Prätkähiiret tulevat Maahan ja huomaavat, että plutolaiset ovat alkaneet siirtää maata Lalli Leipäjuuston johdolla pois planeetalta. Hiiret saavat apua naismekaanikolta Santulta estääkseen Maata kokemasta samaa kohtaloa kuin Mars.

Leipäjuusto kidnappaa Chicagon pormestarin ja syyttää prätkähiiriä rikoksesta. Nimitettyään itsensä toimeenpanevaksi pormestariksi ja Rasvanahan poliisipäälliköksi, ryhtyy hän toteuttamaan suunnitelmaansa ryöstää koko Chicago, kun Prätkähiiret taistelevat toisaalla erään superroiston kanssa.

Prätkähiiret karkaavat ja huomaavat, että Leipäjuusto on rakentanut jättimäisen kaivinkoneen kaivamaan maan koko Chicagon alta. Prätkähiirten täytyy muuntaa moottoripyöränsä maanalaiseen käyttöön sopiviksi, jotta voisivat taistella Leipäjuustoa ja hänen uutta roistoa Tunnelirottaa vastaan.

Leipäjuusto palkkaa pahanhajuiset plutolaisroistot Pyttylän veljekset auttamaan taistelussa Prätkähiiriä vastaan. Veljekset epäonnistuvat, mutta kieltäytyvät lähtemästä Maasta koska he pitävät roskaruoasta, mikä saa heidän kehonsa löyhkäämään sietämättömästi ja Leipäjuusto keksii loistoidean. Hän karkottaisi Chicagon asukkaat pois kaupungistaan pahanhajuisten veljesten avulla ja ostaisi sitten halvalla kaupungin.

Moton ollessa peitettynä myrkyllisen aineen jäljiltä Leipäjuusto karkaa paikalta vieden samalla Moton prätkän. Eikä Moto rauhoitu ennen kuin Santtu, Turbo ja Vinski pelastavat hänen prätkänsä.

Leipäjuusto palkkaa Sädesilmän ja hänen apulaisensa Hölön ja Hiipparin, rikkomaan Prätkähiirten yhteishengen, jotta he saisivat napata hiiret yksitellen.

Salaperäinen prätkämimmi on saapunut kaupunkiin auttamaan Prätkähiiriä, sillä välin Leipäjuusto palkkaa avukseen Harri Happokäden varastaakseen öljyä.

Prätkähiiret saavat huomata ettei Leipäjuusto ole ainut konna Chicagossa, kun he yrittävät pysäyttää pankkiryöstön. Turbo ja Moto lähtevät roistojen perään joiden matka päättyy monttuun. Siellä hiiret joutuvat Monttupomon vangiksi ja saavat huomata pahimmat ja ilkeimmät rikolliset joita he eivät ole ennen nähneet. Vinskin täytyy nyt lähteä kohti monttua pelastamaan "veljensä".

Moto ja Vinski loukkaantuvat, kun he yrittävät pysäyttää uuden jengin, jotka varastavat polttoainetta. Tehtävä jää Turbolle, jonka täytyy mennä valeasussa Santun kanssa pysäyttämään Katukorppien suunnitelmat.

Leipäjuuston kadottua salaperäisesti, hänen paikalleen tulleet seuraajat ovatkin paljon voimakkaampia ja ilkeitä.

Leipäjuusto yrittää juonitella Moton puolelleen tarjoamalla hänelle uuden ja paremman käden, jotta hän voisi varastaa kaiken teräksen Leipäjuustolle.

Prätkähiirten täytyy pysäyttää Leipäjuustoa varastamasta kaikkia vesiä maapallolta, jottei joulu ja ennen kaikkea talvi menisi pilalle.

Prätkähiirten inhoama Hevi-Hemmo saapuu Chicagoon, mutta tällä kertaa uudella asenteella. Suomenkielisessä dubbauksessa Hevi-Hemmon ääni parodioi Andy McCoyta.

Leipäjuusto yrittää varastaa arvokasta hävittäjää armeijalta ja palkkaa Vapisuttajan tekemään likaiset työt, kun Rasvanahka on kykenemätön tekemään hommaansa.

