Años después de la misteriosa desaparición de los presos y guardias de Alcatraz, el agente del FBI Emerson Hauser y la detective Rebecca Madsen se sumergen en el caso de Jack Sylvane, quien está en una racha de matanzas. Más tarde se descubre que Sylvane era de hecho uno de los reclusos en la prisión. Acompañados por el experto en Alcatraz, el Dr. Diego Soto, Hauser y Madsen emprenden una carrera para atrapar a Sylvane y resolver el misterio de la prisión.