Han passat més de dos mesos des que la Bunny i les altres van perdre els records de les Marineres Guerreres. Gràcies al miraculós poder del Cristall de Plata, les cinc noies i en Mamoru van sobreviure, però ara fan una vida normal i corrent. Aviat, però, dos extraterrestres, l'Anne i l'Ale, arribaran a la Terra a la recerca d'una energia misteriosa.

L'Anne i l'Ale continuen buscant energia per a l'Arbre del Món Negre, la font de les seves vides. Aviat l'Àrtemis i la Lluna s'adonaran que la Bunny no podrà solucionar tota sola el problema que els ve al damunt i creuen que ha arribat l'hora de recuperar els records de l'Ami, la Ray, la Makoto i la Minako. Les Marineres Guerreres tornen a entrar en acció!

Després d'intentar protegir la Makoto d'un nou monstre, en Kenji ha quedat molt malferit, però s'ha pogut salvar gràcies a la sang que li ha donat la seva estimada. L'Ami, la Makoto i la Minako es reuneixen a casa de la Ray per parlar del nou enemic, però les sorprèn el monstre enviat per l'Ale. Quan tot sembla perdut, apareix el Cavaller Llum de Lluna. Podria ser que fos l'Endimió?!

L'Anne i l'Ale, que necessiten més energia per alimentar l'Arbre del Món Negre, la font de les seves vides, han decidit enviar el Cartià, un altre dels seus monstres, a la Sala de Realitat Virtual que acaben d'obrir a la Desena Avinguda. Avui la Bunny sabrà que el Cavaller de Llum de Lluna no és en Mamoru i s'endurà la decepció de la seva vida.

L'Ale i l'Anne aprofitaran que avui la classe de la Bunny fa una sortida al camp per contemplar flors per xuclar més energia dels humans. La Bunny és incapaç de transformar-se i d'aturar el monstre que hi han enviat i acaba en una altra dimensió amb la Lluna. Allà s'adonarà que si vol continuar sent la Marinera Lluna, ho ha de desitjar de tot cor.

L'Ale i l'Anne, que han d'aconseguir energia més nova i més jove que abans per salvar l'Arbre del Mal, han decidit començar a atacar parvularis. L'Ami descobreix que el seu pròxim objectiu serà el parvulari de Shiva, que és on va la Mie, la nova amiga de la Minako. Avui la Marinera Venus s'adonarà que té uns poders que encara no ha descobert ni ella mateixa!

El nou objectiu de l'Ale i de l'Anne són els nadons, que tenen una energia vital forta i fresca, ideal per alimentar l'Arbre del Món Negre. Després d'un atac de la Cartiana Amaderrace, en Mamoru i la Bunny s'hauran de fer càrrec de la Manami, fins que la seva mare surti de l'hospital. Aviat, però, el monstre tornarà a aparèixer i la Marinera Mercuri intentarà aturar-lo amb una nova tècnica.

La Ray és la presidenta del comitè del festival de l'escola. A més de ser l'encarregada d'organitzar-lo, també és la que ha escrit totes les cançons que s'hi cantaran. Al festival, hi haurà el seu avi i totes les seves amigues, però la Cartiana Saylane, enviada per l'Ale i l'Anne, hi apareixerà per xuclar l'energia de tot el públic. La Ray, transformada en la Marinera Mart, no pensa deixar que se surtin amb la seva.

L'Ami i la Makoto sospiten que el Cavaller Llum de Lluna podria ser en Seijuro, és a dir, l'Ale. Tenint en compte que últimament entre les parelles s'ha posat de moda que la noia porti el dinar per al noi, la Makoto intentarà acostar-se a l'Ale d'aquesta manera, la qual cosa farà posar molt gelosa l'Anne, que acabarà alliberant un altre monstre per atacar les marineres.

En Mamoru està preparant una obra de teatre per a l'ajuntament, però s'ha quedat sense actors i ara n'ha de buscar de nous. Les noies han decidit ajudar-lo i com que ell farà el paper de príncep, totes volen fer de Blancaneu. L'Ale, enfadat perquè no ha pogut ser el príncep i fer-li un petó a la Bunny, decideix esguerrar l'obra deixant anar la Cartiana Vipierrot. L'espectacle està assegurat!