Leipäjuusto yrittää jälleen keksiä keinon päästäkseen eroon Chicagosta ja saakin idean, kun hän ostaa uuden huvipuiston Juustomaan, piilottaakseen salaisen suunnitelman siirtää maata Plutoon.

Leipäjuusto menettää ylipäällikkö Camembertin rahoituksen ja keksiikin juonikkaan idean saada rahoituksensa takaisin Camembertiltä. Tämä tietää Prätkähiirien pelastuspartiota pelastaakseen kansallismonumentin.

Leipäjuuston vanha plutolainen arkkivihollinen Teuvo Tahko tekee yllätyshyökkäyksen Leipäjuustolle, yrittäessään tuhota Detroitin lisäksi Chicagon ja sitten koko maailman. Prätkähiiret kuitenkin lupautuvat auttamaan Leipäjuustoa, mutta vain Chicagon hyväksi.

Leipäjuuston uusin suunnitelma on kirjaimellisesti leikata Chicago irti, ja lennättää se Plutoon.

Prätkähiirille tulee kiire pelastaa Santun korjaamo, kun Leipäjuusto on hankkinut laillisen lupakirjan, jonka luvalla hän voi purkaa Santun korjaamon. Apuun kutsutaan Kourakolli-niminen konna.

Prätkähiiret nappaavat vihdoinkin Leipäjuuston kiinni, ja ovat palaamassa takaisin Marsiin oikeudenkäyntiä varten, mutta saavatkin pian huomata joutuvan itse vangeiksi petoksesta. Prätkähiirten täytyy paeta, ja pelastaa Santtu Rasvanahalta ja Nuikilta.

Prätkähiiret joutuvat kahden ongelman eteen, kun marsilaiset pitävät heitä vankeinaan, ja Leipäjuusto on aikeissaan tuhota Mars uusimmalla asteroidiaseellaan.

Uroteon jälkeen Prätkähiiret matkaavat takaisin Chicagoon, jossa heidän täytyy pelastaa kaupunki Teuvo Tahkon vallasta.

Prätkähiiret joutuvat oikeuteen, jossa heitä syytetään rikoksista Leipäjuustoa vastaan. Kertausjakso.

Leipäjuusto houkuttelee Prätkähiiret Motocross-kilpailuun, jossa Vinskin täytyy puolustaa hallitsevana Universumin mestarina. Kilpailuun osallistuu myös heidän arkkivihollisiaan.

Chicagoon saapuu palkkiometsästäjä, joka on Leipäjuuston perässä. Leipäjuuston suunnitelma kaapata propaania saa aluksi mutkia matkaan, mutta Vilman heikkous aseisiin saa Leipäjuuston juonittelemaan Vilman puolelleen Prätkähiiriä vastaan.

Leipäjuusto onnistuu saamaan vankilan johtajuuden nimiinsä, jonka myötä Santtu yhdessä Prätkähiirien kanssa yrittää keksiä keinon joutua vankilaan pysäyttääkseen Leipäjuuston.

Pluton hallitus on saanut tarpeekseen Leipäjuuston epäonnistuessaan tuhota Santun korjaamo, jonka myötä hänen täytyy todistaa olevansa edelleen nimensä veroinen. Kertausjakso.

Intergalaktisten saalistajien metsästämä marsilainen hiiri nimeltä Miihkali karkaakin heidän alukseltaan ja löytää tiensä maahan. Tämän seurauksena Chicago saa taas uusia vieraita ulkoavaruudesta.

Leipäjuuston viimeinen mahdollisuus olla Chicagossa pomona kätyreilleen saa päätöksensä, kun ylipäällikkö Camembert erottaa hänet tehtävästään ja nimittää Rasvanahan tilalle. Kaikkien yllätykseksi Rasvanahka onnistuu saamaan Santun korjaamon haltuunsa.

Leipäjuusto kutsuu kaikki tuntemansa konnat Chicagoon järjestääkseen heille Vuoden kelmi-kilpailun, jossa palkintona ovat Prätkähiiret. Kertausjakso (engl. Clip Show).

