魔界の女王になるために人間界へと修行にやってきたメグは、家族の一員となる条件で先輩魔女・マミの家庭である神崎家の娘となった。優しいパパ、いたずら好きの弟妹に囲まれ慣れない人間界で暮らし始めるメグだったが、弟ラビの度重なるいたずらが許せずに思わず手を上げてしまう。そのことをパパに怒られたメグはその理由が理解できず反抗して、頬を叩かれてしまった。頬の痛みとショックから、メグは家を飛び出してしまう。

人間の生活を学ぶため、小百合学園へ転入することになったメグ。そこへ同じく学園に入学するライバルの魔女・ノンと母親代わりの魔女キーランが神崎家へ挨拶に来た。マミとキーランもかつて女王の座を競ったらしく、メグはノンに対抗心を燃やす。学園でもすぐクラスメート達と仲良くなるメグに対し、ノンは「人間と深く関わると修行のマイナスになる」と忠告する。メグは自分がどう人間と付き合えばいいか困ってしまうのだが…。

風呂上りにメグが体重計に乗ったら、いきなりラビが覗き込んできた！どうもパパの「予想した体重よりも軽かったなら、その者は魔女である」という魔女裁判の話が発端らしい。この騒ぎをきっかけに、アポは「自分も魔女の子かもしれない」と思ってしまう。それを試すため、ラビとアポはホウキ一本を持って高いところからダイビングという危険な実験を行う。思わずメグは魔法で助けてしまい、２人の勘違いをかえって強めることに…。

陸上競技でノンにわずかな差で負けたせいで、悔しさいっぱいで帰るメグ。家ではパパの誕生日を祝う準備で忙しく、メグもマミから家族の一員として手伝うようにいわれる。一方それを知り面白くないチョーサンは、メグとノンの対抗心を利用してそれぞれに偽の挑戦状を届ける。ノンに負けたくないメグはマミの言いつけを守らず約束の場所へと向かう。だがそれに怒ったマミは、神崎家のみんなからメグに関する記憶を消してしまった！

テニスの試合でノンに勝ったメグは、コートから飛び出したボールを拾ったミスター天空という奇術師と知り合いになる。天空はパパの会社が興行する大魔術ショーで、炎に包まれたジェットコースターから脱出してみせ、その売り上げで恵まれない子供たちの施設に図書室を作ろうというのだ。メグは天空の考えに感動し、学校でショーの宣伝をする。しかしそれを快く思わないノンは、メグに反発し天空に恥をかかせようと魔法を使う。

疲れた顔で朝早く家に帰ってきたパパ。実は公演のために招いた世界的なピアニスト、リヒアルト・アイゼンの世話に振り回され、ダウン寸前だったのだ。パパの体調を心配するメグはホテルへ戻る彼を追いかける。そしてホテルのボーイに変身し、機転をきかせてパパのピンチを救うのだが、アイゼンは契約書をたてにわがまま三昧は止まらない。あまりのわがままぶりに怒ったメグは、公演直前のアイゼンに魔法をかけてしまうが…

ラビとアポを連れてテニスの練習をしていたメグは、気さくに声をかけてきたダニーというハンサムな男の子と仲良くなり、一緒にテニスをすることになる。すっかりメグを気に入ったダニーはメグに積極的にアプローチし、メグも次第にダニーの優しさに惹かれていく。そして２人でデートすることになったのだが、メグはダニーが突然メグの手を握ってきたのに驚き、思わず「ダニーなんか嫌いだ」といってその場を逃げ出してしまう。

突然外で自分の悪口が聞こえたので、メグたちと表に飛び出すアポ。しかしそれは見知らぬ男の子がいじめている子犬の名前だった。自分と同じ名前の子犬がいじめられるのが耐えられず、アポは止めようとするが男の子はまったく聞いてくれない。怨まれる心当たりもないため、すっかり元気をなくしてしまうアポ。メグは何とかしようと男の子を捜して交渉するのだが、今度は「神崎メグ」という名前の猫がいじめられるという始末で…。

教会を訪れたメグは、木から落ちる少年タカシを魔法で助けた。母を亡くしたタカシは仕事で帰らない父を思って、遠くを見渡せるよう木に登っていたのだ。タカシの父は有名な空中ブランコ乗りだったが、パートナーだった妻を失いサーカスから離れていた。親子の絆の強さを信じ必ずタカシの父は帰ってくるというメグに対し、そんなことはないと反発するノン。お互い意地になり、魔法を使って彼がどちらを選択するのか見定めるのだが。

