Wildenin ja Garrettin murhaa tutkivat poliisit epäilevät Hannan äitiä, ja niin alkaa tehdä Hanna itsekin. Emilyn perhe joutuu sosiaaliviranomaisten kiikariin. Spencer vaatii Melissalta vastauksia ja saakin niitä, mutta voiko Melissaan luottaa lainkaan?

Poliisi tutkii, onko Hannan hallusta löytynyt ase sama, jolla Wilden ammuttiin. Aria joutuu ikävien juorujen kohteeksi koulussa, ja Spencer ja Toby joutuvat korppien kansoittamaan kaupunkiin tutkimuksia tehdessään.

Rosewoodissa järjestetään rivitanssit, joissa sattuu ja tapahtuu. Jake kokee Ezran uhaksi, ja Ezra puolestaan haluaisi kertoa huolensa Arialle. Tytöt joutuvat vaaraan tutkiessaan Alin talon kellaria. Hanna saa yllättävän tukijan.

Aria tapaa kiinnostavan muusikon. Poliisi kyselee Hannalta Alin elossa olon mahdollisuudesta, mutta Hanna ei paljasta mitään. Emily saa selville uusia asioita Monan ja Ezran yhteistyöstä. Spencer tekee järkyttävän löydön sänkynsä vierestä ja kokee uusia hämäriä muistoja. Ezran epäilykset avautuvat Arialle, ja Hanna tajuaa Emilyn puhuneen liikaa.

A on palannut entistä pahempana, ja tytöt joutuvat toteamaan, ettei Shana ollutkaan oikea A. Rosewoodin kaupunkilaiset yrittävät päästä normaalielämän syrjään kiinni, mutta tyttöjen on vaikea toipua A:n viimeisimmästä tempusta. Ezra panee kaiken tarmonsa Bethanyn taustan tutkimiseen tavoitteenaan tyttöjen auttaminen. Kaikki tiet vievät jälleen kerran Radleyn parantolaan.

Tytöt menevät tallille selvittelemään Jessica DiLaurentisin ja Bethanyn mahdollista yhteyttä ja joutuvat pahaan pulaan. Hannan on pakko kertoa Arialle ikävä asia, johon Aria reagoi yllättävällä tavalla.

Zachin todellinen luonne paljastuu Arian äidille, joka joutuu perumaan kihlajaiset. Noelin rooli käy selväksi, kun Spencer löytää hänet hiiviskelemästä mökiltään. Sydney jää kiinni valehtelusta ja suututtaa Emilyn toden teolla. Poliisille ilmoittautuu henkilö, joka tunnustaa Alisonin kaappauksen.

Kaikki tahtovat kuulla, miten Ali vastaa Cyrusin tunnustukseen. Melissa vihjaa tietävänsä totuuden ja kehottaa Spenceriä pysymään erossa Alista. Aria pohdiskelee Spencerin ehdotusta ja Spencer etsii kadonnutta ääninauhaa.

Bethanyn traaginen kohtalo selviää, kun Melissa lähtee yllättäen ja jättää Spencerille jäähyväiset videoviestin välityksellä. Calebin holtiton elämäntyyli huolestuttaa Hannaa, joka saa Calebin lopulta avautumaan Tobyn ja Spencerin avulla. Tytöt saavat lisää tietoja Cyrus Petrillosta, minkä lisäksi Alison punoo uusia juonia poliisin päänmenoksi.

Poliisi ei ole päässyt puusta pitkään tutkimuksissaan, mutta nyt vihdoin alkaa tapahtua, ja vauhdilla. Hanna tukee Monan äitiä surussa ja yrittää etsiä Monaa jopa rouva Grunwaldin kykyjen avulla. Emily taas tekee kaikkensa estääkseen Paigen muuton San Franciscoon. Aria joutuu ikävään lähikosketukseen rakennusmuovin kanssa.

Hanna ryhtyy toimeen Calebin kanssa hävittääkseen epäilyttävän tynnyrin, mutta varastolla odottaa yllätys. Emily, Aria ja Spencer jäljittävät Monan läppärin vanhalle tehtaalle, jossa tytöt joutuvat kamppailemaan hengestään. Tobylla on vaikeuksia sovittaa yhteen poliisin työ ja ihmissuhteensa, ja Ezra punnitsee suhdettaan Ariaan uudelleen.

The prosecution calls a surprise witness in Alison's trial; the girls hunt for last-minute evidence.

Shocking secrets come to light for Aria, Emily, Hanna and Spencer as the biggest clue to the "A" mystery is revealed.

Moments after where the season five finale left off, Aria, Emily, Hanna, Spencer and Mona are trapped outside of Charles’ Dollhouse with nowhere to go and must now deal with an angry tormentor. Just when the Liars thought Charles couldn’t get any worse, his games take a more demented and darker turn. As the girls struggle to survive, the puzzle of Charles’ story begins to come together.

Meanwhile, Ezra, Caleb and Toby continue the fight to find the girls with or without Rosewood P.D.’s help.

After their latest run-in with Charles, tensions are at an all-time high with the PLLs and the town of Rosewood. Aria’s big moment of seeing her work displayed in an art gallery is in jeopardy as Ella is determined to keep her safe at home. Hanna is still uncomfortable with the unexpected scholarship money and is determined to give it back, even if that means ruining her chances at going to her school of choice. And to top it off, the one normal high-school rite of passage the girls are looking forward to is in danger as Rosewood High is considering not letting the PLLs attend prom due to security issues.

Meanwhile, the more Alison learns about her brother the harder she finds it to connect a deranged murderer to the young blonde haired boy she sees in the photos and in her memories.

While new discoveries are made in the investigation of Charlotte's murder, the truth begins to emerge about the Liars' personal lives. Spencer is concerned to learn her mother is keeping a secret of her own. Aria confesses to Liam how deeply she's involved with Ezra's book. Ali admits that she and Elliott are more than just friends. Mona reveals where her true allegiances lie. Caleb, Spencer and Hanna deal with the complications of new relationships.

Meanwhile, Emily and Hanna each receive shocking threats that elevate the seriousness of the situation.

After the stalker nearly killed Emily, the Liars begin to take the threats more seriously and attempt to keep their mouths shut to prevent any further harm. Caleb must deal with the collateral damage of taking the blame for the leak about Yvonne; Spencer tries to comfort him and get him to tell the truth. Emily goes on a mission to track down who came after her. Aria and Ezra move forward with the novel.

Meanwhile, Hanna avoids dealing with her personal life.

The Rosewood PD turn up the heat on the Liars, causing loved ones to try and close ranks. Aria’s recent collaboration with A.D. comes to the attention of a surprising source. A.D. presents the PLLs with a choice designed to drive a wedge between them. Meanwhile, everyone tries to find a bit of happiness before all hell breaks loose. Toby returns to Rosewood, and Aria makes a horrifying discovery.

Convinced they know who A.D. is, the Liars gear up for a confrontation. Spencer, Hanna, and Caleb team up to investigate and discover new information about Charlotte’s death. Meanwhile, Mary Drake returns with a gift for Spencer and Alison.