Dos extraterrestres, llamados Alan y Ann han llegado a la Tierra en busca de energía para alimentar un misterioso árbol, a la vez que se hacen pasar por dos estudiantes de secundaria: Steven y Melisa. Cuando liberan a su primer monstruo en búsqueda de energía, Luna no tiene otra opción que hacer que Serena regrese a ser Sailor Moon.

Una productora realiza un casting de jovencitas para elegir a su próxima estrella cinematográfica. Entre las elegidas para presentarse al casting están Amy, Rei, Lita y Mina; además de Molly.

Un nuevo monstruo anda suelto y ataca a Lita, pero su mejor amigo, Kenji, la protege, accidentándose en el acto.

Un nuevo centro de videojuegos de realidad virtual ha llegado a la ciudad y Serena se muere por ir a jugar.

Las 5 chicas van de día de campo junto a la profesora de Serena, Melisa, Molly y Kelvin, pero monstruo enviado por Alan y Ann aparece atacando a todos.

Mina se hace amiga de una pequeña niña fanática de Sailor Moon, quien tiene problemas porque los demás niños de su edad no creen que exista.

Un monstruo ataca una guardería para obtener energía de los bebes. Serena, Amy y Darien que pasaban por el lugar llevan al hospital a la madre de uno de ellos.

Rei es la encargada de organizar un festival en su escuela, en el cual además hará su debut como cantante.

Lita conversa con Amy sobre el Caballero de la Luna, pues cree que puede tratarse de Steven, debido a que este llegó a la escuela justo cuando aparació el Caballero.

Las chicas se enteran de que Darien está ayudando a un amigo a montar la obra de teatro "Blancanieves", pero debido a discusiones entre los actores, necesitan nuevas personas para la obra.

Debido a los constantes fracasos de Alex y Anny para obtener energía, el árbol de la vida está muy débil. Si el árbol muere, ellos también perecerán

Debido a que Serena no hizo su tarea y que Melisa (Ann) está muy débil para hacer sus deberes, la maestra las castiga a ambas después de clase dejándoles más tarea.

El árbol tiende una trampa a las Sailor Scouts y quedan encerradas.

Serena y Darien se encuentran en un cita cuando del cielo cae una pequeña niña sobre ellos que amenaza a Serena para que le entregue el Cristal de Plata.

Chibiusa se siente sola y ha huido de casa pero Serena y Darien la encuentran. Serena descubre el poder hipnótico de Chibiusa con el que engaña a su familia. Usagi comienza a sentir celos de la niña pues Darien se preocupa mucho por ella. Al poco tiempo el joven tiene extrañas visiones de una ciudad de cristal que es destruida junto con una princesa muy parecida a Serena.

Amy tiene la oportunidad de irse a estudiar a Alemania. Artemis les entrega a las chicas nuevos bolígrafos para transformarse y pulseras comunicadoras. Amy está insegura sobre irse, pero las chicas le dicen que aproveche su oportunidad. Una nueva heladería llama la atención de Artemis, pues sus clientes están comportándose raro, y cuando entra es congelado por un enemigo.

Debido a que el abuelo de Rei siempre intenta sobrepasarse con las jovencitas que visitan el templo, las visitas a este han disminuido mucho, por lo que decide retirarse y abrir una escuela para luchadoras. El templo es otra sede de cristal, por lo que Karmesite se hace pasar por una entrenadora que trabaja para el abuelo.

Rubeus pretende darle un buen susto a Rini pues cuando ella se siente presionada libera sus poderes, de este modo planea encontrarla y capturarla. Un nuevo monstruo-enemigo crea una gran tormenta eléctrica.

Rubeus envía a Petziteite y Kalaberite a una nueva sede de cristal: una tienda para enamorados. Mina y Lita pasan juntas su día libre y terminan discutiendo sobre lo que significa enamorarse. Las 2 junto a Serena visitan la tienda del enemigo, donde comienzan a discutir con Petziteite y Kalaberite sobre qué es el amor para ellas.

