空賊團紅山貓的少年庫,有一天遇到了被封印的美少女--蕾。對別人無法敞開心扉的蕾，其實就是是傳說中的種族武器一族。蕾告訴庫，她想去傳說中的武器一族花園--也就是艾迪魯花園。

和蕾同契之後擁有強大武器的庫，利用這種力量成功的從敵人手中逃脫。但是敵人數量越來越多，漸漸的招架不住了。於是庫駕駛著小飛艇帶著蕾，在激烈的空戰中成功的逃了出來。但是，這時候紅山貓的空賊艇卻因為受創而墜落了。庫乘坐的飛艇在森林裡著陸。在森林裡，庫向想去艾迪魯花園的蕾保證，一定要將她護送到艾迪魯花園。在這兩人面前，有一群像蒼蠅的傢伙纏著他們，追著他們要保護蕾。強調著想要保護蕾的希絲卡決定和庫一同前進。

因為蕾從寢室突然消失，讓庫一行人不知所措。根據希絲卡墜落的飛艇，聞風而來的敵人將蕾成功的從庫的身邊奪走。運送蕾到達的地方是這個村子的支配者，這一切的幕後操縱者--比總的手中。當知道比總的城堡所在地之後的庫，為了救出蕾，決定隻身前往。庫能平安無事的救出蕾嗎?比總的城堡裡又會有什麼樣的事情發生呢…

看到蕾與比總結下盟約，庫感到非常的苦痛。但這卻是蕾經過深思熟慮之後的作戰計畫。然而這一切都是徒勞，但是蕾為了能讓希絲卡和酷從比總的手中逃脫，仍然不斷的堅持著。在明白了蕾的作戰計畫之後,心痛不已的酷，即使天使翼的人出現在眼前，也無法和蕾結下盟約。

不斷旅行的庫這5個人。在分岔口，奇雅與龍威這兩人走了和庫他們不同的道路。而在此時，庫他們遇到了強盜,卻在這群強盜中遇到了曾經的朋友。庫聽到蕾被說成是非常不錯的武器,是個極佳的道具。這些言語讓庫無比的憤怒，但是這群想要奪取蕾的強盜被希絲卡用體術擊退了。為了保護蕾不受傷害和為了實現對她的承諾，因此而想接受特訓的庫,希絲卡看到這一切,想起了過往。

酷一行人在一個城裡住了下來。然後，庫開始了接受希絲卡的特訓課程。奇雅微笑著看著為了蕾而變強的庫。而一心想要學習如何正確使用和蕾同契後的力量，庫向武器種族的使用者－龍威和奇雅請教。一直以來庫都認為只需要他一個人強大就好，而然蕾卻告訴他讓我們兩個人一起變強大吧。此後，奇雅告訴庫，和武器種族同契這種事。就像戀愛一樣，要明白對方真正的心意。

在庫一行人開始旅行之前，空賊團的飛艇就已經墜落了。為了能使用飛艇將蕾送到「艾迪魯庭園」的庫，開始迅速的修理起飛船來。並且為了能接續伴隨著蕾到“艾迪魯庭園”，庫非常努力認真的修理著，另一方面，一心想幫忙的龍威，看見庫如此努力的讓自己變得強大，感覺到了自己在無法取捨之間的弱小心。

庫他們一行人遇到一個叫做瑟蕾塔的女孩。她說她在艾迪魯庭園裡曾受到天使護衛隊的保護。然後現在為了見到與他結盟的男人，從akueiro城市跑了出來。看到充滿期望的從akueiro逃出來的瑟蕾塔、希絲卡、龍威和奇雅不由的驚呆了。而就在此時，瑟蕾塔所追隨的男人出現在了庫一行人的面前。

庫一行人來到港鎮，為了獲得旅行的費用而不得不去打工。想當女服務生的蕾，在這個時候遇見了一個叫莉莉亞的武器種族少女。但是，想幫李莉聯絡清比拉的庫，卻被莉莉亞的姊姊--拉薩汀誤會並被打倒在地。從莉莉亞身邊離開!大聲喊叫著的拉薩汀，是如此一心的想要保護著妹妹－莉莉亞。

面對被歹徒欲將其劫走的莉莉婭庫當然不能坐視不管。一方面，在競技場裡為了得到賞金的拉薩汀也在奮鬥的搏鬥著。為了還錢，也為了勝利之後的自由,拉薩汀決定做最後的賭博.而此時,為了籌集旅行資金的庫也來到了賭博想和對手叫做青比拉的比賽。然而，庫拒絕了將蕾做為武器出賽。看著身邊的蕾，庫下定決心走向了競技場。

庫和拉薩汀的戰鬥已經拉開序幕。沒有武器一族做為武器使用的拉薩蒂，只能憑藉身體發出猛烈攻擊。庫成為了守方，蕾使用風將庫包圍著，成為一個充滿力量刀槍不入的身體，與拉薩汀的攻擊抵抗著。參加了幾場戰鬥而身心竭力的拉薩汀，最後被庫發出的一擊擊倒。但是，拉薩蒂不願服輸，注入所剩的少量的鬥氣做出最後的攻擊。

在競技場裡，由西思伽率領的天使護衛隊將地下賭博場的相關人員一網打盡。雖然有天使護衛隊的保護，但因為勢單力薄，希絲卡一方出現了危機。就在這時候，位於艾迪魯庭院的精銳部隊衝進了賭博場，將混亂的場面鎮壓住。為了還債，和嚮往自由的拉薩汀和莉莉亞兩姊妹，接受了天使護衛隊的保護，其中還包括了庫和蕾。

