A equipe 009 foi chamada para resgatar um cientista do Bloco Leste e, se isso falhar, para recuperar seus dados. Os agentes seguem suas pistas, mas aparentemente os agentes do Bloco Leste sabiam que estávamos chegando. O 009-1 pode chegar ao cientista antes que ele seja lançado para a lua?

O agente 009-1 é enviado para observar uma missão com um esquadrão de caça mutante. Seu alvo é uma garotinha que é psionicamente ativa. Ela testemunha a frieza dos homens enquanto eles derrubam os pais da garota, mas o próprio alvo pode ser demais para eles.

Vários agentes foram mortos pelo assassino conhecido como Egg. Agora 009-1 é seu próximo alvo. Ela é chamada para tirá-lo também. Eles viajam para uma ilha onde 009-1 usa seu estilo de assassinato contra ele.

009-1 foi convidado para um castelo junto com outros dois agentes do Bloco Ocidental e três agentes do Bloco Leste para encontrar um cientista desaparecido. Quando os fantasmas começam a aparecer e os agentes começam a morrer, as coisas ficam interessantes. Os dois últimos sobreviventes são 009 -1 e Loki.

009-1 está de férias em Roma quando se encontra com uma garota que está sendo perseguida por alguns homens. Ela a ajuda e no processo encontra 009-4 que está vigiando alguém. Ela descobre que a mulher é de fato um andróide feito de ouro e deve usar tudo o que puder para derrubá-la.

Um agente se aposentou e 009-1 é enviado para buscá-lo. Ela se lembra de como, quando era nova no jogo, ele a ajudou e salvou sua vida muitas vezes. Ele diz que se aposentou porque nunca conseguiu pintar tão bem Agora o Bloco Leste está atrás dele pelo que ele tem e ele pede 009-1 para ajudá-lo.

O conselho está questionando se seu melhor agente, 009-1, tem muita compaixão por ela para continuar. Aprendemos um pouco com seu passado e o que a tornou o que ela é hoje.

Em uma missão, 009-1 acaba matando um homem, mas não antes de ser baleado também. Quando ele morre, ele diz a Little Billy que sente muito. Depois de se recuperar, 009-1 tira um tempo de folga, mas alguns bandidos de motoqueiros jogam pregos em Um homem e sua família a pegam e a levam com eles. Ao longo do caminho, eles contam a ela sobre o irmão do homem e como ele era bom. Depois que a esposa e o filho adormecem no carro, o homem leva 009-1 para sua casa velha e conta a ela sobre como seu irmão costumava chamá-lo de Little Billy.

009-1 recebeu uma tarefa de coleta de informações no centro de pesquisa onde o Bloco Leste está estudando crianças mutantes. Ela conhece algumas das crianças de lá. O Dr. Green usa os computadores para controlar de alguma forma as habilidades mentais e causar uma explosão nuclear em A Lua. Um bilhete escrito com giz de cera chega mais tarde dizendo às duas nações para se desarmarem ou usarão a técnica de explosão reversa em qualquer arma nuclear do mundo.

As forças do Bloco Leste chegam ao centro de pesquisa percebendo que esse é o lugar mais provável da máquina de explosão reversa. 009-1 se recusa a evacuar e fica com as crianças. Ela descobre que o Dr. Green tem uma saída e segue com As crianças. Uma vez fora, ela luta contra as forças orientais para que as crianças possam escapar. Ela recebe uma ajudinha de Loki ao longo do caminho.

009-1 recusa uma ligação para retornar quando percebe que as crianças foram para a lua. Ela chega lá e encontra Loki e o faz levá-la para onde estão mantendo as crianças. Forças invadem o local e matam Dr Green enquanto Loki tenta lançar alguns mísseis nucleares na tentativa de chocar o mundo em paz. 009-1 tenta detê-lo, mas as forças chegam e atiram nele - quase ao mesmo tempo que ela descobre um segredo surpreendente sobre sua verdadeira identidade.