Leipäjuusto käyttää geenimuokkainta varastaakseen puita, kun sillä välin Nuikki ja Mutantti joutuvat vahingossa geenimuokkaimen säteiden uhreiksi ja muokkautuvat yhteen.

Prätkähiirten täytyy matkata ajassa taaksepäin dinosaurusten aikakauteen estämään Leipäjuustoa tuhoamasta juuri valmistuvaa kaupunkia nimeltä Chicago.

Prätkähiiret matkustavat kohti Kansasia estämään Leipäjuustoa varastamasta maanviljeliöiden viljaa.

Monttupomo on tullut takaisin uusien konnien kanssa, mutta tällä kertaa hän on kaapannut Santun. Prätkähiiret saavat myös uuden liittolaisen taistellessaan Leipäjuustoa vastaan.

Prätkähiiret hakevat töitä ja pääsevät elokuvaan sijaisnäyttelijöiksi, jota kuvataan Chicagossa. Ongelmana ovat kuitenkin näyttelijät ja ohjaaja, kuten myös kuvauspaikat.

Santtu ja Nuikki kaapataan galaktiseen yhtiöön, jossa heidän kaappaajat yrittävät todistaa pomolleen valinneensa paremman tiedemiehen. Kertausjakso.

Leipäjuusto päättää saastuttaa Michiganjärven ja lähettää sitä Plutoon.

Minni saapuu Chicagoon varastaakseen erään viimeisen maapallolla olevan kasvin, jota tarvitaan Marsin selviytymiseen.

Leipäjuusto huomaa olevansa erikoisessa tilanteessa, jossa hänen ihailijansa on Teuvo Tahko.

Santtu joutuu vankilaan Leipäjuuston murhaamisesta, jota ei kuitenkaan koskaan tapahtunut.

Moton käsi on vaihdon tarpeessa, mutta asiat menevät oudommaksi, kun Vinskin suunnitelma menee pieleen ja Nuikki luo ilkeän robotin Vinskistä, jolla on myös hänen egonsa.

Leipäjuuston kätyrit alkavat lakkoilla, mistä johtuen hän joutuu palkkaamaan Vapisuttajan kouluttamaan uusia hanttapulijoukkoja. Valitettavasti Vapisuttajalla on omat taka-ajatukset mielessään.

Nuikki on kehittänyt laitteen, joka kykenee herättämään sarjakuvahahmoja eloon. Tämä saa Leipäjuuston kehittämään keinon tuhota hiiret luomalla ilkeät versiot Prätkähiiristä.

Leipäjuusto häiritsee Chicagon jätepalvelua pommittaakseen kaupunkia jätepommeilla. Tähän tehtävään Leipäjuusto palkkaa Universumin haisevimmat konnat Löyhkälän veljekset.

Leipäjuuston palkkaama konna onnistuu tartuttamaan viruksen Prätkähiirten moottoripyöriin, jonka seurauksena ne ovatkin isäntiään vastaan.

Leipäjuuston viimeisimmät konnat ovat Prätkähiirten ja heidän prätkien DNA:sta ja metalleista luodut Prätkätaurukset.

Leipäjuusto saa epämiellyttävän tehtävän vahtia siskonpoikaansa, jonka hän kuitenkin onnistuu yhdistämään viimeisimpään suunnitelmaansa.

Plutolainen juristi Tuomari Huijantalo saa Prätkähiirten prätkät takavarikoitua, juuri kun heidän pitäisi pelastaa paikallinen ydinvoimala.

Leipäjuuston satelliitti häiriköityy ja se putoaa Pohjoisnavalle. Prätkähiirien on kuitenkin ehdittävä ennen Leipäjuustoa Pohjoisnavalle ja löytää satelliitti.

Nuikki on jälleen luonut laitteen, joka muuttaa Rasvanahan jättiläiseksi. Tämän seurauksena hän ihastuu Santtuun, joka sattuu olemaan rasvan sotkussa. Rasvanahka tuo hänelle kukkia ja runoja, mutta kaikki ei kuitenkaan mene lopuksi niin kuin hän olisi halunnut.

