Rosette Christopher , un exorcista de élite de la Orden de la Magdalena, está asociado por contrato con Chrono . Cuando los dos cazan a un demonio amenazador en un restaurante abandonado, el edificio es destruido. La hermana Kate Valentine se decepciona de Rosette, mientras que el padre Ewan Remington expresa su preocupación por Chrono. El élder Edward Hamilton patenta una bala llamada "Evangelio" como un experimento. Rosette y Chrono son enviados a destruir a un demonio gigantesco en un crucero. Chrono le da a Rosette el Evangelio, aniquilando con éxito al diablo, pero dañando el barco en el proceso.

Rosette y Chrono son enviados para recuperar a Azmaria Hendric , una apóstol de la caridad, de manos de Ricardo Hendric, el gerente del hotel con casino y su padre adoptivo. Rosette choca a regañadientes con Azmaria en una sala de equipos, pero Lerajie, el sirviente de Ricardo, la atrapa. Mientras los dos alcanzan a Chrono, los tres escapan afuera pero son atacados por el ejército de demonios bajo el mando de Lerajie. Varios huéspedes del hotel sufrieron heridas después de que Rosette y Chrono derrotaran al ejército. Sin embargo, Azamaria vocaliza en respuesta, teniendo los poderes angelicales para curar a los heridos. De vuelta en el convento, la hermana Kate y el padre Remington informan a Rosette que Joshua, siendo su hermano menor, es un apóstol de la esperanza, aunque aprovecha los poderes demoníacos. Rosette luego lleva a Chrono y Azmaria a un lago cercano, con la esperanza de animar a este último.

El padre Remington llega al lago para ayudar a Rosette y Chrono a recuperarse. Mientras tanto, Azmaria es llevada al dirigible de Ricardo, donde descubre que el cuerpo cadavérico de Ricardo fue restaurado temporalmente a través de los poderes de Lerajie. Los dos la obligan a emitir "líneas astrales" turquesas, drenando su vida en Ricardo. Rosette convence a Chrono para que se transforme y convoque a sus poderes demoníacos mediante el lanzamiento del sello del reloj del alma. Lerajie indudablemente le roba la energía astral a Ricardo, acabando así con su vida. Rosette y Chrono encuentran el dirigible siguiendo el rastro de líneas astrales. Chrono participa en una feroz batalla contra Lerajie, mientras Rosette entra y rescata a Azmaria. Rosette y Chrono más tarde se unen y derrotan a Lerajie, lo que hace que el dirigible explote. Rosette, Chrono y Azmaria caen en paracaídas al suelo ilesos.

Rosette y Chrono conversan con la hermana Kate y el padre Remington sobre la conexión entre los apóstoles y los pecadores, sin embargo, Rosette busca buscar a su hermano perdido hace mucho tiempo. Mientras el padre Remington convence a Rosette para que se someta a una prueba de milicia, la hermana Kate le muestra a Azmaria los campos de entrenamiento bajo los cuales Rosette ganó sus habilidades de exorcismo. Sin embargo, se descubre que Rosette y Azmaria pronto quedan atrapadas en el campo de entrenamiento con un demonio capaz de poseer la mente, en el que este último pronto se convierte en víctima. Rosette logra salvar a Azmaria usando un exorcismo del alma para enfrentarse al demonio.

Rosette, Chrono y Azmaria emprenden su misión como milicianos por la noche para recuperar un cadáver diabólico traído de contrabando por una mafia. Cuando el cadáver llama a sus secuaces, los tres pronto son interrumpidos por Satella Harvenheit , quien es una invocadora de joyas. Los cuatro derrotan a los secuaces, mientras el cadáver escapa. Satella se da cuenta de que Chrono es un demonio, cuestionando su propósito en la Orden de la Magdalena. A la mañana siguiente, Satella se encuentra con los tres nuevamente en la escena del crimen causado por la mafia, para su consternación. La siguen hasta un parque, donde todos se detienen a comer unos perritos calientes. Chrono siente empatía por el hecho de que Rosette y Satella están buscando a alguien en sus vidas durante años y años. El mismo cadáver diabólico reaparece, y los cuatro trabajan juntos y pueden destruir el cadáver de una vez por todas.