アルプスの分教場の子供たちが風船につけた手紙と花の種が、メグたちの町に届いた。喜んだメグたちは返事を書こうとするが、ノンから風船で届いた手紙を郵便で出すのかと皮肉られてしまう。だがそこへ運良く小百合学園の先輩である風巻が現れ、彼らの協力を受けて熱気球でアルプスを越え手紙を運ぶことになった。どうしても直接子供たちに手紙を届けたいメグは危険を覚悟でこっそり気球に乗り込んでしまう。そしてノンとボスも…

魔界の司法長官パトラがメグたちの監視をしに魔界からやって来た。今までの仕返しをはかるチョーサンは、パトラにメグが魔法で人間を助ける姿を見せてメグを人間界へいられなくしようと、ラビの乗っていた人力飛行機を墜落させる。ノンからパトラの話を聞いたメグだったが、事故で亡くなった親友マサオとの約束を守ろうと命がけで人力飛行機を飛ばそうとするラビのため、連れ戻されることを覚悟して魔法を使うことにする！

神崎家に迷い込んできた大きな犬。平気な顔で近づくメグに、マミは人には見えないものを見抜く犬こそが、魔界の者にとって苦手なものだと教える。しかしラビとアポは大の犬嫌いであるパパを説得し、犬にゴンベエと名付けて家で飼うようになる。そんなある日、メグの目の前で腐った橋の上にいたアポが湖に落ちてしまった。助けようとするメグに向かって突然うなり声をあげ牙を剥くゴンベエ。メグが魔女だと見抜いているのか…？

チョーサンは今までメグから姿を隠していたのだが見つかってしまい、魔界の調査官だと知られ後を追いかけられる。だがメグも途中でアポに見つかって一緒に連れていくことになり、ノンも合流し３人でチョーサンのアジトに忍び込む。だがアジトで待ち受けていたチョーサンの攻撃に、メグは思わずアポの前で魔法を使ってしまった！魔界の掟では魔法を見られた人間をそのままにはできない…掟と愛情、メグはどちらを選ぶのか？

湖畔へキャンプに来たメグたちは、怪しげな老婆から「美しい娘の奏でる竪琴の音に導かれ館へ入った者は二度と帰ってはこられない」という伝説を聞く。伝説が気になるメグと魔女の仕業ではないかと考えるノンは、どちらが先に音の正体をつきとめるかを勝負する。２人の前に現れたのは、かつて女王との戦いに敗れて、森に隠れ住んでいた魔女タンザだった。強大な魔力をふるうタンザを相手にして、メグとノンはどう戦うのか！

パパとママの結婚記念日のプレゼントを買いにきたメグは、偶然パパが知らない女性と歩いているのを見かける。話を聞いて不安になったマミは水晶玉で確かめるが、そこには公園でパパと若い女性が会っている姿が映しだされていた。怒ったマミはメグたちを連れて家を出ていってしまうが、身に覚えのないパパには見当がつかない。これは全てチョーサンの仕掛けた罠だったのだ。メグはなんとかパパとママを仲直りさせようとするが…

パパの夢だった空中ショーが実現することになり手伝うことになるメグ。ノンもまたそのポスターを描くノンのパパを助けようと魔法を使っていた。それを知ったチョーサンはショーを中止させ、２人に恥をかかせることを企む。スカイダイビングに出演するマックスを誘拐し、メグを家から追い出すよう脅迫するチョーサン。だがパパはその誘いを断った。責任を感じたメグは、危険を承知でマックスの代わりにスカイダイビングに挑む！

メグの後輩であるレオンは、退屈な魔界を脱走し強引に神崎家に居候する。一方レオンの脱走に怒った女王は、チョーサンに早く連れ戻すよう命令を下していた。メグはレオンに魔界へ帰るように説得するが、言うことを聞かないばかりかメグになりすまして町へ出かけ、人間界のルールを守らず大騒動を巻き起こすレオン。みんなから身に覚えのないことで怒られるメグの前に、メグに変身したレオンが帰ってきたから、さあ大変…！

友人とハイキングに来たメグは、森の奥深い古城に住むグレート家の王子であるジョージと出会った。ジョージは厳格な祖父から厳しい教育を受けており、学校に行くことはおろか友達もいないという。帰宅した後もジョージのことが忘れられないメグは、一緒に遊びに行こうとデートの約束をした。黙って古城から抜け出したジョージは祖父である公爵の怒りを買う。ジョージを牢から連れ出して逃げる２人。その姿を祖父の銃口が狙った！

