ゾイドバトルにエントリーするため、何でも屋を兼業する「マッハストーム」。そこに所属する主人公RDは、中身が盗まれた宝石とは知らず、荷物の運搬を依頼される。その積荷を狙いライバルチーム「サベージハンマー」のブレードとバートンが襲ってくるが、撃退に成功。結果的に盗難事件も解決するのだった。

ゾイドバトルのトップチームが謎の合体ゾイド・キラースパイナーに敗れた。２体のゾイドが合体（ズィーユニゾン）する事で、そのパワーは何倍にもなるのだ。敵討ちを引き受けることになった「マッハストーム」。合体に対する対策を考えるが有効な手段が浮かばない。しかし、ゼロの頑張りによりキラースパイナーは合体のタイムリミットを迎え、バトルはからくも引き分けに終わる。

全てのゾイドに合体できる可能性がある事が判明し、色めき立つ「マッハストーム」。だが、RDだけはイマイチ合体に乗り気ではない。そこに野性ゾイド捕獲の依頼が舞い込むが、「サベージハンマー」の襲撃を受けてしまう。しかも、「サベージハンマー」はバスターイーグルを捕らえ、バーサークフューラーとの合体を成功させていた。ピンチに陥るRDだったが、それを救ったのはファイヤーフェニックスだった。

ゼロと合体できるゾイドはファイヤーフェニックスだと判断し、試行錯誤するRD。その最中に、「マッハストーム」は「サベージハンマー」からゾイドバトルの挑戦を受ける。「サベージハンマー」の罠から救ったことで心を開き、RDのピンチに駆けつけるファイヤーフェニックス。ゼロと合体しライガーゼロフェニックスとなり、バトルの勝利をつかむのだった。

ゾイドに乗ることを禁じられ、事務所を飛び出したRDはマットという少年と知り合う。意気投合する２人。だが、マットは自分の家の打ちこわしを阻止すべく、レオブレイズで単身乗り込んでしまう。待ち構えていた「サベージハンマー」と駆けつけたゼロとのバトルになるが・・・。

RDとシグマは　マスクマンの古馴染みハルドから護衛の依頼を引き受ける。しかし、２人の相性は最悪。しかも、護衛ルートは魔物の住む場所と呼ばれる危険地帯だった。ハルドの輸送するレアメタルを狙い、襲撃をかけてくる野盗のゾイド。それを率いるブラキオレックスとミサイルトータスの前に、RDとシグマは苦戦を強いられるのだが・・・。

ブルーシティで次々とゾイドが襲撃される事件が発生。その襲撃者は見えないゾイド・『伝説のゾイド』だという。真偽を確かめるためダンと共に調査に乗り出すRD。だが、その魔の手はシグマのボルドガルドにまで。再起不能にまでボルドガルドを痛めつけると、再び消え去る見えないゾイド。それを操縦するのはエミーの昔馴染みであるキッド。彼の目的は己の強さを示すことだった。RDは、敵を打つために治安局に協力し戦いを挑むが・・・。

セイバーファングホロックの前に破れるRD。治安局も姿の見えない相手に対処できない。そんな最中、エミーがキッドに試合を挑む。キッドの癖を知りぬいたエミーだったが、やはりホロテックには勝てない。助っ人のＲＤと共にピンチに陥るが・・・。

マットの乗るライガーゼロが暴走。それを停めたのはジーンというサーカス団員だった。治安局のチャオは彼に惹かれるが、その正体は戦闘用ゾイドを専門に扱う窃盗団の一員だった。ライガーゼロを狙い格納庫に忍び込む窃盗団。しかし、待ち構えていた治安局とゾイドでのバトルに。

マスクマンに恨みを持つ男・マービスが脱獄。マッハストームに挑戦状を送ってくる。彼は元マッハストームのメンバーだったのだ。過去の因縁を清算するため、マスクマンは挑戦を受けることを決意する。数の優劣とマービスの乗るシャドーフォックスの前に苦戦を強いられるマッハストームだが・・・。

テレビ局主催のバトルロイヤルに出場することとなるＲＤ。番組司会者のアイドル・リーリンのごり押しのためらしい。彼女は、バトルに勝てたら食事でも・・・、とRDに約束する。だが、その日はスイートの誕生日だった。そして、バトル開始。各都市の代表であるトップファイターたちは、連携してライガーゼロフェニックを狙ってくるが・・・。

マットにライセンステストへの挑戦を許可してしまったRD。その責任を取り、自分に勝てたらとマットに告げる。打倒ＲＤの方法を考え、悩むマット。そこに近づく三人の男たち。ワッツ、バルカン、ミゲール。しかし、彼らは「サベージハンマー」の新しいファイターたちだった。

マトリクスドラゴンに取り込まれてしまったレオブレイズを取り戻すため、RDはサベッジハンマーに乗り込む。結果、バトルで所有権の決着をつけることに。チーム同士の総力戦となる激しいバトルは、マトリクスドラゴンとバスターフュ―ラー、そしてライガーゼロフェニックスの三つ巴へと展開する。