El padre Remington informa que la luna se ha vuelto roja y el sol se ha oscurecido, lo que son presagios que simbolizan que Aion se acerca pronto. La hermana Kate observa que Aion envió granizo rojo del cielo para que Pandemonium rompiera el Sello de las Siete Alas. Rosette, Chrono y Azmaria son llamados a la acción mientras luchan por restaurar el sello y defenderse de cualquier miasma que evite la brecha. Satella acompaña a los tres, pudiendo posteriormente restaurar el sello. Las tornas cambian cuando Aion, quien es un antiguo conocido de Chrono, hace acto de presencia, abrumando a los cuatro. Mientras ataca a Chrono, Aion explica que Joshua todavía está vivo. También le propone a Azmaria unirse a él, ya que es apóstol de la caridad. Justo cuando Chrono enfurecido intenta transformarse, Azmaria libera sus poderes para hacer desaparecer a Aion, inesperadamente después de aceptar su oferta. Sin embargo, lo que realmente se desvaneció fue simplemente una sombra de Aion.

El padre Remington está cautivo en la estación Grand Central por Rizelle , un pecador de Aion. Rosette, que recibe una llamada suya, desconoce la situación. Después de descargar algunos paquetes, deja a Chrono y Azmaria en el convento y se dirige a la estación de tren. Se revela que Rizelle es un demonio araña, pudiendo controlar a sus víctimas como marionetas con sus telarañas. Rosette se enfrenta a Rizelle después de escuchar lo que dijo sobre Joshua, que convence a Rosette desesperada de abordar un tren para ver a Joshua. El padre Remington le ruega que lo reconsidere, pero Rizelle lo somete. Rosette libera al padre Remington de las telarañas, mientras los dos escapan de las víctimas. Chrono y Azmaria llegan para tranquilizar a las víctimas, provocando que Rizelle vacilante retroceda, quien le recuerda a Rosette que Joshua está esperando para verla.

Rosette, Chrono y Azmaria viajan al Orfanato Seventh Bell, donde Rosette y Joshua habían residido anteriormente. El orfanato fue destruido pero congelado en el tiempo. Hace cuatro años, una Rosette de mal genio se había ocupado de un Joshua enfermizo. Ella intenta convencerlo de que no se una a la Orden de la Magdalena. Los dos luego se deslizan hacia el lecho de un río, donde terminan cayendo en un pozo. Joshua usa sus poderes para curar a Rosette de su rodilla herida de sangre, pero Joshua se pregunta por qué sus poderes no pueden curarse a sí mismo. Encuentran la tumba de María Magdalena bajo tierra, y encuentran a Chrono por primera vez, quien se presenta como un demonio. Los tres salen de picnic, y Chrono habla de cómo las líneas astrales son las almas que abarcan el universo, lo que llama la atención de Joshua. Los tres pasan el resto del día juntos.

Aion le revela a Rosette que le quitó los cuernos a Chrono y se los ha dado a Joshua, adquiriéndole habilidades sobrenaturales mejoradas. El efecto secundario, sin embargo, es que los cuernos le dan el poder de escuchar los pensamientos de los demás. Joshua ataca con angustia a un huérfano asustado y lo convierte en piedra. Rosette es llevada al orfanato por Chrono, solo para ver a muchos otros huérfanos convertidos en piedra. Ve a Joshua, quien le advierte que se aleje de él debido a los dolorosos ruidos de los pensamientos en su cabeza. Un torbellino levanta y destruye el orfanato, pero el tiempo se congela y el orfanato se detuvo. Chrono aleja a Rosette del torbellino, pero menciona que su energía astral se está agotando debido a la pérdida de sus cuernos. La única otra opción es que el diablo haga un contrato con un humano, en el que el poder del primero aumenta mientras que la vida del segundo disminuye.