メグとラビのケンカに巻き込まれひどい目に遭ったチョーサンは、幽霊に化けてメグに仕返しをしようと考える。しかしメグはラビのいたずらと思い込み相手にしない。後日、神崎家にパパのお客として不思議現象を研究する佐竹氏が訪れた。ラビは家が幽霊屋敷として紹介されれば有名になれると思いアポと２人で幽霊に変装する。そこへ壁をすり抜けることができる魔法薬を作ったチョーサンが現われ、神崎家は大騒ぎになってしまう。

ボスは人力飛行機を飛ばそうと挑戦するが何度も失敗する。ボスを馬鹿にするノン。それを見ていた足が不自由な少女ミルは魔法が使えれば歩けると思い込み、歩く努力を止めてしまう。すでに足は完治しているはずなのに…。一方、修業の成果を見たいという女王の命令で勝負をすることになったメグとノン。友達と争いたくないと悩み、ミルの足を魔法で治そうと考えるメグに、マミはかつての自分の置かれた状況を重ねてメグをさとす。

公園でアイスを売るチャック婆さんはなんとメグが魔女であることを見抜き、家までついてきた。実は彼女は元魔女で、メグたちに魔界に送り返す協力をしてくれと頼む。しかし魔界の掟では人間界で十年暮らした者は戻れない。断ろうとしても神崎家にいすわり、神崎家の人々に嫌がらせをしまくるチャックにメグは大弱り。なんとか思いとどまらようとするが、チャックには戦争で夫と子供を失った悲しい身の上であることを知ってしまう。

メグはクラスメートのシンスケが恐喝している現場に出くわし、魔法で彼が奪った財布を取り返した。だがそこへやってきた新聞記者たち。シンスケの父が会社の倒産を苦に自殺したというのだ。シンスケは絶望のあまり再三自殺を試みるが、そのたびメグの魔法によって救われる。世間の同情に味をしめ、自殺を見せ物にするシンスケ。自分の行いに深く悩むメグ。そんな折、シンスケは自殺を予告、大衆の面前で飛び降りようとする！

メグにやられたチョーサンは、振り子を見た者が裸になる催眠時計を使ってメグへの復讐を企んでいた。時計は神崎家の玄関に置かれたのだが、ロコによって学校へ寄付され、大松先生が学園中を裸で走り回る騒ぎにはなったもののノンの魔法で事なきを得る。あきらめがつかないチョーサンは次にメグの家のバスタブに車輪を取り付けた。今度の作戦は見事成功！裸のメグを乗せたままバスタブは家の外に飛び出し、夜の町を走り回る！

学園祭で行われる女王コンテストに出場することになったメグ。ノンもメグもコンテスト用の綺麗なドレスを仕立ててもらった。一方メグたちのコンテスト参加が気に入らないチョーサンは、仕上がったノンのドレスを盗んでなんとカカシに着せてしまう。盗まれたノンとキーランは激怒、疑われてしまうメグ。メグはようやくチョーサンが犯人だという証拠をつかみ白状させ、ドレスを着たカカシの所まで来たのだが、肝心のドレスがない…！

霧がたち込めたある日、転校生：真岡ジュンがメグたちのクラスにやって来た。頭脳明晰でスポーツ万能、プロ並みの腕前でピアノやギターを弾きこなすジュンに何故だかノンは反発する。ジュンを意識して恥をかいたノンは魔法で仕返ししようとするが、なぜかジュンには魔法がかからない。しかし遠足で危機におちいった所をジュンに助けてもらったことで、素直な気持ちで愛を告白するノン。だがジュンにはある秘密があったのだ…。

最近すっかり自信をなくしてしまい、メグこそ女王にふさわしいのではないかと考えはじめたノン。あわてたチョーサンはキーランをたきつけ、ノンの対抗心を燃やすべく２人を仲たがいさせる作戦を共謀する。しかしノンにばれてしまい、やる気を出すどころかすぐに魔界へ帰ると言われてしまった。修業の途中で帰ればノンもただではすまない。なんとかノンを引き止めようと、メグはノンをわざと怒らせて魔法の勝負を仕掛けるのだが…

突如原因不明の病気で倒れるマミ。その腕にはあやしいサソリのアザがあった。メグはチョーサンから星占いの老婆を訪ねるように教えられ、マミが蠍座の呪いを受けていることを告げられる。マミを救うには星座の国へ行き、射手座の矢を蠍座に射るしかない。メグは老婆と共に星座の国に向かい全ての魔力をペンダントに込めて投げるが、大サソリに邪魔され失敗してしまう。なんとこの件はすべて、老婆に化けたサターンの罠だったのだ！

