Der Planet Kiba wird gänzlich unvorbereitet von einem Blitzangriff des benachbarten Planeten getroffen. Die Kadetten auf dem Wachschiff Amaterasu, die sich auf einem Übungsflug befinden, beschließen alleine einen Widerstandskampf zu starten.

Finanziert durch den intergalaktischen Sender Galaxy Network, starten die Kadetten ihren Kampf. Während eines kurzen Waffenstillstandes, flieht der Premierminister von Kiba auf die Amaterasu.

Um der Amaterasu endgültig das Handwerk zu legen, entsendet das Königreich das Tarnraumboot Aboukir. Nach einem Versuch der Kadetten das heranschleichende Tarnschiff zu orten, beginnt ein dramatisches Katz-und-Maus-Spiel.

Um neuen Vorräte zu bekommen, geht die Amaterasu mit dem Planeten Shu einen Handel ein. Während einer Willkommenszeremonie, bei dem die Besatzung teilnimmt, erklärt das Königreich dem Planeten den Krieg.

Der Machtkampf zwischen dem Königreich und dem Planeten Shu ist im vollen Gange. Mit Hilfe von Verteidigungsminister Wong versucht die gestrandete Crew unversehrt an Bord ihres Schiffes zu kommen.

Den vier Schiffen des Königreiches stehen einzig die Amaterasu und Shus einziges Schlachtschiff gegenüber. Cisca und Sinon spielen am Simulator unzählige Angriffstechniken durch, um eine erfolgreiche Strategie für die Amaterasu zu entwickeln.

Trotz des gut durchdachten Angriffplans, gerät die Amaterasu in Schwierigkeiten. Kapitän Wong beschließt die Shenlong zu opfern, um so der Amaterasu einen Fluchtweg zu eröffnen.

Der Amaterasu gelingt die Flucht in ein neutrales Territorium. Das Schiff steuert Parnia an, um neue Vorräte zu bekommen. Mamiya macht sich auf den Weg zur Erde, um einer U.N. Konferenz teilzunehmen.

Nachdem die Amaterasu ihre Vorräte verstaut hat, wird die Besatzung der Brücke von AGI zu einer Party eingeladen. Während der Party gelangt einer Kommandotruppe des Königreiches Zugang zu der Amaterasu.

Der Besatzung der Amaterasu wird freigestellt zu kündigen, doch nur Supply Officer Sei nimmt das Angebot an. Als sich 5 Kampfschiffe der Amaterasu nähern, überredet Dita Peter den Kampf live im TV zu übertragen.

Die Amaterasu wird im Kampf mit der Conquistador schwer angeschlagen. Ohne Möglichkeit den Feind zu sehen, beschließt die Amaterasu einen Blindangriff zu starten. Die Conquistador erhält den Auftrag, die Amaterasu zu der Earth Federation zu bringen.

Als die Amaterasu vor ihrem vermeintlichen Ende steht, entwickelt Sinon einen politischen Schlachtplan. Während Dita den Angriff der Earth Alliance live übertragen lässt, kann sich die Besatzung mit Hilfe eines Shuttles retten.