Un Hellhound se está volviendo loco devorando a varios clanes de la mafia. Rosette y Chrono persiguen al perro del infierno, mientras este ataca a otro clan de la mafia. Satella aparece para defenderse, para disgusto de Rosette. La hermana Kate y el padre Remington informan a la milicia que el perro del infierno fue convocado por una mujer que usó magia negra para buscar venganza contra la mafia que mató a su prometido. También se observa que el perro del infierno se vuelve más corpóreo después de que cada clan mafioso es devorado. Se ve que Satella es contratada por un clan mafioso como guardaespaldas. El élder Hamilton, quien presenta su nueva creación de motocicleta llamada "Gabriel Hound", le dice a Rosette y Chrono que el mismo clan mafioso está siendo atacado por el Hellhound en un túnel del metro. Cuando llegan, salvan a Satella del Hellhound

La hermana Kate y el padre Remington le muestran a Rosette, Chrono y Azmaria fotografías de rastreo que llevan a Aion involucrado en secuestro y asesinato. Sin embargo, esta investigación tendrá que esperar hasta después de Navidad. Los tres salen a la calle para realizar obras de caridad por el convento. Después de que se encuentran con Satella, que se revela como la propietaria de una rica empresa de arte, se dan cuenta de que Azmaria nunca ha tenido una Navidad real debido a su infancia descuidada. Azmaria se dirige a una tienda de la esquina donde el comerciante le muestra una bola de nieve y llama su atención. Sin embargo, se lo regala a un joven, que quería regalar la bola de nieve a su novia. Rosette y Chrono la encuentran, y los tres van a un orfanato para dar limosnas donadas por el convento. Azmaria ve que Rosette y Chrono están satisfechos con sus nuevas insignias de ángeles como regalos para ellos.

Fiore encuentra a Joshua en la bañera con un dolor de cabeza crónico. Mientras tanto, Rosette, Chrono y Azmaria se dirigen en tren desde la ciudad de Nueva York a San Francisco. Se encuentran con una madre y un niño, y Chrono los considera sospechosos. Satella, que también está a bordo del tren, invita a los tres a subir a su vagón de ferrocarril privado. Sin embargo, Rosette es atraída por Rizelle al vagón comedor, y pronto descubre que Joshua está llorando por ella. Rizelle divide los dos coches de pasajeros, separando a Rosette del resto. Chrono logra atravesar el vagón comedor, pero Rizelle ha robado el reloj soul de Rosette y ha mantenido cautivas a Azmaria y Satella. Rosette se ve obligada a disparar a Chrono en el corazón para recuperar el reloj del alma, mientras que Azmaria libera a las víctimas del control de Rizelle. Esto no detiene a Rizelle, sin embargo, mientras tira de Rosette encima del vagón de ferrocarril.

Satella encuentra a Rosette, Chrono y Azmaria en un desierto, ofreciéndoles un paseo en su limusina a su villa. A Chrono le da fiebre en el camino. Mientras Chrono descansa en la villa, Rosette y Satella recorren la ciudad para encontrar una farmacia que suministre medicamentos lo suficientemente fuertes como para reducir la fiebre de Chrono. Los dos van a un adivino con la esperanza de encontrar una forma alternativa de ayudar a Chrono. Después de comprar un medicamento de venta libre, Rosette también tiene fiebre. Azmaria prepara la cena para Rosette y Chrono, quienes están encantados con su cocina. Azmaria le explica a Satella que Rosette y Chrono se preocupan el uno por el otro. Steiner, el mayordomo de Satella, nota un cambio en su actitud, de afecto hacia los demás. Más tarde en la noche, Rosette besa a Chrono como cura para su enfermedad mientras se queda dormido, ya que el resultado ha demostrado ser efectivo.

Duke Duffau , el duque de Pandemonium, entra en la villa para buscar lealtad con Rosette, Chrono, Azmaria, Satella para ayudar a luchar contra Aion. La hermana Kate y el padre Remington abogan por la aprobación del Consejo de la Iglesia Católica para la alianza, y mencionan cómo Chrono ayudó a salvar la Orden de la Magdalena muchas veces. Rosette tiene que decidir si acepta o rechaza asociarse con los perseguidores. Chrono le dice a Satella que Aion quería establecer un mundo en el que el deseo se considere sin pecado. Los perseguidores declararon la guerra a los pecadores a partir de entonces. El élder Hamilton le muestra a Rosette una versión actualizada del Evangelio con características innovadoras. Mientras Rosette, Chrono y Azmaria se encuentran con Duffau, el reverendo Jack Gilliam, quien es de la rama de la costa oeste de la Orden de la Magdalena, viene a ayudar a los tres en la próxima batalla.

