一見平和だが荒廃が進む世界。掃除屋のスヴェンは、知事に就任するお尋ね者のリブを確保しようとする。

だが彼が自身の特殊能力で予見したのは、暗殺されたリブの姿。

阻止を試むが、目前で抹殺者(イレイザー)にリブを殺される。怒るスヴェンの前から、姿を消す抹殺者。

その男こそ、世界の安定を目的とする秘密結社クロノスの特務部隊“時の番人(クロノ・ナンバーズ)”のNo.XIII、“ブラック・キャット”と呼ばれる男、トレインだった…。

スヴェンは仕事を求め、情報屋アネットの店“ケット・シー”へ。そこへ悪党に追われる女が飛び込んできた。

自慢の発明品で女を救ったスヴェン。エレナと名乗る女は、その腕を見込んで、武器商人のトルネオに誘拐された妹を救い出して欲しいと言う。

一方、トレインが出会った女は掃除屋のサヤ。

手から腐食液を出す能力を持つ大物賞金首、プレタ＝グール捕獲へ向かうと言う。

気になったトレインは、サヤの後を追うが…。

イヴのいるトルネオ邸に侵入したスヴェンとリンス。

リンスは地下研究室に潜り込みナノテクノロジーデータを回収を試みる。

スヴェンはイヴと再会するが、そこへブラック・キャットが現れた。

トルネオに命じられて闘おうとするイヴを、スヴェンが止める。 激怒したトルネオは“NS増幅振動機”を使い、彼女の体内ナノマシンを暴走させる。

体を武器に変身(トランス)させブラック・キャットと闘うイヴ。スヴェンは捨て身で飛び込むが…。

クロノスへの反逆者とされたトレインとクリードに、それぞれ時の番人(クロノ・ナンバーズ)が迫る。

セフィリアとトレインが対峙する中、虫の大群と共にクリードの同士を名乗る道士(タオシー)、シキが乱入。

混乱に乗じて逃走するトレイン。そんな彼にサヤは「自分や大切な人を護るために必要」と、銃を返す。

翌日、“クリードからの手紙”を見つけて衝撃を受けるトレイン。

“トレインを惑わす魔女”としてサヤが狙われているのだ…。

サヤを殺されたトレインはクリードに闘いを挑むが、戦闘中にタンカーの爆発に巻き込まれる。

大ケガを負ったトレインを助けたのはスヴェンとイヴ。

標的(ターゲット)として狙われた事のあるイヴはトレインを警戒する。

そんなイヴに「てめぇだって殺し屋だ」と大人げない事を言い、スヴェンに怒られるトレイン。

イヴは隠れ家を飛び出し、クロノスの時の番人(クロノ・ナンバーズ)、No.VIIのジェノスと遭遇。彼はイヴを兵器として回収しに来たのだ…

リンスの調査で、道(タオ)使いがメンバー候補に飲ませているドリンクは“神氣湯(しんきとう)”と判明。

しかも次の狙いは、国際捜査官時代にスヴェンが逮捕した男・ギャンザらしい。

トレインは街で悪党にからまれた少女を助け、ひと目ボレされるが、実はその少女こそ道(タオ)使いのキョウコ。

彼女は仲間のシャルデンと共にギャンザのもとを訪ねていた。スヴェンは、ギャンザが能力に目覚める前に確保しようと囮作戦をたてるのだが…。

スヴェンたちは横領逃亡犯を確保しようとフェクタータウンへ向かうが、その賞金首は“ブラックキャット”を名乗る男に確保された後だった。

一人、街へ出たイヴは“ブラックキャット”だと言う男・ウドニーと出会う。

実力もないのに、名乗るだけで相手をビビらせ賞金首を確保してきたウドニーにあきれながらも、彼のピンチをこっそりと救うイヴ。

だが、そこへ本物の“ブラックキャット”を探す、星の使徒のガンマン・デュラムが現れた!!

星の使徒のアジトへ向かう途中、トレインが姿を消した。

スヴェンは、トレインが再び暴走するのではないかと焦る。

アジトである古城では、時の番人（クロノ・ナンバーズ）のNo.VII・ジェノス、No.V・ナイザー、No.XI・ベルーガら“地獄の番犬（ケルベロス）”が、星の使徒と激突していた。

そんな中、ついにトレインとクリードが対峙！

トレインを仲間にしようと「僕を撃って昔の君に戻るんだ」と挑発するクリードは、スヴェンたちを人質にトレインに迫る…!!

クリードのいるクラーケン島をめざすトレインは、途中の山で霧に包まれる。

翌日、目覚めたトレインの前にサヤが!?　それは、サヤそっくりの女・サキ。霧で迷ったトレインを助けてくれたのだ。

彼女の家は数々の罠が仕掛けられ、正に難攻不落。

トレインはサキに、なぜ仲間がいないのか？や、罠についてたずねるが、彼女は、ずっとここで大切なものを守ってきたとしか答えない。

その夜、サキの家へ、謎の木人が大群で押し寄せる…!!

いち早くクリードの元に着いたセフィリア。

彼女の剣はクリードを貫くが、傷がふさがっていく。彼はナノマシンの力で、超再生能力を手にしていたのだ。

“己が神として君臨する楽園を創る”と宣言するクリード。

レベルアップする彼の剣・幻想虎徹（イマジンブレード）に、セフィリアも歯が立たない。

振り下ろされるクリードの剣を弾いたのは、トレインの弾丸だった。

「掃除屋として確保しに来た」と言うトレインに、クリードは逆上する！

ついに機械生命体・エデンが始動。

その中枢にいるイヴは、無意識下でエデンに近づく全てを攻撃する。

ティアーユの話では、完全に吸収される前にイヴを取り除けばエデンは停止するという。

掃除屋同盟の仲間たちはもちろん、ニュースでエデンのことを知ったキョウコやシャルデン、仲間の元へ帰ったリオン、そしてセフィリアら時の番人(クロノ・ナンバーズ)と共に、トレインたちはイヴ救出を開始。空を浮遊するエデンへの侵入を試みる。

ナノテクと道(タオ)の融合による“エデン・プロジェクト”を“完璧な生態系”と語るメイソン。

かつて異大陸との闘いで、ある道士(タオシー)から道(タオ)の奥義を伝えられた彼は、計画のため密かに人材を集め全てを操っていた。

そしてその核となるイヴに様々な知識を学習させるため、逃走後も泳がせていたのだ。

攻撃を受け付けないオリハルコンの鎧を持つメイソンを相手に、窮地に立たされたトレインとスヴェン。そこへクリードが現れる…!!