歴代クレイモアの中でも随一の実力者と謳われる戦士…“微笑のテレサ”。 任務遂行中のテオの町で、テレサは言葉を失った一人の少女と出会う。身寄りの無い少女は、テレサを慕い、懸命にテレサの後をついて来ようとする。興味の無いテレサは邪険に追い払うが、少女の姿にやがて根負けする。テレサは名も知らぬその少女に、ある“女神”の名前を付けるのだった。

クレアを連れ、妖魔退治の依頼があったロクトの町へと向かったテレサ。町の妖魔を始末すると、テレサは町の者にクレアの身柄を預けることにする。別れを嫌がるクレアを置いて、町から立ち去るテレサ。しかし、妖魔の存在が消えたロクトの町は、盗賊の標的にされてしまう。燃え盛るロクトの町で、傷つけられたクレアの姿を目にしたテレサは…。

組織を裏切ったテレサを始末する為、ナンバー２から５のクレイモアによる討伐隊が組織された。テレサとクレアは、立ち寄った町で落ち着こうとするが追ってきた討伐隊の戦士に囲まれてしまう。上位ナンバーの一斉攻撃を余裕で受け流すテレサ。力の差を見せ付けるテレサだったが、組織の新鋭ナンバー２プリシラの潜在能力の高さには、テレサも目を見張るものがあった。

覚醒者の圧倒的な力を目の当たりにした討伐隊は苦戦を強いられる。ミリアは極限の闘いの中で見せる仲間達の特異な能力に、疑念を抱き始める。ヘレンとデネヴは戦闘不能に陥り、ミリアも次第に追い詰められていく…。絶望的な状況下でミリアとヘレンが目にしたものは、敵の妖気を読み取り、攻撃を回避しながら、覚醒者へと立ち向かっていくクレアの姿だった。

組織の命令で、新たな覚醒者討伐の任務へと赴くことになったクレア。ゴナールの町に到着したクレアは、そこでオフィーリアというナンバー4の クレイモアに出会う。任務を共にする仲間であるはずのオフィーリアだが、真意の掴めぬ彼女の剣は、戯れにクレアと共に連れ添うラキに向けられる。「ゲームをしましょう」と不気味に微笑むオフィーリアと相対したクレアは…。

オフィーリアとの闘いで右腕を失ったクレアに、高速剣を伝授するイレーネ。だが、強靭な精神力を必要とする高速剣は、クレアに不向きな技だった。闘うことを決して諦めないクレアを認めたイレーネは、自らの右腕を斬り落とし、クレアに譲り渡すのだった…。イレーネの右腕を携えたクレアの前に、覚醒しておぞましい姿に身を堕としたオフィーリアが姿を現したー。

ザコルの山にある城跡へと足を踏み入れたクレアは、巨大な妖気を放つ男の覚醒者・ダフと相対する。両足の骨を砕かれ、絶対絶命のクレアの危機を救ったのは、組織のナンバー３・ガラテアだった。相手の妖気を操る術で、優勢に闘うガラテアはダフの右手を叩き斬る。だが、そこに少女の姿をした覚醒者が姿を現した。“深淵の者”と呼ばれる覚醒者・リフルの目的とは…？

三体の覚醒者の急襲を受けたクレイモアの一団は、隊形を組み覚醒者に対抗する。覚醒者討伐経験の無い下位戦士達が、覚醒者の圧倒的な力に翻弄されて傷つく中、チームのリーダーを務める上位ナンバー達と、クレア、ヘレン、デネヴは連携して覚醒者を撃退した。その頃、クレアを捜して北の地を旅するラキは、廃墟となった町で一人の少女と出会う。少女を追って現れた男は、彼女の名をプリシラと呼んだ…。

“白銀の王”イースレイの命を受け、リガルド率いる新たな覚醒者の群れがピエタの町に侵攻を開始した。前哨戦と同じ五つのチームに分かれたクレア達は、覚醒者を迎え撃つ。だがそこに戦況を静観していたリガルドが突如姿を現し状況は一変する。標的を各隊のリーダーに定めた“銀眼の獅子王”リガルドの容赦ない攻撃に、ベロニカ、ウンディーネ、フローラが命を落とす…。

下肢を覚醒させたクレアは、圧倒的なスピードでリガルドの右腕を奪った。覚醒した下肢を制御できず、思うような攻撃ができない極限状態から徐々に下肢の制御を体得したクレアの能力に感服したリガルドは、全力を賭してクレアを屠ろうと襲い掛かる。ピエタの町に辿り着いたラキは、異形の姿で闘うクレアを目の当たりにして、何もできない自分の無力さに怖気づく。