Azmaria tiene la oportunidad de cantar con el apoyo de la dote Harvenheit. Satella, despertada por un sueño inquietante, es enviada en una misión para resolver el caso de desapariciones que se han producido en las afueras de San Francisco. Rosette, Chrono y Azmaria discuten con Duffau y el reverendo Gilliam sobre las desapariciones. Satella entra en una mina de oro, solo para caer por el suelo a un calabozo, y pronto es capturada por Eliza Brown. El reverendo Gilliam les dice a los demás que Eliza es una adoradora del diablo. Eliza realiza un ritual de la serpiente crucificada para convocar a Aion. Es entonces cuando Aion evita que Eliza, celosa, asfixie a Satella hasta la muerte, con un beso seductor y una copa de vino. Satella, mostrando su odio hacia los demonios, se sorprende al ver a Aion sosteniendo su brazalete de invocación de joyas. Una vez que vierte vino en la pulsera, Aion revela que él es responsable de la muerte de su familia.

Steiner recuerda que una taza de té fue la única posesión que sobrevivió después de que Aion destruyera previamente la mansión de la familia Harvenheit. Satella no puede recuperar su poder como invocadora de joyas. Además, Rosette comienza a sangrar por la frente y las muñecas debido a las marcas en desarrollo en su cuerpo. Chrono explica que las marcas son estigmas que simbolizan la crucifixión de Jesucristo. La milicia y los perseguidores planean atacar a los pecadores al mediodía en las afueras de San Francisco. Rosette y Chrono dejan Azmaria y Satella para ayudar a la milicia y a los perseguidores. Duffau, Carv y Gurio combinan sus fuerzas para luchar contra Viede y Genai. Sin embargo, los perseguidores gradualmente se ven abrumados por los pecadores. A pesar de que Duffau le da a Chrono una espada para empuñar, Chrono no logra golpear a ninguno de los pecadores.

El reverendo Gilliam informa a la hermana Kate sobre las secuelas de la guerra contra el pecador, ya que la milicia había sufrido muchas bajas. Duffau le recuerda a Chrono cómo se rebeló contra los demonios hace mucho tiempo. Azmaria, preocupada por sus amigos, los invita a un carnaval local, todo para tranquilizarlos. Mientras tanto, Aion también hace sus preparativos para asistir al carnaval. En un salón de baile cuadrado, Rosette obliga a Chrono a bailar con ella después de ver a Satella bailar con gracia con un caballero. Más tarde, Satella recupera los poderes de su brazalete de invocación de joyas cuando comienza a brillar, después de que ella y Azmaria hablan de conocer a alguien en quien confiarían. Rosette y Chrono, perdidos en una gran multitud, encuentran un momento romántico cuando alcanzan la cima y ven el cielo nocturno.

Joshua no reconoce a Rosette como su hermana mayor, ya que esta última deduce que Aion le lavó el cerebro. Steiner, diciéndole a Azmaria cómo Satella ha cambiado de actitud, de repente es asesinado por Genai, quien captura a Azmaria. Chrono, alcanzando a Rosette, queda atrapado en un anillo de fuego, encendido por la espada de Aion, que fue entregada por Shader. Joshua grita de dolor cuando le crecen los cuernos y, en consecuencia, Chrono cae al suelo. Comienza el ritual de la expiación, causando estragos en la ciudad. Cuando llega Satella, Fiore la detiene y se revela que es su hermana mayor. Rosette se despierta después de que se realiza el ritual. Una espiral de líneas astrales aparece en el cielo y la ciudad comienza a evacuar. Chrono la escucha gritar su nombre cuando Aion la besa. Al liberar el sello del reloj del alma, Chrono se transforma en su primer movimiento.

Joshua lucha agresivamente contra Chrono en el cielo, causando destrucción masiva dentro de la ciudad. Genai es detenido por Duffau cuando ataca al padre Remington. Al ver a Rosette en las garras de Aion, Chrono vuela para salvarla, pero Joshua lo ataca por sorpresa. En respuesta, Chrono agarra el cuerno de Joshua, haciéndolo gritar de agonía. Sin embargo, Chrono se convierte en piedra cuando arranca los cuernos de la cabeza de Joshua. Duffau destruye a Genai y el padre Remington erradica a Shader. Aion escapa con Rosette en su poder. De vuelta en el convento, Duffau explica que el ritual de expiación puede estar destinado a purificar o manchar el alma de un ser humano, ya sea realizado por un ángel o un diablo. El padre Remington y el reverendo Gilliam creen que Aion planea usar la disuasión de Rosette como arma. En otra parte, Aion le muestra a Rosette el resultado final de lo que Chrono y Joshua le hicieron a la ciudad, todos enamorados por ella.