マミに赤ちゃんができたかもしれないと聞いて大喜びの神崎家。しかし残念ながら勘違いだと判明する。妹が欲しかったアポはあきらめられず、コウノトリが妹を運んでくるのを待っていた。その夜、神崎家の前になんと赤ん坊が！コウノトリが運んでくれたと言い張るアポに、マミは母親が迎えにくるまで家で預かろうと提案する。エミちゃんと名づけられた赤ちゃんの世話を熱心に焼くアポ。だが家の前でじっと様子を伺う女の人の姿が…

怪我をしたラビの手当てをしてくれた優しく美しいシスター：アリサ。メグの姿を見て思わずエリカと呼ぶ彼女には、実は辛い過去があった。火事でメグに瓜二つである妹のエリカを死なせてしまい、絶望して自殺を図るが死にきれず、その罪をつぐなうために修道院に入ったというのだ。メグとシスターの仲を裂きたいチョーサンからそのことを告げられたメグは、なんとかシスターの傷ついた心を魔法で救いたいと願うのだが…

見知らぬ女の子を訳もなく殴ってしまった、と激しく悩むボス。その女の子：エミがメグたちのクラスに転入してきた。なんと彼女を見た瞬間に殴りかかってしまうボス。またオランダの合唱団を招くことになったパパも、記者会見中にチョーサンの差し金で会場に居合わせたエミを殴ってしまい、公演を見合わせるという大問題になってしまった。あまりに奇妙な現象に、原因を探ろうと動き出すメグ。天性のいじめられっ子の正体とは？

高原平にあるエミの別荘に遊びに来たメグたち。ノンもいとこの北川と一緒に登山に行くという。現地ではエミの幼なじみであるススムが、酒に溺れた父親の事で心を痛めていた。かつて名ガイドだった父だが、酒を飲んだために難所：鬼淵沢で遭難者を救えなかった時以来、山に登らなくなったという。そんな折、北川が鬼淵沢で登山中に遭難したとの連絡が！霧がたちこめて、ススムの父なしでは動けない。魔法も使えないし…どうする？

魔界からやって来たジョーカーは、メグとノンに白雪姫の継母が２人の美貌に嫉妬し、命を狙っていると告げる。継母は人やあらゆる動物にとりつくという。最初は冷静な２人だったが、姿の見えぬ敵に対し徐々に不安にかられ始める。実はジョーカーは試験官で、２人をテストしに来たのだ。だがジョーカーの罠によりメグは半狂乱、神崎家の人が魔女にとりつかれたと信じてしまう。疑心暗鬼にとらわれたメグはナイフを手にマミに近づく…

誰もいないはずの神崎家に人の気配が！正体はマミの魔法大学の同級生だったペニー。魔界でも有名な厚顔ぶりを発揮し、自分はおろか他の同級生であるセント、フラン、マルク、ルーブルを呼んで、すっかり神崎家に居座ってしまった。家にある物を我が物のように使うわ、パパの客人である著名な作曲家、立川氏にいたずらをして激怒させるわとやりたい放題。腹に据えかねたメグは、５人と魔法で対決するが、なんと負けてしまって…。

ある夜、空からメグの部屋に舞い降りた白い馬。この馬はキュービーといい、見込まれた者は必ず魔界へ連れ戻されてしまう。魔法が効かないのでノン達も手のうちようがない。メグたちはキュービーを隠そうとするが、アポたちに見つかってしまう。アポはキュービーの世話をし、ラビは乗りこなそうとする。だがもし人間である２人が見込まれて魔界に連れて行かれたら、必ず死ぬ…。メグは２人を救うためにも、魔界に帰る覚悟を決める。

ラビはアポが使っていたお人形のマリーを、マンホールの中へ落としてしまった。メグが探そうと下水道に入るが、ネズミが怖くて逃げ帰ってしまう。実はマリーは、マミが嫁入りの時に母親からもらった大事な人形だったのだ。ラビは責任を感じて家出をしようとする始末。メグはマリーと対になっていた兵隊人形のジョンに魔法をかけ、マリーを探してもらうように頼む。だが、人形たちはなかなか戻ってこない。おまけに雨が降り始め…。

朝、遅刻しそうになったメグをバイク乗りの少女が助けてくれた。教室に入ったメグはさっきのバイク少女がクラスにいるのを見つけるが、本人は人違いだという。その直後からボスの宿題がメグの机から出てきたり、渡したチョークが爆発したりと奇妙なことが起き続け、メグはみんなから濡れ衣を着せられてしまった。あまりのひどさに泣き出してしまうメグ。だがそれは、双子の魔女トットとチッチを使ったチョーサンの仕業だったのだ。

