканир, хотя и потерял свою руку-автоброню. Когда Гнев достигает главных ворот, его встречает Жадность. Баканир рискует своей жизнью и ценой тяжёлой раны оставляет Брэдли без меча. Гневу приходится вооружиться кинжалами, хотя это не снижает его боеспособности. В это время оставшиеся в живых солдаты Бригса пытаются отбить штурм солдат Централа, воодушевлённых появлением фюрера. На помощь Жадности-Лингу приходит старик Фу.

Один из генералов-избранных, попав в плен к Изуми и Оливии, рассказывает о планах принести в жертву многих граждан Аместриса ради обретения бессмертия и власти над миром. Эдвард, Шрам, Мустанг и Хоукай встречают в подземелье доктора с золотым зубом, тем самым который создал Гнева. На них нападают неудачливые кандидаты на роль фюрера. В это время Гнев сражается с Жадностью и Фу. Брэдли отбирает у старика его меч, а затем наносит ему тяжёлую рану. Фу, понимая, что умирает, бросается на Гнева обвязавшись взрывными шашками. Брэдли обезвреживает их и добивает старика. В это время, Баканир пользуясь тем что его заслоняет Фу, поразил Гнева мечом прямо через тело старика, что позволяет Лингу выбить волшебный левый глаз фюрера. Появляется Лан Фан, став свидетелем смерти своего деда. В это время Альфонс, Хейнкель, Марко и Йоки, бросив разбитую машину, изо всех сил бегут к штабу. Доктор с золотым зубом завершает малый круг преобразования и с его помощью активирует большой круг, соединяющий все пять исследовательских лабораторий Централа, который поглощает Эдварда, Альфонса и Изуми.

Жадность при помощи солдат сбрасывает раненного Брэдли в крепостной ров с водой. Умирающий Баканир просит Линга защищать ворота. Обезумев от смерти Фу, Линг использует Абсолютный щит Жадности, чтобы уничтожить всех врагов собравшихся перед воротами. Армстронги вместе с Сигом и солдатами идут вниз, в подземелья. Эдвард, Изуми и Альфонс, вновь потерявший сознание, появляются в логове Отца, где обнаруживают, что Хоэнхайм почти поглощён своим врагом. Четыре ценные жертвы на месте, пятой должен стать Мустанг. Но для этого ему надо совершить преобразование человека. Рой отказывается, тогда пленённой Хоукай перерезают горло по приказу доктора с золотым зубом, который говорит Мустангу, что спасёт ей жизнь с помощью философского камня, но только если Рой выполнит преобразование человека.