人気のない山中で一人佇むホーエンハイム。胸に指を突き立て、体内より赤い血の塊を解き放つ彼の脳裏には、在りし日の家族の思い出が甦っていた。その頃、軍の企みを聞き出そうとレイブンと談笑を続けるオリヴィエのもとに、スロウスの掘ったトンネル内を捜索していた一隊に異常が発生したとの連絡が入る。

ブラッドレイの策略でブリッグズ要塞へ連れて来られたウィンリィ。エドとアルは、改めて自分たちの存在がホムンクルスら、敵側の手の内にある事を強く感じる。一方、消息の途絶えた捜索隊を探すため、バッカニア率いる別隊がスロウスの掘ったトンネル内へと入った。彼らはなんとか奇跡的に2名の生存者を助けるが、その背後より怪しげな影が忍び寄り…。時同じく、ブラッドレイの屋敷を訪れたホークアイも背後に異常な気配を感じ取っていた。だがそこにいたのは…。

スカーを捕まえるため、バズクールという街に来たエド、アル、ウィンリィとキンブリー、マイルズたち。各所が手分けして探す中、エドとアルは軍の目を盗んで、独自にスカーを、彼と一緒にいるメイ共々探し出そうとする。予想外にあっけなくメイやマルコー、ヨキたちと再会するエドとアル。彼らがヨキの思わぬ過去話を聞かされていたその頃、メイたちと別行動していたスカーの所へ、キンブリーの部下であるザンパノとジェルソが現れる。

ブラッドレイの命令で中央司令部へ召喚されたオリヴィエ。突破口を開くため、彼女はあえてブラッドレイの懐へ飛び込み、軍上層部に籍を置く。一方、中央司令部の食堂でホークアイと再会を果たしたロイは、彼女から伝えられた暗号から、大総統の息子、セリムの正体を知る。その頃、中央司令部地下では、お父様が在りし日の過去を夢見ていた。かつて隆盛を極めていた頃の王国・クセルクセス。そこで、“23号”と呼ばれる奴隷少年の血から生まれた彼は、礼としてその少年に名前を与える。その名は「ヴァン・ホーエンハイム」－。