ラビ達は家中の紙を紙ヒコーキにして飛ばしてしまう。ラビの友達で紙ヒコーキ名人：勇太のヒコーキ飛ばしに魅せられたからだ。一方チョーサンの元へ魔界から手紙が届く。魔界の重要書類が紙ヒコーキになって下界に飛んでいったというのだ。実はラビの捕まえた金色の紙ヒコーキがそれで、魔力がこもっており鳥のように空を舞う。勇太はすっかり自信を失ってしまうがメグは彼を励まし、もっとすごい紙ヒコーキを作るよう提案する。

ボールを捜しに入った庭先で、アポは遊園地のような遊び場を見つける。それは奈良沢老人が孫のただしのために作ったものだった。老人に冷たく追い出されたメグは憤慨するが、パパから奈良沢が孫を失って以来孤独になっていることを聞かされる。アポは奈良沢の心を溶かそうと老人の元を訪ね、ただしの代わりになるという。老人から木登りなど無理難題を要求され、できずに泣き出すこともあるけれど、アポは決してあきらめない！

お正月早々、町内対抗のオートレースに出ることになったメグ。賞金目当てにレースに出場したチョーサンは罠をしかけ、メグたちに嫌がらせをする。怒ったメグは魔法でチョーサンをやっつけるが、それに巻き込まれた破傷風の血清を運ぶバイクが壊れてしまった！このまま血清が届かなければ子供の命が危ない。自分の代わりに届けて欲しいとドライバーに頼まれたメグは、レースを続けながら血清を山中村まで運ぶことになってしまう。

パパが呼んだ動物サーカス団から白熊のユキが逃げ出した。しかもスポンサーであるスペンサー夫人の大事な宝石を飲み込んだままだというのだ。追いかけられたユキは神崎家の庭へ逃げ込むが、白熊のぬいぐるみが欲しかったアポは大喜び！なんとかかくまおうとする。一方ハンターを呼んだスペンサー夫人は、宝石のためならユキを射殺してもかまわないと命令した。多額の礼金に目がくらんだハンターは、ユキとアポに銃口を向ける！

メグたちは友人の早苗に誘われ、山村の雪祭りに行くことになった。しかし車の道中はトラブル続き、あやうく崖から転落しそうになるのをメグの魔法で切り抜ける。メグは魔女の仕業ではないかと疑うが、ラビはこんな事ができるのは雪女だけだと言うのだ。ようやく村に着くと、今度は早苗から雪の彫刻群が一晩で消えてしまう怪事件が起きたことを聞かされる。メグは深夜姿を現したあやしい人影の正体をつきとめようと後を追うのだが…

早朝、マミに起こされたメグは窓の外をみてびっくり。なんと神崎家の周りにだけ雪が積もっているのだ。メグはチョーサンの嫌がらせだと思ったが、実は魔界からやってきた雪見鳥が巣を作ったからだった。絶滅寸前の雪見鳥の卵にもしものことがあればメグも牢に入れられてしまう。だが親友の映画監督に頼まれたパパは、家を撮影に使う約束をしてしまった。撮影が始まる中ノンの助けを借り、メグは無事に雪見鳥の卵を守れるのか？

今度こそメグに仕返ししようとするチョーサンは、ラビに反抗期促進剤を飲ませた。翌朝、礼儀正しく振舞うラビに驚くメグ。失敗したと思ったチョーサンはさらに強い薬を開発、薬を飲ませるためラビをアジトに連れ去ってしまった。薬を飲んで凶暴になったラビは、アジト内で手もつけられない大暴れを始める。しまいには秘密のドアを開け、魔界へ続く階段を上っていってしまった。人間が勝手に魔界へ入れば、ただではすまない…！

スケートが苦手なメグはノンを見返してやろうと、氷の妖精から特訓を受けていた。その後メグは、町の靴屋で素敵な赤いスケート靴を見かけ、同じ靴を買おうとしていたアケミと友達になる。一方、ノンのライバルがアケミだと知ったチョーサンは、ノンをなんとしても勝たせるため、アケミの演技を妨害し怪我をさせてしまった。出場できなくなったアケミは「自分の代わりにショーに出て欲しい」と、メグにあの赤い靴を託すのだが…。

メグの前に現れた春の妖精：ルウ。冬の妖精：サムサがいるために力が出ず、メグの買った植木鉢の中に隠れていたというのだ。サムサが居る限り春が来ないことを知り、ルウに協力するメグ。一方それを知ったサムサは、ノンを使ってルウを追いだそうと企む。メグはノンと魔法で勝負をするが決着がつかず、怒ったサムサは自ら魔法で最後の攻撃をしかけてきた。苦戦するメグを救うため、ルウは一度だけ使える魔法で南風を呼ぼうとする。