Leipäjuusto palkkaa suuren määrän uusia konnia, joita hän joutuu harjoittamaan ennen kuin heidät voi lähettää arkkivihollisensa Teuvo Tahkon kimppuun. Kertausjakso.

Leipäjuusto avaa uuden casinon saarelle, jonne Prätkähiiret matkaavat pysäyttääkseen hänet omassa pelissään yrittäessään voittaa maata Chicagon asukkailta.

Prätkähiiret täytyy matkata ajassa taaksepäin kuningas Artturin aikakauteen, ja pysäyttää Leipäjuusto varastamasta maata Englannista, sekä tuhoamasta Camelottia.

Prätkähiirten polttoaine on käymässä vähiin ja Camelot on vaarassa, kun Leipäjuusto liittoutuu kuningas Arthurin verivihollisen ja tämän noidan Mona Lisan kanssa.

Santun vanha ystävä Asvaltti-Jaska, saapuu Chicagoon ainutlaatuisen virtuaalikypärän kanssa, joka saa myös Leipäjuuston mielenkiinnon heräämään.

Plutolainen neuvonantaja Tuomari Huijantalo on matkalla maahan todistamaan Ylipäällikkö Camembertin olevan syyllinen Pluton katoaviin varoihin. Hänen alukseensa tulee kuitenkin konevika, ja se putoaa Monttuun. Tämän myötä Prätkähiiret yrittävät voittaa jälleen kerran Monttupomon, sekä palauttaa lain Monttuun.

Prätkähiiret saavat odottamattomia hyökkäyksiä, kun Pluton suurimmat johtajat saapuvat Chicagoon kilpailemaan siitä kuka pääsee ensimmäisenä eroon Prätkähiiristä.

Leipäjuusto käyttää Nuikin uusinta keksintöä varastaakseen maata Shakespearen näytelmien kuvitteellisista paikoista. Tämän seurauksena näytelmät saavat tuhoisia vahinkoja, ja pian häviävät kokonaan pois. Santulla on kuitenkin töitä saada Prätkähiiret uskomaan, että Shakespearen näytelmien pelastaminen on sen arvoista.

Nuikki kehittää uusimman laitteen nimeltä monistuslaite suurentaakseen palkkaansa, mutta Leipäjuusto käyttääkin sitä monistamaan itseään.

Asvaltti-Jaska palaa Chicagoon kihlattunsa kanssa tapaamaan Santtua. Vierailu kuitenkin muuttuu kehnoksi, kun Jaska ja hänen kyberprätkänsä kaapataan. Samalla Leipäjuusto ja Teuvo Tahko kilpailevat siitä kummalla on paremmat apulaiset.

Miihkali ja Rontti saapuvat maahan ryminällä, kun sillä välin Leipäjuusto kehittää uusinta juonta aivopestä kaikki shampoon avulla. Prätkähiiret saavat kuitenkin mutkia matkaan, kun Rontti tuntuu kadottaneen taistelijan taidot.

Prätkähiiret joutuvat salaperäisesti siirretyksi Pluton kaatopaikalle. Samalle he huomaavat Leipäjuuston kilpailevan ylipäällikön asemasta Camembertiä vastaan.

Leipäjuusto aikoo käyttää vanhaa laitettaan muuntajaa saadakseen maapallon pois kiertoradaltaan kohti Plutoa. Samalla Prätkähiiret muistelevat menneitä sota-aikoja Marsissa.

Leipäjuuston suunnitelma tarkentuu, kun hän on tekemässä Maapallosta Pluton uusinta kuuta. Myös Prätkähiiret kertovat lisää Marsin sodasta, jossa he joutuivat kohtaamaan samanlaisen laitteen, jota Leipäjuusto käyttää parhaillaan.

Prätkähiiret kertovat lopulta hetken, jolloin Moto menetti kätensä, Vinski puolet kasvoistaan ja Turbo silmänsä. He myös kokivat erään petturuuden seurauksena ystävän menetyksen.