Els fracassos constants de l'Anne i de l'Ale per aconseguir energia fan que l'Arbre del Món Negre, la font de la seva vida, estigui cada vegada més dèbil. Avui la Bunny i l'Anne, que no han fet els deures, es quedaran castigades a l'escola després de classe. L'Ale, que n'està molt de la Bunny, ho aprofitarà per alliberar un monstre que xucli l'energia a en Mamoru.

Sembla que l'Ale i l'Anne només pensen a aconseguir l'amor de la Bunny i d'en Mamoru respectivament, això fa que l'Arbre del Món Negre s'estigui a punt de morir. I si l'arbre es mor, ells seguiran el mateix destí. Avui la Bunny, que anirà a casa de l'Ale i de l'Anne per saber per què no han anat a l'escola, s'acabarà trobant amb el misteriós arbre.

L'Arbre del Món Negre està fora de control. Si continua creixent, tota l'energia del planeta acabarà absorbida completament. L'Anne i l'Ale intenten impedir-ho, però acaba atacant a tothom, i fins i tot fereix de mort la mateixa Anne. Al final, la parella d'extraterrestres entenen que no és l'energia dels humans el que necessita l'arbre, sinó amor.

Sembla que tot ha tornat a la normalitat. La Bunny i en Mamoru són al parc festejant, però de cop i volta cau una nena del cel i amenaça la Bunny perquè li doni el Cristall de Plata. La nena misteriosa assegura que es diu igual que la Bunny, però en realitat es diu Chibiusa. A la Terra també han arribat en Rubeus i quatre germanes, que busquen la Chibiusa per matar-la i destruir el Cristall de Plata.

La Bunny ha descobert el poder hipnòtic de la Chibiusa, que ha desaparegut de casa. En Mamoru, d'altra banda, comença a tenir visions d'una ciutat de cristall destruïda i d'una princesa que s'assembla molt a la Bunny. En Rubeus i les quatre germanes descobreixen Cristall Tòquio, la ciutat maleïda, i es disposen a destruir-la. Per fer-ho, han de destruir el Cristall de Plata i eliminar la Bunny.

L'Ami té l'oportunitat d'anar a Alemanya a estudiar medicina, però encara no té clar si abandonar les seves companyes. L'Àrtemis, que ha donat varetes noves i intercomunicadors a les marineres guerreres, sospita d'una gelateria nova i, quan s'hi presenta, s'hi troba un nou enemic. Les Marineres Guerreres hi van sense l'Ami, però no se'n surten...

L'avi de la Ray ha decidit canviar el temple per un gimnàs, però resulta que una de les entrenadores és la Quermesita, que també té una aliada que es fa passar per humà. L'avi de la Ray intentarà aturar-les, però no se'n sortirà. La Marinera Lluna i l'Antifaç de Gala també provaran de parar-los els peus, però hauran d'esperar la nova transformació de la Marinera Mart.

En Rubeus, sabent que la Chibiusa no suporta les tempestes, ha decidit descarregar una pluja torrencial sobre la ciutat perquè no pugui fer servir la seva energia. En Mamoru ajudarà la Bunny a buscar la Chibiusa, que intenta desesperada viatjar en el temps per tornar amb els seus pares. Al final, en Rubeus la localitza i apareixen les Marineres Guerreres i l'Antifaç de Gala.

En Rubeus ha trobat un nou Punt de Cristall i ha ordenat a la Calaverita i després a la Petzita que vagin a una botiga per a enamorats a transformar el Poder de Cristall en Poder Obscur. Allà, s'hi trobaran la Minako i la Makoto, que s'estan barallant per qüestions d'amor. La Bunny té clar que només unint les seves forces seran capaces de derrotar el nou enemic.

La Bunny i en Mamoru seran els encarregats d'acompanyar la Chibiusa a la festa de plats amb curri que fan a la seva escola. Quan van a comprar els ingredients, s'adonen que els productes estan en mal estat i que és una altra trampa d'en Rubeus, que hi ha trobat un nou Punt de Cristall. La Petzina i la Calaverita hi venen una fruita misteriosa que converteix la gent en zombis.

La Chibiusa explica a les noies que la Ray se n'ha anat de vacances a una illa llunyana i decideixen anar-hi totes. Allà, la Chibiusa se'n va sola al mar i una cria de dinosaure la salva de l'atac dels taurons. L'erupció d'un volcà encara complica més les coses i les Marineres Guerreres surten al rescat de la Chibiusa, la cria de dinosaure i la seva mare.