Rini debe llevar a sus padres al jardín de niños a una actividad que consiste en cocinar curry con arroz. Serena se ofrece a ir con ella a pesar de que a Rini no le parece buena idea. Ambas convencen a Darien para que las ayude, pero ninguno sabe cocinar bien el platillo.

Rini les cuenta a las chicas que Rei se fue a descansar a una playa donde no hay gente, así que todas deciden ir a verla. En la playa Rini se pierde y es atacada por tiburones, pero una criatura la rescata y se hace su amigo.

El Gran Sabio predice que muy pronto Rini expulsará su poder y que será la oportunidad para encontrarla y acabarla, así Rubeus y las 4 hermanas de la persecución se ponen a esperar el momento. Rini vuelve a discutir con Serena y escapa de la casa, para intentar de nuevo volver a su hogar. Debido a que vuelve a fracasar se pone a llorar y expulsa un gran poder.

Darien sigue teniendo una pesadilla en que una voz le dice que si él y Serena están juntos algo terrible le ocurrirá a la Tierra y a la misma Serena. Darien está decidido a hacer que Serena lo odie y se olvide de él.

El Gran Sabio predice que Rini aparecerá en el templo donde vive Rei. Rubeus envía a Karmesite a acabar con ella. Rini llega al templo y Karmesite la ataca, pero Nicolas la defiende. Rei llega al lugar y es atacada por Karmesite, pero Nicolas recibe el ataque, quemándose.

Rini y Serena se impresionan de la habilidad de Amy en el ajedrez y se enteran que ella participará en un torneo. Berjerite es la encargada de atacar otra sede de cristal: una torre en la que se jugará el torneo. Amy conversa con el dueño de la torre y nota que Berjerite está rondando el lugar, pero cuando la encuentra es atacada por ella y no tiene otra opción que transformarse.

Karmesite y Berjerite se han hecho amigas de las chicas y comparten un día con ellas. Rubeus le da un poderoso báculo a Petzite y la envía junto a Kalaberite a acabar con las Sailors, Rini y las hermanas traidoras. Ambas aparecen frente a todas y se llevan a Karmesite y Berjerite.

Rini no puede creer que Sailor Moon sea en realidad una chica descuidada como Serena y decide no confiar en ella y robarle el broche con el Cristal de Plata. Esmeralda, otra de los integrantes de Black Moon llega y amenaza a Rubeus con no volver a fallar si no quiere enfadar a su líder, el Príncipe Diamante.

Luego de que sus amigas han sido secuestradas, Sailor Moon decide ir por sí sola a rescatarlas. Rini se siente culpable por lo que ocurrió y la sigue, así ambas son transportadas al interior del OVNI y se enfrentan cara a cara con Rubeus. Sailor Moon recibe una paliza de parte de Rubeus, pues dentro del OVNI sus poderes aumentan.

Rini ha caído dormida y nadie sabe qué le sucede ni como hacer que se recupere, la pequeña está sumergida en una pesadilla en que Tokio de Cristal es devastado y es perseguida por un demonio. Sailor Plut, la protectora de la puerta del tiempo y guardiana de Rinien el futuro, se contacta con las chicas explicándoles que Rini está siendo víctima de su miedo a Black Moon.

Zafiro, el hermano del príncipe Diamante, ha creado unos objetos mágicos llamados soportes malignos, que contienen fragmentos del Cristal Oscuro para que Esmeralda los use. Ella planea colocarlos todos en puntos específicos de Tokio para llenarlos de energía maligna y así abrir un portal que permita enviar la energía del Cristal Oscuro desde el futuro y llenar la Tierra de oscuridad.

Unas pulseras que cumplen los deseos de los jóvenes se han vuelto muy populares últimamente, por lo que Serena intenta aprender a fabricar una para recuperar el amor de Darien. Serena tiene el mismo sueño de Darien que los hizo separarse y se lo explica a él. Darien comienza a convencerse de luchar juntos contra ese destino que les espera, pero una vez más rechaza a Serena.

