日本橋学園に通う月島唯は落語の好きな女の子。

高校を卒業したら、桂歌丸師匠の所に入門したいと思っている。

目標に邁進する唯をうらやましく思う飛鳥山雅と誰からも愛される唯を嫌う谷中妙。

一方、幕末の江戸では小塚原右京に召還された妖魔が暴れていた。

右京の目的は不安と混乱を巻き起こし、江戸に張られた結界をなくすことにあった。

妖魔との戦いで江戸を守る６人の天女たちは次々と倒されていく。

彼女たちを育て上げた三遊亭圓朝はその姿に呆然とする。

その夜、傷つき戦えなくなった天女たちの身体から、天女の力を司る宝珠が抜け出していった。

時空を越えて現代にやって来た宝珠は、小石川鈴と内藤晶を…。

幕末の江戸にやって来た小石川鈴と内藤晶。

意気消沈すると思いきや、嬉々として活動を始める。

ふたりは江戸が大好きな江戸オタクなのだ。

そして現代。月島唯は学園祭で、飛鳥山雅の手配した

「全国の笑わない人５０人」を相手に落語を演じ、悪戦苦闘する。

そこへ現れたのは…。

江戸にやって来た月島唯たちは、その服装から江戸の役人に追いかけられる。

既に江戸にやって来ていた小石川鈴と内藤晶は、質屋の蔵で、平賀源内の巨大なからくりを発見する。

折しも小塚原右京が召還した妖魔・相馬の古内裏が江戸の町を破壊していた。

天女たちを失った三遊亭圓朝は単身、古内裏に戦いを挑むが…。

圓朝の屋敷に住むことになった唯たち。圓朝は、唯たちが宝珠に見出さされた天女であることを告げる。言霊を使って戦う言霊天女（通称・落語天女）、曲芸を使って戦 う神楽天女、からくりを使って戦う機巧天女、作戦指揮をする計略天女、剣を使って 戦う剣客天女、唯たちは宝珠によりそれらの天女の力を与えられたのだ。

しかし、力 を発揮するには天女への覚醒が必要だった。

折しも妖怪・牡丹灯籠が襲って来る。圓朝の屋敷は火に包まれ、病気で伏せていた 谷 中妙が逃げ遅れた。

「みんなを守れる力がほしい」

妙を助けるため、宝珠に呼びかけた唯は遂に……！

圓朝の屋敷が焼け、長屋で暮らすことになった唯たち。そんな長屋での生活が、生活能力ゼロのお嬢様・飛鳥山雅には我慢することが出来ない。ライバルである唯がテキパキと家事をこなし、長屋の人気者になっているのも気にくわない。

　 そんな雅に目をつけた妖怪・化け物使いは「あなたは他の人間と違うのです」と雅を巧みに誘い、意のままに操ろうと術をかけてしまう。

旧暦の正月。 今、唯たちの最大の関心は、晶と源内、狸のポン太と鈴の二組のカップルの恋の行方だ。

晶と鈴はほとんど意識していないが、源内とポン太は真剣なのだ。

そこへ京から妖怪・抜け雀、あたま山、たがやが江戸にやって来る。

既に京では右京の兄、小塚原左京が町を制圧していた。

左京は右京の江戸攻略を助けるために、３人の妖怪を派遣したのだ。

妖怪たちは初詣に出掛けた晶と鈴を術にかける。

源内とポン太は、好きな人を助けるために奮闘する！

千石涼に妖怪・たがやが戦いを挑んで来た。

３体に分身するたがやの攻撃に苦戦する涼。

そんな涼を救ったのは、新選組の土方歳三だった。

土方は、自分の剣に頼りすぎる涼に「剣に頼るな」とアドバイスする。

たがやは再び涼に戦いを挑んで来た。

たがやの持つ神刀・兼定を涼の血で染め上げ、妖刀に変えるためだ。

決闘の場は高田馬場。唯たちに黙って決闘の場におもむく涼。

苦しい戦いの中、涼は土方の教えを思い出し、活路を見い出した！

吉原を訪れていた黒船の艦長が花魁妖怪に血を吸われ、取り込まれた。

黒船で江戸の町が砲撃される。唯たちは砲撃を阻止するために江戸湾の黒船に向かうが、強大な妖魔・海坊主が立ち塞がる。

　一方、内藤晶は、攻撃力を強化した源内のからくり・改(仮）で海坊主と戦っていた。

このからくりは晶と源内とで作り上げたものだったが、天女として覚醒していない晶には大きな負担をかけるものだった。

戦いの中で消耗して倒れる晶。

生死の間をさまよう晶を救うため、源内は必死に想い叫ぶ！そして晶は…。

京・大坂より小塚原左京の率いる妖魔軍が迫っていた。

妖魔軍を江戸に入れるためには江戸の結界をなくすしかない。

江戸の結界は、目黒・目白・目赤・目青・目黄の五不動の力によって張られている。

左京は谷中妙に目をつける。

妙は天女としていまだ覚醒していないが、目黄不動の力を使える資格者だ。

妙を邪に取り込めば、五不動のバランスが崩れ結界が消滅する。

妙を取り込む方法は呪法・黒衣の花嫁。

邪なる者と婚姻を結ぶことにより、人を邪に変える呪法だ。妙は捕らえられ、

妙と左京の弟・右京との婚礼が行われようとしていた。唯たちは妙救出に向かうが。

妙は邪に取り込まれ、江戸の結界が消滅した。

妖魔軍は江戸に侵攻し、幕府軍・官軍が迎え撃つ。

小塚原左京は、戦況を有利に導くため、右京と妙の身体を使い、いにしえの妖魔・暗黒龍を復活させる。

暗黒龍の中にかすかな妙の意思を感じ取った唯たちは、妙救出に向かう。

妙を救出できれば結界をもとに戻すことも出来るのだ。

しかし、暗黒龍の圧倒的な力に天女たちは次々と倒されていく…。

妙が覚醒し、江戸の結界は元に戻った。

苦境に立たされた左京は、唯に最後の戦いを挑む。

感情の起伏が激しい唯の心を怒りで満たし、唯を邪に取り込もうというのだ。

唯を邪に取り込めば、再び結界をなくすことが出来る。

左京は唯と圓朝を戦いの場である妖魔の城・計都城に招待する。

左京が圓朝を戦いの場に呼んだのには、何か理由がありそうだった。

一方、圓朝も神楽天女に覚醒した妙を城に潜入させる。

地下の闘技場で唯と圓朝、左京の戦いが始まった！

小塚原左京の圧倒的な邪の力によって、天女たちの命の火は次々に消され、圓朝、そして唯までもが倒れてしまう。

絶望的な状況のなか、唯はもう一度立ち上がり…。