Satella está molesta porque Fiore ve a Joshua como su hermano menor, y Azmaria está confundida sobre por qué sobrevivió después del ritual de expiación. En el pasado, María Magdalena sueña con Chrono como un demonio aterrador en apuros. Momentos después de que Chrono llega a verla, el padre Remington ha venido a matar al diablo. Chrono, afortunadamente, escapa con Mary Magdalene y descubre que puede predecir el futuro. Los dos encuentran a Aion, quien le ha arrancado los cuernos. Aion es llevado a ver a los otros pecadores, construyendo el reloj del alma y preparando el ritual de expiación. María Magdalena le revela a Crono sus estigmas, llevando los recuerdos de todas las almas excepto la suya. También afirma que su propia muerte estará en manos de Chrono. Ella le advierte que Aion pronto lo traicionará. En lugar de realizar el ritual de expiación en un pico, Aion le ordena a Chrono que acabe con la vida de María Magdalena, pero él duda.

Satella recuerda cuando Fiore la motivó a usar sus poderes de invocación de joyas. El élder Hamilton le da a Chrono una espada con textos enoquianos grabados en la hoja, lo que le permite a Chrono luchar contra Aion sin tener que transformarse. Fiore sale del convento y se lleva a Joshua con ella. Rosette utilizará su poder de milagros para curar a los enfermos y heridos bajo el mando de Aion. Rosette pronto reúne a una gran multitud de personas que se refieren a ella como una salvadora. Satella ve a Fiore con Joshua y forja una barrera de invocación de joyas. Al no poder convencerla de que sea su hermana, Satella se ve obligada a entrenar contra Fiore. Después de que Chrono toca la muñeca manchada de sangre de Rosette, Aion expone a Chrono como un demonio frente a la multitud. Fiore revela que ella es la sombra de la hermana de Satella que murió hace diez años por las cabezas de Aion.

Chrono se encuentra con Rosette y Aion en una iglesia abandonada, donde Rosette le exige la vida a Chrono. Aion también provoca a Chrono al mencionar que está destinado a quitarle la vida a Rosette. Chrono termina dejando que Aion se salga con la suya con Rosette. El padre Remington y el élder Hamilton dicen que la multitud está condenando la Orden de la Magdalena. Mostrando a Azmaria sus cuernos junto al ataúd de Satella, Chrono se culpa a sí mismo por haber matado a los pocos que le eran queridos, todo por ponerse del lado de Aion por obtener la libertad del pecado. Una fotógrafa entrega a Azmaria una foto que se tomó con sus amigas durante el carnaval. También le da una foto de Rosette exponiendo sus muñecas a la hermana Kate, quien se la muestra al padre Remington y al élder Hamilton. La hermana Kate le dice más tarde al Concilio de la Iglesia Católica que muchas personas están grabando marcas en forma de cruz en sus muñecas para hacer una cruzada con la esperanza de la libertad.

El Orfanato de la Séptima Campana vuelve a la normalidad, los huérfanos reviven y el edificio se descongela. La hermana Kate le dice al dueño del orfanato que Rosette y Chrono no se encuentran por ningún lado, y Azmaria canta para los huérfanos. El padre Remington y el élder Hamilton viajan bajo tierra hasta la tumba de María Magdalena y ven los cuernos de Aion aquí. Se entiende que los cuernos de Aion mueven el tiempo mientras que los cuernos de Chrono congelan el tiempo. Nadie parece saber el paradero de Rosette y Chrono. Joshua le dice al padre Remington que actualmente está escribiendo una novela sobre una niña, su hermano menor y su compañero extraterrestre que viajan en las líneas astrales para derrotar a los demonios. Rosette y Chrono se ven sentados afuera en un porche mirando la puesta de sol, mientras pasan su día en la tierra. Azmaria se entera de su ubicación y llora cuando los ve sonriendo y tomados de la mano en la muerte.