La década de 1920 fue una década de grandes cambios y agitación, con monstruosos demonios apareciendo en todo Estados Unidos. Para combatir esta amenaza, se estableció la organización sagrada conocida como la Orden de Magdalena. La sucursal de la organización en Nueva York es el hogar de la joven e imprudente Hermana Rosette Christopher, así como de su compañero Chrno. Encargado del exterminio de las amenazas demoníacas, el reconocido equipo es excelente en su trabajo, a pesar de causar daños colaterales extensivos en sus misiones.

Sin embargo, tanto Rosette como Chrno son conducidos por sus oscuros pasados. A través del exterminio de demonios, Rosette espera encontrar a su hermano perdido Joshua, quien fue llevado por el pecador y demonio, Aion, con quien Chrno también comparte una historia sangrienta. Los dos deben luchar contra la amenaza demoníaca cada vez más peligrosa y descubrir su origen, mientras continúan buscando la verdad detrás de la desaparición de Joshua.