瀕死の重傷を負ったジョセフとマレクは、XATの研究室に収容された。自分の手でマレクを救いたいと願うアマンダは、二人を別機関へ移管するという命令に逆らい、ヘルマンと研究員の助けを借りてジョセフのデータ解析（ハッキング）に望みをつなぐ。そこで見つけたデータは「ブラスレイター」というコードネームの極秘レポートだった。一方その頃、XATに第３班のメンバーと新型の変形機動マシン「パラディン」が配備される。

XAT部隊内では風邪に似た症状を訴える隊員が続出、これが悲劇の始まりだった。市街地での融合体の大量出現に呼応して、XAT本部内の隊員たちが次々と融合体へ変身したのだ。命令違反で拘留されていたアマンダたちも襲撃を受けるが、ブラッドらに助けられ何とか脱出する。しかし、建物の中は融合体だらけで身動きが取れない。アマンダ達は生き残ったメンバーと合流し、武器庫にバリケードを張って籠城することになってしまう。この惨劇のさ中、ついにジョセフが意識を回復、再び立ち上がるのだった。

生き残った隊員を探しつつ、地下通路を走りヘリポートへと急ぐアマンダたち。融合体となり破壊の限りを尽くす者、絶望し自ら命を絶つ者、XAT本部はまさに地獄の様相となっていた。そして融合体の兆候はアルとブラッドにも及んでいたが、アマンダとヘルマンはまだ無事だった。アルとブラッドはXATの誇りにかけて二人を守り抜き、XATから脱出させることを誓う。一方、ベアトリスとの死闘で倒れたジョセフの前に、再びあの男が姿を現した。

ツヴェルフの壊滅という状況に、全世界へのデモニアック事件の拡大を恐れた他国政府はドイツへの攻撃を決断、爆撃機からの攻撃を開始する。独自の警戒システムによってその事態を知ったメイフォンたちは、アポカリプスナイツの能力でミサイルの迎撃を試みる。その頃、「イシス」完成までの時間を稼ぐため、ザーギンの前に立ちはだかる一人の男がいた。