Kid Flash è molto deluso quando Batman gli assegna l'incarico di consegnare il cuore per una bambina che necessita di trapianto, mentre il resto della squadra si unirà alla Justice League per distruggere delle fortezze volanti che stanno causando gigantesche tempeste di neve a livello nazionale. Sulla strada viene attaccato da Vandal Savage, che lo ritarda per qualche tempo. Quando raggiunge l'ospedale è ormai troppo tardi, e Kid viene informato dal medico che la ragazzina è già morta. Kid Flash capisce però di essere stato ingannato e che è in atto un complotto ordito dal Conte Vertigo che sta cercando di uccidere sua nipote, la Regina della sua nazione, per ottenere il trono.

La squadra viene inviata da Batman in un'operazione segreta contro le forze della regina Queen Bee, durante un tentativo di invasione dello Stato del Quarc. Miss Martian incontra Psi-Mon, il quale la costringe a ritornare alla sua vera forma mostruosa da marziana bianca. Spaventata all'idea che i suoi amici la allontanino se conoscessero il suo vero aspetto Miss Martian combatte fino a sconfiggere Psi-Mon e raccontando ai suoi amici solo una mezza verità. Purtroppo Queen Bee ricatta Miss Martian, costringendola a diventare una spia e minacciando di rivelare la sua vera identità ai suoi amici, dopo aver scoperto in qualche modo il suo segreto.

Presso la torre di guardia della Justice League, Superman, Batman e Wonder Woman si incontrano con gli altri membri della Lega per decidere quali nuovi supereroi ammettere in squadra. Nel frattempo Superboy ritorna alla sede del Progetto Cadmus per indagare su un rumor di Lex Luthor, secondo cui il laboratorio top-secret di genetica ha creato un altro clone di Superman. Quando Conner scopre che questo è vero, si apprende che il clone, nome in codice "Match", è stato il primo tentativo di clonare Superman da DNA puramente kryptoniano, quindi il clone risultante è molto più instabile e potente di Superboy che invece è in parte umano.

Freccia rossa si unisce alla squadra e si imbarca in una missione con Kid Flash, Aqualad e Artemis per rintracciare Sportmaster e Cheshire. Artemis scopre che Klarion, Cervello e il Professor Ivo stanno lavorando tutti insieme ad un progetto segreto. Nel frattempo presso la grotta, gli altri membri del team scoprono il corpo umano di Tornado Rosso, che egli prevede di utilizzare per confondersi fra gli esseri umani. Sportmaster si rivela poi essere il vero padre di Artemis, e cerca di convincerla che lei appartiene alla sua famiglia criminale, non alla squadra.

La squadra è in missione sotto copertura presso l'Haly Circus (dove viveva Robin prima della morte dei suoi genitori) per individuare un ladro di armi tecnologiche in tutta Europa, sospettando che si nasconda proprio tra gli artisti del circo di Jack Haly. Il ladro è in realtà il Parassita, uno dei più pericolosi avversari di Superman.

La squadra è informata da Batman che Freccia Rossa è il clone di Roy Harper, il quale ha sostituito l'originale anni fa. Mentre Aqualad, Artemis, Miss Martian e Superboy cercano di rintracciare Freccia Rossa, Kid Flash, Robin, Rocket e Zatanna indagano su un improvviso malfunzionamento di Tornado Rosso. Trasferiti i suoi dati nel suo nuovo corpo umanoide, Tornado spiega che l'intera Justice League è sotto il controllo mentale di Vandal Savage. La squadra si riunisce e tenta di penetrare nella Torre di Guardia per affrontare singolarmente i membri della Lega e liberarli dal controllo dei chip mentali di Savage.