Esmeralda ha causado que un virus se expanda por la ciudad, haciendo que casi todos caigan enfermos. Mina, que no se enfermó, intenta cuidar a sus amigas pero solo causa desastres en sus hogares.

Con la excusa de investigar sobre el enemigo, Artemis se ha metido en varios problemas al husmear en restaurantes, lo que hace que Luna le pierda un poco el respeto. Artemis se molesta con ella y decide buscar una aventura para recuperar el respeto que merece. Artemis descubre a un hombre que se lleva los animales callejeros a su gran hogar, un sitio llamado "El Reino de los animales", donde se cuida a los animales y se les busca un dueño.

Esmeralda ha colocado otro soporte maligno en la escuela para genios, lo que hace que todos ellos se comporten muy envidiosos con Amy que siempre saca las mejores calificaciones. Ellos inventan que Amy hizo trampa en los exámenes, haciendo que muchos estudiantes la odien. Esto deprime a Amy, pero animada por sus amigas decide ir a la escuela para genios a descubrir que pasó ahí.

Esmeralda ha perdido la paciencia y decide colocar un soporte maligno gigante, lo suficiente como para abrir la puerta oscura de una vez, en la primaria de Rini. Los compañeros de Rini se han vuelto violentos y están llenos de ira, incluyendo a su mejor amiga Momo, que no duda en atacarla.

Sailor Moon, las Sailor Scouts, Tuxedo Mask, Luna y Artemis viajan con Rini hacia el futuro. Esta vez Rini logra que la llave del tiempo funcione, debido a que está llena de determinación y a que ya no tiene miedo pues tiene grandes amigos y aliados. Todos llegan a la puerta del tiempo resguardada por Sailor Plut.

Rini huye desesperada al ver su hogar en tan triste estado. Todo el lugar está congelado y parece que no hubiera sobrevivientes. Un holograma del Rey Endymion se presenta frente a todos y los lleva al palacio de cristal. En el camino se enteran que él es Darien en el futuro, mientras que la Neo Reina Serenity es Serena en el futuro.

Debido a que el Cristal de Plata desapareció es que la Neo Reina cayó en un profundo sueño, por lo que Sailor Moon intenta despertarla con su cristal, pero fracasa. Rini huye desesperada al pensar que tal vez nunca recupere a su madre. El Gran Sabio aparece frente a ella y lee su mente, con lo que se entera que fue ella la que tomó el Cristal de Plata para así lograr parecerse a la Reina, momento en que Black Moon atacó.

La dama de cabello rosa y de cruel aspecto no es otra que Rini, transformada en la llamada Black Lady. El Sabio convenció a Rini de que nadie la amaba en realidad ni se preocupó de ella, y que incluso nadie celebró su anterior cumpleaños. Rini se convenció de que es un estorbo, que sus padres nunca tienen tiempo para ella y que todos la odian, y se convierte en Black Lady, tomando el poder del Cristal Oscuro.

Zafiro desconfía más y más del Gran Sabio y finalmente descubre que su plan es matar a los Black Moon e invocar al Fantasma de la Muerte, el cual no planea vengarse de la Tierra, sino acabarla completamente y reducirla a nada.

El Príncipe Diamante encara al Sabio por asesinar a su hermano, pero éste lo convence de seguir avanzando con el ataque a la Tierra. Las Sailors entran al gran Cristal Oscuro para rescatar a Rini y encontrar a Darien, quien fue también a investigar al lugar.

Con el mundo al borde de ser sumergido en la oscuridad, Sailor Moon invoca el poder del Cristal de Plata y se convierte en la Neo Reina Serenity, con lo que finalmente logra recuperar a Rini. El gran Sabio les indica que él mismo es el Fantasma de la Muerte y comienza su ataque final.

Capítulo recopilatorio que habla de los eventos sucedidos y adelanta lo que se verá en la próxima temporada de la serie.