謎の球体「ネフィア」が攻撃を仕掛けてきた。スーパーGUTSは直ちに出動し、球体が変身した怪獣に挑むが苦戦。その時、アスカ隊員の体が眩い光に包まれ…。

火星でのウルトラマンダイナと怪獣との戦いは、ダイナの勝利に終わった。だが、アスカは突然授けられた未知の力の大きさに思い悩む。

自分の力を過信するアスカは、地球に落下した隕石から出現した小型怪獣を、命令を無視して攻撃してしまう。攻撃は怪獣に有効打を与えたかに見えたが…。

地底に都市を築くジオフロント工事現場周辺で、不気味な地震が幾度も観測された。スーパーGUTSは地底を移動する生物の存在を確認。調査のために工事用機械を停止させる。

アスカの友人で、大リーガーのヒムロが帰国した。久しぶりの再会を果たす二人だが、ヒムロは試合中のアクシデントにたてなくなり、引退を考えていた。

巨大なキノコ状の怪獣が現れ、人類抹殺を宣告した。スーパーGUTSが思う様な迎撃態勢が取れない中、アスカは怪獣の人間体に味方になるよう要求されていた。

少女がカプセルに入った可愛い生物を拾ったが、それはダイス星人によって封じられた残虐な怪獣ギャビッシュだった。怪獣は少女を人質に取り、大暴れを始める。

ふるべ村では村人が突然気を失うという現象が多発していた。原因は、隕石とともにやってきた怪獣バオーン。その鳴き声を聞いた者はあっという間に眠りに落ちてしまうが…。

スーパーGUTSは、怪獣ギアクーダをウルトラマンダイナとの連携により倒す。しかし、砕け散ったはずの怪獣の細胞一つ一つが強靭な生命力で再び動き始めた！

アンデス上空に怪獣が出現。地上絵を残したゼネキンダール人が再び甦ったのだと語るアカヅキ博士の言動に不審を抱いたカリヤ隊員は、アキヅキ邸に潜入する。

調査に向かった遊星で、アスカたちは人口の洞窟を発見。その奥底で静かに眠る怪獣を発見する。やがて、遊星の自然がホログラフィーであることを知るが…。

スーパーGUTSに「マチヲイタダク」という怪文書が舞い込み、三つの街が姿を消す。アスカたちは大怪盗ヒマラを追ううちに、異次元に閉じ込められてしまう。

タケシ少年は怪獣を組み立てる宇宙人を目撃。アスカたちは調査するが、そこはただの玩具工場だった。タケシは証拠を掴もうと工場に潜入する。

月で発見された太古の遺跡の調査から戻ったカリヤの様子がおかしい。彼の体には、かつて月に栄えた超文明を滅ぼした恐怖の悪魔・イシリスが寄生していた。

墜落したUFOから収容されたクレア星人・シオン。隊員たちが彼に不信を抱く中、マイだけは彼を信じ、心を通わせていく。だが、シオンは遂に本性を現す。

オオトモ博士がハネジローと共に失踪。博士が消息を絶った海域に向かったアスカらは、地図に載っていない島を発見し、二大怪獣の激闘を目撃する。

宇宙船の通過した街がゴーストタウン化してしまう事件が発生。宇宙船からの光線で人々の魂が吸い取られてしまったのだ。そして、リョウが光線を浴びてしまう。

謎の失踪事件を調査するスーパーGUTSは、消えた人たちの中に同じ女子高の生徒がいた事に注目する。リョウは少女たちが通っていた学校へ調査に向かう。

中国の発電所を次々と襲い、日本に向かう何か。それは今も恋人タクマを想うシンジョウ・マユミの夢の中に出てくる怪鳥と同じ姿をしていた。

一人の少年に転機が訪れようとしていた。少年は、母親から自分がラセスタ星人であること、そして消滅した母親に代わり新天地を探す旅に出る使命がある事を知らされる。

TPC本部を襲った酷暑、それは本部の地下に体温が2千5百度を超す怪獣ソドムが取り付いたためだった。隊員たちは怪獣を地上に追い出し、冷却して襲撃する作戦を遂行する。

