Petopeto-san nous raconte l'histoire des tribulations de Hatoko Fujimura, une jeune fille très spéciale. Elle fait partie de la race des petopeto qui est l'une des différentes races qui entourent les humains. Si un être vivant entre en contact avec elle il se peut que, sans que hatoko le veuille, ils restent collés ensemble jusqu'à ce qu'ils s'endorment.

Petopeto-san nous plonge dans un monde ou les humains cohabitent autant que ferse peu avec différente race. En effet celles-ci sont souvent considérées comme des monstres par la majorité des personnes, mais elles arrivent néanmoins à s'intégrer à la société même si les mentalités de certaines personnes restent inchangées. Hatoko rentre donc pour la première fois au collège ou elle s'y fera plein d'amis de différentes races, notamment un certain garçon nommé Shingo un garçon normal qui va se révéler être la cible d'un tas de confusion.