湖でノンのヨットと衝突しボートから投げ出されたエミ。メグはノンの無礼に怒るが、自分のヨットを傷つけられたノンは「ヨットで自分に勝てば謝る」というのだ。怒ったメグは早速ヨット部を作るが、肝心のヨットが手に入らない。部員のためにヨットを貸してほしいと頼むメグに、ノンは湖を３０分で一周できたらという条件を出してきた。湖に出たメグ達に不思議な霧や竜巻が襲いかかる！はたしてヨットを手に入れられるのだろうか？

パパが知人のヒムラー女史から、古い日本人形を預かってきた。修理できる人を探していると聞いたメグとアポは人形作家の川島ミツを訪ねる。だが人形を見るなり「修理はできない」と断わるミツ。なんとその人形はスイスに留学したミツが、友情の証にヒムラーと交換したもので、ヒムラーからの人形は地震で焼失してしまったからだ。だが大切な人形を、なぜ地震の時に持ち出せなかったのか？疑問を感じたメグは、真実を探ろうとする…

地上へ追放された母に会うため、魔界を脱走した女の子ミミ。母がいる植物園にたどり着き姿を隠すも、居合わせたメグによって魔界の検察官へ引き渡されてしまう。その後事情を知ったメグは、ミミの残した風車から風車売りのベルが母であることをつきとめ、二人を再会させようとする。しかし魔力のないベルは、魔界へいくことができない。メグは禁を破ってベルに水の魔法を教えるが、罪を知られた魔界の検察官に捕えられてしまった！

進級したラビはランドセルはかっこ悪いと、新しくカバンを買ってもらった。だがカバンはチョーサンたちに盗まれ、通りがかりのノンが魔法でやっつけた結果、教会に住むゴロー少年に拾われてしまう。メグはラビを連れて取り戻しに行くのだが、魔法で空を飛ぶカバンを目撃したゴローは、カバンを使って病弱な友人ジュンの「空を飛ぶ夢」を叶えようとしていたのだ。メグは二人の夢を壊さず、カバンを取り戻してやりたいと願うのだが…。

山へ写真を撮りに来たパパが車に戻ると、トランクの中になんと熊が入っていた！飼い主の少年が町へ出稼ぎに行くため仕方なく捨てたらしい。結局、この熊：タローはしばらく神崎家で飼われることになった。それを知ったチョーサンはタローを逃がし町で暴れさせようと企む。痛めつけられたタローは怒って町へ逃げてしまった。このままだとタローは殺されてしまう！メグは様子を見に来ていた飼い主の少年と共にタローを救おうとする…。

神崎家にあの大きな犬、ゴンベエが戻ってきた。飼い主が旅行する間だけ預かることになったのだが、以前ゴンベエに命を救われたアポは大喜び。みんなの夕食を平らげ、すっかり神崎家になじむゴンベエ。一方チョーサンはメグが犬と仲良くすることが気に食わず、幼稚園の先生を言葉巧みにだましアポを幼稚園から連れ出してしまった。残されたアポの傘の匂いをたどり、追跡を始めるメグとゴンベエ。その時、助けを求めるアポの声が！

アポとラビから自分の誕生会の招待状をみせられ、メグは自分が人間界へ来て一年になることを知った。突然魔界に呼び戻されノンと共に女王様の前に出たメグは、チョーサンがつけたオール×の成績を理由に女王候補失格を言い渡されてしまう。そればかりか二度と下界へ戻ることも許されないというのだ。諦められないメグは、自分の為ではなく母親代わりに世話してくれたマミのため、もう一度だけやり直すチャンスが欲しいと懇願する…。

仔猫をかばって怪我をした母猫ジュンを、ゴンベエが神崎家に運んできた。メグはジュンの傷が治るまでの間、マイクロバスに住むジュンの仔猫たちの世話をする。それを知ったチョーサンはバスを森の中に隠してしまった。メグはチョーサンをやっつけて迎えに行くが、バスは誰かに持ち去られた後だった。ジュンは病院を抜け出し、傷ついた身体で仔猫の元へ行こうとする。その姿に母の愛を感じたメグは、ジュンと共に仔猫を探すのだが…。

深夜、謎の猛犬に襲われる事件が多発していた。現場にはセントバーナードの毛が残されており、ゴンベエは犯人と疑われてしまう。メグはゴンベエの名誉を守るべくパトロールに出かけるが、猛犬を発見できなかった。しかしある日、フルフルがゴンベエをおびき出している夜に猛犬が現れ、商店を襲い町を荒らし回る。翌日神崎家に抗議が殺到、ゴンベエを引き渡せという警察の要求に、無実を信じるアポはゴンベエを連れて逃げるのだが…。