El Savi Amagat ha vaticinat que quan el sol s'alci hi haurà una emissió d'energia al pont del carrer 10. Serà el moment oportú per atrapar la Chibiusa, responsable de l'expulsió d'energia, i d'acabar amb ella, una missió que duran a terme les quatre Germanes Perseguidores. Avui, les Marineres Guerreres sabran que la Chibiusa ve del món del futur!

En Mamoru no para de tenir un malson on sent una veu que li diu que no s'ha d'acostar per res a la Bunny, que quan s'uneixin, el món s'ensorrarà i a la Princesa Serena li passarà una cosa terrible. La Petzina i la Calaverita localitzaran la Chibiusa i atacaran la Bunny i les altres Marineres Guerreres a través de la Malsòmnia, un esperit maligne amb una energia molt poderosa.

El Savi Amagat, que sap que el Príncep Diamant està molt enfadat pels fracassos constants d'en Rubeus, ha predit que aquesta tarda l'energia de la mitja lluna augmentarà i es crearà un Punt de Cristall al temple de Hikawa. A part d'això, també ha vist un mal averany i ha assegurat que alguna cosa dolenta li passarà a la Quermesita, encarregada de la missió.

En Rubeus ha descobert un nou Punt de Cristall, aquesta vegada a la Torre dels Escacs, on se celebra el Campionat Mundial d'Escacs, amb la participació de l'Ami i de la Berthierita, que aviat descobrirà la identitat de la seva rival, la Marinera Mercuri. A la final, la Berthierita farà que l'Ami es vagi congelant a mesura que vagi perdent peces.

La Quermesita i la Berthierita s'han fet amigues de la Bunny i companyia. Això vol dir que han traït en Rubeus i les altres dues germanes, la Calaverita i la Petzita. Ara en Rubeus està disposat a fer servir tot el seu poder per aconseguir la glòria, la qual cosa passa per eliminar la Chibiusa, les Marineres Guerreres i les dues germanes traïdores.

La Chibiusa ha descobert que la Bunny és una Marinera Guerrera, ha deixat de confiar en ella, li ha robat el fermall amb el Cristall de Plata i ha desaparegut. També ha aparegut la malèfica Maragda, per comunicar a en Rubeus que el Príncep Diamant ha deixat de confiar en ell i que, a partir d'ara, ella s'encarregarà de matar la criatura i de conquerir Tòquio.

Després del segrest de les quatre Marineres Guerreres per part d'en Rubeus, la Bunny decideix anar tota sola a salvar les seves companyes. La Chibiusa, que se sent culpable de tot el que ha passat, també la segueix fins a l'ovni d'en Rubeus. Ara la Bunny ha de decidir si entrega el Cristall de Plata i la Chibiusa per salvar les seves amigues, o si s'enfronta al poderós Rubeus.

La Chibiusa ha entrat en un son profund i les Marineres Guerreres estan convençudes que s'està morint. Aviat apareixerà la Marinera Plutó, la guerrera que guarda les portes del temps i l'espai i els explicarà que la ment de la Petita Dama, la Chibiusa, està atrapada pel Cristall Negre. Per salvar-la han d'entrar en el seu món interior en una missió d'allò més arriscada.

Després de la bona notícia de la recuperació de la Chibiusa, arriben més problemes: la Maragda té pensat de col·locar tot de falques amb el poder del Cristall Negre en diferents punts de Tòquio amb l'objectiu d'enviar Força Maligna des del seu temps i, d'aquesta manera, obrir la porta del Món Obscur. Per dur a terme el seu pla comptarà amb l'ajuda d'en Safir, el germà del Príncep Diamant.

La Maragda, amb el seu afany d'omplir el Tòquio del segle XX amb el Poder Obscur, ha decidit crear les polseres dels desitjos amb l'objectiu de xuclar l'energia negativa dels que en portin i fer créixer encara més la Icona Negra. D'altra banda, la Bunny, que continua tenint els mateixos malsons que en Mamoru, està més decidida que mai a reconciliar-s'hi.

La Maragda ha fet servir el Poder Obscur per provocar una epidèmia de grip per tota la ciutat amb la finalitat de fer créixer la Icona Negra i acabar obrint la Porta de les Tenebres. La Minako és l'única de les Marineres Guerreres que no ha agafat la passa, i això vol dir que li tocarà fer d'infermera de totes les seves companyes.

