拉格斯城里发生了女孩变成玻璃後粉碎消失的事件，虽然有目击证人却仍让人觉得很不可思议，而在此同时，城里的S&A侦探事务所接到了要去某地收取"货品"的委托工作…

前去约定地取货的绫香亲眼看到一个从玻璃雕像变成活人的少女而大感惊讶，而同行的真奈美则是被取货现场的枪战吓到腿软，幸好事务所的老大及时赶到救了她们…

被称为HW-9的玻璃少女跟著事务所的修老大回来了，由於她的身体有异常的现象，修找了幸福医院里个性古怪却医术高明的医生来照顾她，而绫香则是替她取了一个属於这个城的名字『莎拉』…

在阿亮出面的帮忙之下，真奈美终於找到了失踪的优子学姊，没想到，当他们在约好的地点等待碰面时，却亲眼看到优子学姊化成玻璃消失了，真奈美因此而受到严重的打击…

为了夺回HW-9，神秘研究组织的首脑奇托要求和管理拉格斯城的宝莉玲会面，於是宝莉玲便在修的陪同之下带著亮和莎拉前往约定的餐厅，而绫香和真奈美因为放心不下竟然也跟了过去…

在宝莉玲与奇托谈判的同时，由於真奈美与绫香的闯入让莎拉不得不现身，双方因而展开了一场枪战还让莎拉意外受了伤。幸好最後在修的保护之下大家得以平安的回到事务所…

真奈美为了能够确切的保护好莎拉，便要求自己也要配枪却被大家拒绝了，而原本要让莎拉潜逃出城的计画，也因为政府派出SWAT进驻拉格斯城进行控管而取消了…

一直在暗中调查玻璃少女事件的刑警JJ和女记者蘇菲亚，发现拉格斯城的垃圾处理场底下还暗藏著玄机，於是两人便一同潜入了地底展开调查，没想到却亲眼目睹了SWAT组员被玻璃少女歼灭的可怕景象…

修带回蘇菲亚的时候，一时不小心洩漏了行纵，组织便派了人手前来攻击打算抢走莎拉，修让阿亮先带著绫香和莎拉等人从医院的地底通道逃往宝莉玲的店，不料阿亮却中弹受伤了…

幸福医院的医生在枪战之中被掳走了，但奇托因为相当赞扬医生的本领，不仅邀他留下来一起进行研究，甚至还把玻璃少女用来辨识敌我以及能进出研究所各处室的戒指交给了医生…

修为了救回绫香和真奈美，便答应用莎拉和奇托交换人质，没想到奇托不仅决定要炸毁整个研究基地，甚至还派出新的战斗型玻璃少女BW-α去攻击他们，BW-α在突变之後变成了恐怖的怪物…