メグのクラスにユリという美少女が転校してきた。しおれた花を甦らせるユリを、魔女ではないかと疑うノン。その後ユリはメグのパパからデザイナーのモデルになるよう頼まれた。チョーサンはそれを知ってショーに潜りこみ、彼女の首に花びらのアザがあることを確認する。なんとユリは花の妖精で、魔界を脱走したため指名手配中だったのだ。だがそこへサターンが現れ「魔界へ連れ戻されたくないならメグとノンを殺せ」とユリを脅す…。

女王様から子供の日のプレゼントに一つだけ願いを叶えてやると言われたメグ。ただし期限は5日の夕方まで。一方フルフルたちに鯉のぼりをねだられたチョーサンは、神崎家の鯉のぼりを盗み出す。メグは鯉のぼりを取り戻すが、途中で金魚売りの車を壊し、金魚売りの息子：さん太に怪我をさせてしまった。鯉のぼりが原因でさん太を傷つけたこと、おまけに女王様への願い事が決まらず悩んだメグは町へ出る。だがそこでさん太と再会し…。

ある雨の日、ゴンベエは傘を持ってアポの帰りを待っていた。一方ずぶ濡れになったラビは、ゴンベエが自分の命令を聞かないことに腹を立て、自分のいたずらをすべてゴンベエのせいにしてしまった。怒ったパパは罰としてゴンベエを鎖で繋いでしまう。それを知ったチョーサンは今こそ仕返しのチャンスと、なんとゴンベエを麻酔で眠らせ老夫婦に売り払ってしまった！翌日、行方不明のゴンベエに神崎家は大騒ぎ。責任を感じたラビは…。

降り続く雨のせいでメグとラビは毎日家でケンカばかり。そこでパパは次の日曜が晴れたらピクニックに行こうと提案する。天気になるお祈りをしようと教会へ立ち寄るラビ。だがそこには雨が降るようにと祈る少女がいた。雨がふれば1年ぶりに両親に会えるという少女の事情を聞き、ラビは複雑な気持ちになる。一方メグは、エミからラビが独り言をいいながら歩いていたと聞き、マミはラビが死霊に取り付かれているのではないかと疑う。

パパの会社が招いたアラスカ大サーカス。切符は完売したのになぜかお客が全然来ない。メグはパパを助けようと魔法を使って会場を満員にする。そこへ大富豪の息子：たか丸が現れた。彼は人間恐怖症で100人以上の人間を見ると倒れてしまうため、なんと切符を全部買い占めたのだ。大勢の観客に気絶するたか丸。意識が戻ると、今度はメグをお嫁さんに欲しいと言い出した。驚くメグだが爺やから頼まれ、しぶしぶ誘いを受ける事に…。

雨の中で遊んでいたラビとアポは傘職人：ツユスキーと友達になる。実はツユスキーは魔界一の怠け者で、女王の命令により町中の傘をすべて直しにきたのだ。傘の修理にいそしむ彼だが、雨男のため雨が降り続き、町にがけ崩れや洪水の危険が発生する。おまけにチョーサンが傘をたくさん彼の元に集めたので、帰るに帰れなくなってしまう。そんなある日、川へ遊びに行ったラビとアポは、大雨で増水した川の中州に取り残されてしまった！

町中に現れた「魔女の国行き」のバス停。ラビ達からその話を聞いたメグは驚き、ノンと共に犯人を捕まえることにした。深夜バス停に到着した車をノンのバイクで一緒に追いかけると、向かった先はなんと遊園地。実はパパが宣伝用に考えたアトラクションだったのだ。しかしこのままでは魔女の国をお金もうけに利用したパパは呪われてしまう。メグはパパに中止するよう頼むが聞いてもらえない。怒ったノンは魔法で遊園地を壊し始めた！

魔界からマミの元にブルーレターが届く。七夕の日に人間界にいる魔女をテストするというのだ。失格すればマミは魔界へ帰らなければならない。自信がないマミのために、メグは秘密の部屋で特訓をはじめる。だがそれをラビの友達：勇太に見られてしまった！死んだ母親が星になると信じる勇太は、星が見える神崎邸から母の星を捜していたのだ。メグは魔法で秘密の部屋を隠すが、勇太は自分がノイローゼになったと勘違いしてしまい…。

