Audrey et Nathan enquêtent sur les différentes fissures qui se déclarent à Haven. Pendant ce temps un homme avec un tatouage sur l'avant-bras revient à Haven pour retrouver sa famille mais aussi pour y mourir, tombé dans une des fissures. Le Chef pourrait bien être derrières ces catastrophes...

Audrey est confrontée à une femme qui prétend être l'agent du FBI Audrey Parker et qui, outre son nom, possède les mêmes souvenirs qu'elle. Nathan fait face à la disparition de son père et se retrouve à la tête du département de police. Pendant ce temps, Driscoll élabore un plan pour prendre le contrôle de Haven...

Tout en essayant de résoudre le mystère de sa double identité, Audrey, soutenue par Nathan et l'autre Audrey, tente d'enrayer l'épidémie qui se propage à travers la ville et effraie la population...

Tout en poursuivant l'enquête sur sa propre identité, Audrey et Nathan tentent de comprendre ce que cachent les quais de Haven. Ceux-ci semblent s'attaquer à la population. Serait-ils hantés ?