300年の時を超え、二代目柳生十兵衛の名を不本意ながらも継がされた女子中学生・菜ノ花自由。件の事件からしばらく後。平和な毎日を送っていた自由の前に、例の眼帯を持った少年が現れる。脱兎のごとく遁走し、学校へたどり着いた自由を待っていたのは、ロシア生まれの超美少女転校生・柳生フリーシャだった。

十兵衛の前に現れた謎の女剣士。その凄まじい剣技に十兵衛は追い詰められ、変身を解かれて意識を失う。次に自由が目を覚ますと、そこは自室のベッドの上だった。傍らには心配そうなフリーシャ。何だかよくわからないうちに菜ノ花家に居候を決め込んでしまったフリーシャだが、その瞳には冷徹な暗い炎が宿っていた。

番太郎と四郎からイケてるあんみつ屋に誘われた自由とフリーシャは、意気揚々と店へ向かう。そこに現れたのはシベリア柳生の喜多歩郎。自由の言葉に耳を貸さず、刀を振りかぶる。その時、自由を十兵衛に変身させるべく、ラブリー眼帯を持って駆けつけた謎の少年。自由はまたもや理不尽な戦いに巻き込まれてしまうのか？

ラブリー眼帯を自ら投げ捨てた自由は意識を失ってしまう。何とか家に帰りついた自由たちだったが、御影は自由の前に新たな脅威が現れたことを感じていた。元気を取り戻した自由は、ふと鯉之介から貰った笛を吹き鳴らす。そこにやってきたのは、あの少年・鮎之介。遠い昔に忘れ去られた約束が、自由の運命にのしかかる…。

日曜日。自由は彩と御影、フリーシャと街に繰り出す。彩と御影と別れ、買い物を始める自由とフリーシャ。そこに突然シベリア柳生の連中が現れ、フリーシャをさらっていってしまう。本剣越城へと駆けつけたものの、柳生十兵衛と縁を切った（つもりの）自由は、シベリア柳生一族郎党に変身もせず立ち向かう！

自由VS喜多歩郎、崖上の決闘？に乱入した御影とホワイトタイガー仁衛門。自由に十兵衛に変身し、シベリア柳生を救ってくれと懇願するが、そこに現れたフリーシャは一同の眼前で例の女剣士に変身、ラブリー眼帯を奪い取らんと鮎之介に迫る。更にフリーシャ十兵衛は、十兵衛に変身する気のない自由にも勝負を迫って……。

フリーシャ十兵衛に破れ、傷ついた自由が菜ノ花家を空けて、一夜が過ぎた。自由を案じる同級生たちは、フリーシャに自由の安否を問い詰める。その頃、崖下の原生林で目を覚ました自由。手厚い看護を続けてくれた鮎之介に笑顔で応えた自由は、鯉之介・鮎之介親子をラブリー眼帯の重みから解き放とうと想いを固める。

フリーシャ十兵衛に破れた喜多歩郎は、ホワイトタイガー仁佐衛門の加護のもと、療養生活を送っていた。彼の脳裏に浮ぶのは300余年の昔のこと。柳生但馬之守の謀略によって壊滅した北柳生。シベリアへの逃亡を余儀なくされた時から、若き喜多の心には、強さへの渇望と江戸柳生への復讐の念が深く刻まれたのだった。

自由が戻ってきた。姿や物言いは同じでも、以前とどこか違う自由の異様な雰囲気を感じ取る周囲の人々。御影は、もはや後戻りできぬ運命に囚われた自由を、身命に代えて守り通すと誓って、どこかに連れ去る。一方、彩は御影の相方・天領から、自由を狙う敵が、柳生を名乗るフリーシャであることを知らされていた。

原生林の奥深く、自由と御影は古木と化した鮎之介と再会する。そこにやって来て、自由に「お前の一番やりたいと思っていることをやれ」と告げる彩。「私はずっと…この子を抱きしめたかった…」自由の頬をつたい、流れ落ちる涙。その雫が触れたとき、色褪せたラブリー眼帯が再び光を取り戻し始めた…！

月夜に閃く黒と白の影。鬱蒼たる森を舞台に、自由とフリーシャの激闘が続いていた。次第に自由に押され、焦燥を浮かべるフリーシャ。その前に現れたのは、自由の、そしてフリーシャにとってはニセのパパ・彩。「フリーシャ、君に“柳生新陰流・無刀取りの『心』” を授ける……」彩の唐突な芝居の意図は一体？

二代目柳生十兵衛の名を巡る因縁を超え、ついに心を通わせた自由とフリーシャ。安堵しかけた一同の眼前に現れたのは、300年前に海に消えたハズの喜多烈斎だった！柳生十兵衛への妄念を解き放つため、自由とフリーシャは再び眼帯を纏う。二代目柳生十兵衛・最後の闘いが今、始まる……！