大好きなあゆみの前でカナヅチであることをバラされ、すっかり落ち込むラビ。しかしその後偶然川で溺れかけた少女を助けて新聞で取り上げられたため、今度はあゆみにプールで模範演技をして欲しいと頼まれてしまった。ラビは泳げるように特訓するが失敗ばかり、見かねたメグは履いた者の体が自然に浮く魔法の水着をプレゼントする。当日、水着のおかげで快調に泳ぐラビだが、実はチョーサンがその水着にイタズラを仕込んでいた。

アポの友達で電車マニアのテツオは、おじいさんがチンチン電車の運転手をしているのが自慢だった。パパから聞いてチンチン電車に興味を持ったメグは交通博物館へでかける。そこでお世話になった係員が、テツオのおじいさんだったのだ。おじいさんは引越しを嫌がるテツオを喜ばそうとウソをついていたらしい。テツオのためにメグは魔法で電車を走らせようとするが、大勢の前で魔法を使うのは危険だとマミやノンに強く反対される。

メグが早朝みかけた新聞配達の少年。なんと夢の中に出てきた王子様そっくり！しかし肝心の朝刊が届いていないので、少年のことが気になるメグは翌朝の配達を見張る。驚いたことに彼は新聞を抜き取っていたのだ。問い詰めるメグに少年：太郎は「不幸な記事はみんなに見せたくない」という。一方、新聞屋に雇われたチョーサンも太郎を追い詰めるが、太郎は光を見たとたんに姿を消してしまった。メグは太郎の正体を探ろうとするが…？

楽器店からギターを盗もうとした少年：マサオが逃亡していた。警察犬に捕まえられてしまうが、現場を通りかかったノンは彼を助け、自分の部屋に匿う。翌日欠席したノンを見舞いに行ったメグは、ノンが人間のマサオを看病する姿に驚く。それを知ったチョーサンは警察に密告、だがすでにマサオは部屋にいなかった。事情を調べたメグはマサオが心臓病の手術を怖がる妹にギターを弾く約束をしていたことを知り、力になりたいと思うのだが…。

高原へ旅行に出かけた神崎一家だが、その時撮った全ての写真にあかんべぇをする見知らぬ少年が写っていた。ノンも札幌で同様の被害に遭ったらしく、メグは少年が魔界の人間ではないかと疑う。その時少年からメグに電話が！「早く自分を捜さないとメグとノンが魔女だとばらす」という。メグとノンは手がかりの風車をたよりに、風車売りのおばさんの息子：太平だということまでは突き止めた。はたしてこの少年は、魔界の使者なのか？

大松先生の代わりだと現れた女教師。その正体は魔界の凶悪脱獄犯の魔女：ジロンだった。女王候補であるメグとノンを狙うジロン。一方メグは片目のグレートデンに襲われ、ゴンベエの活躍で難を逃れる。ジロンはその噂を聞いて顔色を変えた。その犬は魔界の警備犬：シグマで、女王の命を受け脱走したジロンを追ってきたのだ。シグマから話を聞いたメグはシグマに協力する。ジロンは正体を現し、強大な魔力でメグたちに襲い掛かる！

パパの会社で世界中の凧の空中展示会を催すことになった。メグ達も凧を作って参加しようとしたがクローによって壊されてしまう。そこへ吾助爺さんが現れ凧を直してくれた。お爺さんの家に招かれたメグは大凧を見つけ、この凧を展示会であげようとする。しかしまたもチョーサンに邪魔され、大凧はボロボロにされてしまった。お爺さんは倒れて気力を失ってしまう。お爺さんを元気づけようと、メグは再び大凧をあげることに挑戦する。

9月だというのにメグの町に雪が降ってきた。メグとノンを殺そうとサターンが最後の攻撃をしかけてきたのだ。サムサに命じて大雪を降らせ「すべて魔女のせいだ」とチョーサンが触れ回ることで人々に不安を植え付ける。マミがサムサを撃退するが、今度はジョーカーが人々に憑依、町は大混乱に陥る。メグはアポを救うため、ついにみんなの前で魔法を使ってしまった。正体がばれて大ショックのメグの前に、サターンが立ちふさがる！

女王の命令で修業を終え、ついに魔界に帰ることになったメグとノン。メグは神崎家を離れたくはなかった。だがマミは「修業が終わったらもう他人だ」とメグを突き放し部屋を片付け、パパたちからメグの記憶を消してしまう。しかしアポはメグの記憶を取り戻し、雨の中捜しに出て高熱を出してしまった。メグはチョーサンからメグを呼び続けるアポの話を聞き、下界へ戻る決心をする。その行く手を阻むノン。二人の決戦が始まった！