伝説のゾイドと思しきゾイドを追い、探索に向かうRD。その行動は愛機を奪われ、復讐心に燃えるブレードも一緒だった。だが、群となった野生ゾイドに襲われ負傷するブレード。そこに現れたリュックは新型ゾイド＝ガイリュウキへブレードを乗せるのだった。その強力なパワーの前にライガーゼロフェニックスは危機へとおちいる｡

明るく振る舞うものの、ファイヤーフェニックスを失った悲しみから、立ち直りきれないRD。そこに開拓地を護衛して欲しいとの依頼が舞い込む。エヴォフライヤーとディスペロウという野良ゾイドに襲撃されているというのだ。だが、野良ゾイドと思われた二機の背後には怪しい組織の陰が･･･。単独行動をとったRDは、二機の前に苦戦を強いられる。

フェニックスを失ったことの痛手から、あてもなく荒野をさまよっていたRDは、不思議な少女・ルーミーと出会う。彼女に翻弄されながらも、ウルカの森へと導かれるRD。ダンとマットもまたライガーゼロの新しいパートナーを探して、ウルカの森を訪れていた。そんな彼らにガイリュウキとロードゲイルが襲いかかる。

スイートが乗った遊覧ホエールキングがハイジャックされた。犯人たちは市長を人質に、仲間の釈放を要求する。ただちに治安局が対処にあたるが、ホエールキング内部のゾイドに、手が出せない。だが、スイート救出のために駆けつけたRDと、内部に搭乗していたチャオたちの連携プレーで犯人逮捕に成功するのだが・・・。

エキビジションマッチの対戦相手に指名されるマッハストーム。相手はトップバトルチームであるブラックインパクトだ。しかし、元のチームリーダーであるラスターニの話では、以前のブラックインパクトとは違うらしい。チームのゾイドは全てパイロットのいらないAI搭載の無人ゾイドだというのだ。AIゾイド・キメラドラゴンの計算された動きに苦戦するRDたち。さらにディスペロウたちがバトルに乱入して・・・。

ライガーゼロとガイリュウキの実力を図るため、謎の組織リヒタースケールが雇ったのは異国の地のゾイド乗り・サクイの民だった。押しかけ同然でマッハストームに現れた彼ら三人は、RDに挑戦状を叩きつける。いざバトル開始。グラビティという未知の力を持ったゾイドに苦戦かと思われたが、その攻撃はどこかおかしく・・・。

アイアンコングのハンティング依頼を受けたマッハストーム。現場に赴いた彼らはリヒタースケールのボス・アルファと邂逅（かいこう）する。一方、復讐を胸にエナジーライガーへと勝負を挑むブレード。だが、エヴォフライヤーとディスペロウが介入。邪魔されてしまう。二体を叩き潰すブレード。その時、ガイリュウキのモニターがユニゾンのシグナルを出す。

ブルーシティで新たな開発計画がスタートする、だが、その陰で反対するズィーファイターたちが襲撃を受ける事件が発生していた。犯人の手がかりをつかんだというグラビティ三人衆・ツルギの言葉を信じ、RDは行動を共にすることに。そこで見たのはリュックを助け、他のグラビティと戦うブレードだったが・・・。

治安局に新型ゾイドの導入が決定。その披露会場に来ていたマッハストームの面々。だが、会場にいたゴジュラスギガがガミーを乗せたまま突如、暴走を開始する。中央ブロックの発電施設がその目的地らしい。暴走を止めようと奮闘する治安局員とRDたち。しかし、タイムリミットが刻一刻と迫っていた。

逮捕されたマスクマンを救うため、治安局にかけあうRDたち。だがゴジュラスギガ暴走の責任を取らされガミーたちは左遷されてしまっていた。さらに、新市長アルファによって治安局が改編。ズィーファイターたちが次々と逮捕され、マッハストームのメンバーたちも捕まってしまう、その頃、サベージハンマーにも異変が起きていた。裏から力を貸していたアルファが、サンドラの切捨てを決めたのだ。

グラビティ三人衆の力を借り、マスクマンたちを救出するRD。そこにエナジーライガーが現れる。伝説のゾイドかもしれないエナジーライガーの力を借りるべく、後を追うRD。そこにブレードのガイリュウキも合流する。しかし、エナジーライガーを操っていたのはリヒタースケールだった。

ブルーシティを支配下においたアルファ。それに対抗すべく、ズィーファイターたちを集結させるマスクマン。そこにはサンドラやブレードの姿もあった。彼らを潰すべく、アルファのセイスモサウルスが出撃してくる。遂に彼らの運命をかけた戦いが開始される。

ベルセルクセイスモの前に、絶体絶命のRDたち。だが、ブルーシティではガミーを筆頭とした治安局員たちが、市民と共にアルファに反旗を翻していた。 さらに、RDたちの戦いを知ったズィーファイターたちが次々と集結してくる。彼らの援護でベルセルクセイスモのユニゾンが解除される。だが、アルファは、 さらに強力なベルセルクセイスモへとユニゾンさせる。