L'Àrtemis, que està tip que la Lluna li digui "gat manasses", ha decidit fer una proesa tot sol per tornar a guanyar-se la seva admiració. Sense saber que és el pròxim Punt Negatiu de la Maragda, ha decidit anar a fer una bona obra al Regne Animal, un lloc on s'ocupen de les bèsties malaltes i abandonades, uns animals que ben aviat es transformaran en éssers malignes.

La Maragda ha decidit col·locar un altre Punt Negatiu a l'escola especial de preparació de genis del Carrer 10 i hi ha enviat el Droide Dubte perquè s'encarregui de la feina bruta. Això ha fet que tots els companys de l'Ami s'hi hagin posat en contra, i fins i tot l'hagin acusat de fer trampes per aprovar els exàmens. Avui l'Ami estarà sola davant del perill.

La Maragda, a qui se li ha acabat la paciència, ha decidit col·locar una Icona Negra d'alta potència a l'escola de la Chibiusa per poder completar d'una vegada la Porta de les Tenebres. La Chibiusa, cansada de veure patir tanta gent innocent per culpa de la Lluna Negra, decideix fer servir una clau del temps per anar cap al futur amb en Mamoru i les Marineres Guerreres.

Les cinc Marineres Guerreres, en Mamoru, la Lluna i l'Àrtemis han decidit acompanyar la Chibiusa en el seu viatge cap al futur a través de la porta del temps i l'espai, que guarda la Marinera Plutó. L'objectiu és salvar la mare de la Chibiusa, però aviat descobriran que la futura ciutat Tòquio de Cristall està totalment congelada i hi ha poques esperances que hi hagi supervivents.

Les Marineres Guerreres, en Mamoru, la Lluna, l'Àrtemis i la Chibiusa arriben al futur per descobrir que la futura ciutat de Tòquio de Cristall està totalment congelada i sense supervivents. Aviat, però, se'ls apareixerà l'holograma del futur Rei Endimió, que els posarà al dia de tot. També descobriran que la Nova Reina Serena és la que va crear el Tòquio de Cristall.

La Marinera Lluna intenta fer reviure la Nova Reina Serena, que està en un son profund perquè va perdre el seu Cristall de Plata. El Savi Amagat s'apareix davant de la Chibiusa per explicar-li que va ser ella la que va robar el Cristall de Plata de la Nova Reina Serena, i que va ser aleshores quan la família de la Lluna Negra va aprofitar per atacar.

El Savi Amagat aconsegueix rentar-li el cervell a la Chibiusa i fer-li creure que tothom l'odia perquè va ser ella la que va robar el Cristall de Plata. Aviat, l'odi de la Chibiusa la convertirà en la Dama Negra, gran dominadora del Poder Obscur. El Savi Amagat decideix enviar el Príncep Diamant a la Terra del passat per deixar-hi anar l'atac final amb el Cristall Negre.

En Safir, que fa temps que desconfia del Savi Amagat, finalment descobreix el seu pla de destruir la família de la Lluna Negra i invocar el Totpoderós Fantasma de la Mort, que l'únic que vol és anihilar tota la humanitat. Decidit a parar-li els peus, en Safir decideix actuar contra la voluntat del Fantasma de la Mort, el sobirà de l'univers, una acció que li pot costar la vida.

El Príncep Diamant s'enfronta al Savi per la mort del seu germà, en Safir, però al final el Savi l'acaba convencent que continuï amb l'atac a la Terra. Les Marineres Guerreres decideixen entrar al Cristall Negre per rescatar la Chibiusa i trobar en Mamoru, però la Marinera Lluna, lluny de la resta, es troba amb el Príncep Diamant, que s'adona que el Savi l'ha manipulat.

El poder del Cristall Negre cada cop és més fort i el món sencer està a punt de convertir-se en tenebra. El Savi Amagat confessa que el Fantasma de la Mort és ell mateix i que ha arribat el moment de destruir la Terra. La Marinera Lluna invoca el poder del Cristall de Plata per convertir-se en la Nova Reina Serena i comença la batalla final.

Amb la derrota del Fantasma de la Mort, el poder del Cristall Negre s'ha esvaït i tant la Terra com el Nèmesi s'han salvat. La Chibiusa s'acomiada de les seves amigues i torna al Tòquio de Cristall, un lloc verd i ple de vida. Segons els rumors, l'heroïna de la sèrie canvia i apareixen nous enemics, però les Marineres tenen clar que ajuntant les seves forces, es poden enfrontar a qualsevol dificultat.