沉睡過後醒來的蕾，發現自己到了一個完全陌生的地方。並且被告知，所在的地方就是被稱為艾迪魯庭院的地方。另一方面，和天使護衛隊一同到達的庫，對這個陌生的地方充滿了好奇。可是武器種族身分的關係，庫一直無法見到蕾。沒有蕾在身邊，讓庫覺得非常的苦悶。而且，當蕾知道艾迪魯庭院將她於庫分開之後，執意決定跟隨庫而去。

蕾朝著艾迪爾庭院前進，庫也獨自追趕著她。而擔心這兩人的希絲卡與龍威也請了假，離開了守護翼。與此同時，艾迪爾雷德獵人沃爾克斯接受了以蕾為獵物的委託。沃爾克斯在喃喃自語「守護翼和獵人一樣」的同時追逐著蕾，途中偶遇庫，於是與奇露爾進行聯動並發動了攻擊……

一個人繼續旅行的蕾，來到了一個有著巨大風車的村莊。在這個村裡蕾遇到了能夠讓被無賴破壞而無法運轉的風車繼續開始運轉的少年-永禁。在這個有著強烈意念的少年永禁的身上，蕾看到了庫的影子。再次確定了庫對自己來說是很重要的。另一方面，西思伽一行人在某個小鎮見到了保護官前輩-桑武爾多。知道了關於迷一樣的組織－混沌聖歌的事情。

為了來到艾迪爾庭院所在的沃爾西奧涅大陸，庫一行人乘坐了往返大陸間的客船。然而在該船舉行的宴會中，庫遭到狙擊而失去了意識。為了防範可能再次但不知何時發起攻擊的敵人，希絲卡提高了警惕。在此時，她在某處聽到了某種歌聲。而醒來的庫，對睡在床上的蕾發動了攻擊。

下船後的庫等人面前，出現了一位帶著眼鏡的少女菲洛。被自稱為擁躉的她拖住的庫等人，在將其送回村子的途中，經過了可以看到艾迪魯庭院的山丘。然而瑪爾出現將蕾擄為為人質、進攻庫等人。結果庫與菲洛竟然同契了。

依靠酷和菲洛，蕾暫時得救了。但希絲卡發現，菲洛並不是聖戰天使，而是將人工核石植入女性體內所製造出來的聖戰人使，也就是人造聖戰天使（即 殘翼天使）。菲洛也在此時露出了他的真面目:混沌聖歌派來離間酷和蕾並殺掉酷的聖戰人使!可是希絲卡一行人一無所知，被引到了怪獸的棲息地。

本應以混沌聖歌的間諜身份接近酷等人的菲蘿，卻在朝夕相處之後真的喜歡上了酷。被希絲卡等人接納為同伴的她，覺得這裡就是她的容身之處，因而在情感及任務之間煩惱著。對於這樣的菲洛，蕾感覺自己坐立不安。因為某些原因一起玩水的眾人，此時開始正視自己的想法。

使是混沌之禮讚歌的間諜，卻對酷抱持愛意的菲洛，接到了一個新的任務。那就是除掉蕾的使用者酷。身為在臥魯西歐奈大陸只會被當成道具的聖戰人使，一直想成為聖戰天使的菲洛，知道完成這個任務可以成為聖戰天使之後不禁煩惱。之後她為了殺掉酷，將他推進了怪物的巢穴。

眾人再度朝著艾迪魯庭園前進，然而他們的心中充滿了悲傷。而在混沌聖歌這邊，三位聖戰天使開始策劃新的陰謀。由於有人在夢中呼喚自己，使得蕾不斷痛苦地喘氣。為了讓這樣的她能夠休息，酷等人抵達了菲洛所住的村莊。另外天使守護隊也開始憂慮七煌寶樹與艾迪魯庭園之間的關係。

混沌聖歌的歐法斯、吉堤兒以及安潔娜現身要奪走蕾，酷也因此受傷倒下。雖然天使守護隊的飛空艇前來支援，歐法斯等人卻把天使守護隊的飛空艇也打落下來，之後為了重整態勢而撤退。為了治療酷，希絲卡等人與天使守護隊的部隊會合，並且從沙威魯多那裡得知了古代關於聖戰天使的傳說。

庫等人各自胸懷決心，朝著艾迪魯庭園前進，尤其庫更是想要履行帶蕾一起前往艾迪魯庭園的約定。然而在他們的眼前，天使守護隊與混沌聖歌展開了戰鬥。雖然在戰鬥中與拉撒汀等人重逢，但看到受傷的人們，蕾無法壓抑心中的痛苦。此時歐法斯再度出現在蕾的面前。

為了讓戰爭結束，蕾來到了艾迪魯庭園，並且遇見聖戰天使的女王伊芙。另一方面，在同伴的支持下尋找蕾的庫，也總算是來到了艾迪魯庭園。看到渺無人煙，就像是廢墟一樣寂靜的街道，庫感受到了聖戰天使們的寂寞。 （同時也感受到聖戰天使們與人類無異的生活）

即使面對衝擊的事實，坐在後座的蕾依舊接受了女王即位的儀式。在眾人的呼喚聲中，蕾是否能夠恢復自我？然而在這個時候，混沌聖歌的三幹部終於亮出最後的王牌！

為了創造新世界的混沌聖歌，以及為了拯救現有的世界，而打算將蕾再度封印的天使守護隊。無視於雙方的獨斷獨行，庫的真誠終於引發奇蹟。