工事現場から発見された青銅鏡、それは伝説のツクヨの兵士のものだった。護り神モズイの謎を解くため、青銅鏡はリョウの親友の綾野博士に委ねられる。

海洋開発センター・トライトンJ2が怪獣に襲撃された。直ちに現場に急行したアスカとコウダだったが、行く手を遮るように黒い影が現れた。

久々の休暇で訪れた湖で、ナカジマはマリモによく似た物体と、魚の大量死に遭遇する。直ちにTPC生物工学班の調査が始まるが…。

南極の気温が不自然に上昇し、スーパーGUTSが移動要塞グラーコフで現地へ。マイらが調査に出た矢先、クラーコフのコンピューターが何者かに乗っ取られる。

ウルトラマンダイナが怪獣に氷漬けにされてしまった。その間にも謎の生命体スヒュームによってコントロールを失った人工太陽試験機は地球へ落下し続けていた。

アスカが異星人の襲撃を受けた。警戒を強めるスーパーGUTSだが、何事も起こらず1週間が過ぎる。そんなある日、アスカがあることに気づき調査に向かうが…。

西アジアで太古に棲息していた巨大猿人の末裔たちが発見された。この地で資源発掘を行うチームは、作業の障害となる猿人の抹殺を強行しようとする。

月面基地ガロワへ出向を命ぜられたアスカは、父・カズマが行方不明となった原因でもあるゼロドライブ計画のテスト・パイロットに任じられる。

母星へ帰る手段をなくしたミジー星人は安アパートに姿を潜めていた。そんなある日、隣室の脚本家・三上の没原稿「地球無条件降伏」を見つけ…。

R2地区に突如4本の巨大な柱がワープアウト、直後にモンスアーガーが出現。変身しようとしたアスカだが、黒服の男がダイナそっくりの巨人に姿を変える。

ラブモスの通称で親しまれていた探査ロボット・TM−39が原因不明の行動を起こし、施設を破壊。信じられないマイは、必死にラブモスにアクセスするが…。

スーパーGUTSの戦力増強に批判的な新聞記者ハスミはソノカという少女から、宇宙人に人格を変えられてしまった仲間を調べて欲しいと依頼される。

ヒビキ隊長が出向いていた宇宙発電所が怪獣に急襲された。地球の電気エネルギーを求めTPC本部に迫る怪獣に対し、コウダは重大な決断を迫られる。

冥王星表面に浮かぶ氷山ミススマイル。その映像はTPCの新技術・コスモネットによって鮮明に映し出されていたが、映像を送っていた宇宙船が何者かに襲われてしまう。

人類に恐怖の警告を送ったのはスフィアだった。怪獣ジオモスと化して地球に侵入したスフィアは大阪を大パニックに陥れた。怪獣は脱皮して更に凶暴化する。

捨てられたゴミが街のあちこちで結合する怪事件が発生。それは次第に一つに結集し、複雑に組み合わさりながら巨大化していく。だがTPCは、ただのゴミと判断し静観に至る。

天才と称された劇作家、鳴海の残した「怪獣戯曲」。そこに記された通り、彼が錬金術を駆使して生み出した怪獣ブンダーが出現した。

オオトモ博士の助手・ヤマザキがエボリュウ細胞を盗み出し失踪した。スーパーGUTSは特殊部隊「ブラックバスター」とともにヤマザキの跡を追う。

宇宙人の集会が行われているとの知らせを受け、調査に赴いたナカジマは伝説の「ジャギラの樹」にゴッドジャギラを生み出すための秘密が隠されていた事を知る。

宇宙ステーションで生まれ育った第一世代の子供たちがガセル号で初めての地球へと向かっていた。それに目を付けた宇宙昆虫ダイオリウスが卵を産みつけようと襲いかかる。

新兵器のサンプルが完成し、その受領の任務に就く事になったアスカとマイ。しかし、地球人の武力増強を快く思わない宇宙人・レギュランが…。

霧聞岳にマグマが集結し、火山活動が活発化。ヒビキ隊長は、その知らせに心穏やかではなかった。霧聞岳には自分を励ましてくれた少女がいたからなのだが…。

金星の環境改善を目的とした人工バクテリア培養器からの定期連絡が途絶えたとの報を受け、スーパーGUTSはクラーコフで現地へ。そこに、高速で移動する生物が出現する。

TPC施設を急襲する宇宙超獣トロンガー。その姿を見た瞬間、ミヤタ参謀は取り憑かれたかの如くスーパーGUTSに執拗な接近戦を命じた。

長野県松本市に謎の隕石が落下する。以来、松本市一帯では、これまでTPCが戦った怪人・宇宙人たちが続々と目撃される様になった。その報に出動するスーパーGUTSだが…。

怪電波の発信源調査から帰還したコウダ、カリヤの二人が、突如としてTPCのメインシステムを破壊した。そこにはファビラス星人のある目論見が…。

突如地底から出現し、暴れだしたモゲドンを見て、さえないサラリーマン・ムサシは驚愕。地球を破壊するほどの爆弾を怪獣が呑み込んでいる事を見抜いたからだ。

火星上に繰り広げられるネオダランビアとダイナの激闘。一方その戦いを追跡記録する者たちがいた。8年前に封印された「F計画」をゴンドウ参謀が発動させたのだ。

グランスフィアは、太陽系の惑星を吸収しながら地球への侵攻を開始する。その頃、先の戦いで負傷したアスカは、元GUTSのダイゴに介抱されていた。

強力なバリアを展開するグランスファイアには最終兵器「ネオマキシマ砲」でも全く太刀打ち出来ない。だが、ダイナはバリアの盲点に気付き打開策を提案する。