如月ハニーは聖チャペル学園で寄宿生活を送る女子高生。彼女の毎年の恒例行事は、父の如月猛博士と誕生日を共に祝うことだった。しかし、その父は正体不明の犯罪組織・パンサークローに追われる身となっていた。

ハニーは黄昏のプリンスに与えられたチョーカーを使ってキューティーハニーに変身したが、父の救出には一歩及ばなかった。青児は、パンサークローは猛の完成させた「空中元素固定装置」を狙っているのだと言う。

花嫁衣装が次々と盗まれた。どれも友菱財閥の令嬢・ゆりえが世界の4大デザイナーに特注した高価な品だ。事件の裏にパンサークローがいることを知ったハニーは、ゆりえに結婚式を中止するよう申し入れる。

パンサークローが狙うのは「人魚姫の涙」という高価なイヤリング。持ち主はロックシンガーのアリナで、青児が彼女のボディーガードを務めている。人魚姫の涙は、アリナのデビュー祝いに彼女の父が贈ったものだった。

マザー・フォーチュンは、アンティークドールを使った占いで人間の運命を言い当てる。その不思議な人形に目をつけたパンサークロー。マザー・フォーチュンは、キューティーハニーが助けにくることを予見していた。

聖チャペル学園の学園長室で「麗しの貴婦人像」という貴重な美術品が発見された。パンサークローから像を盗むという予告状が届き、警戒態勢を敷くハニーたちだったが、金庫の中に閉じ込められてしまう。

かつてシスタージルの襲撃に遭って沈没した客船・シービュー号が、積み荷の金塊と共に引き揚げられることが決定。最後までシスタージルと戦って犠牲となった私立探偵も乗船しており、その人こそが青児の父親だった。

パンサークローがローズルネッサンスという伝説的な香水を狙って調香師の青年・林原薫を襲撃し、救出された薫に夏子が恋をする。2人を見守るハニーは、香水の材料になる花を採りに出かける薫に夏子を同行させる。

黄昏のプリンスからかかってきた電話が突然切れてしまった。事件を察知したハニーは、青児と共にプリンスの居所を探る。そのプリンスは財閥の令嬢・芳村エリカを怪人から救った縁で、彼女の邸宅に滞在していた。

パンサークローが新たな刺客として送り込んだ怪人・ファンタスティックバタフライは、キューティーハニーを誘い出し、鱗粉攻撃によって視力を奪う。襲撃現場に到着した青児は、倒れていたハニーを病院に運ぶが…。

シスタージルは長く意識不明だった如月博士が目を覚ましたと聞き、すぐさま空中元素固定装置の在りかを聞き出そうと締め上げにかかった。博士は装置の在りかを口にしなかったが、娘がいることが判明した。

如月博士がパンサークローのアジトから脱出を図り、青児が無事に保護するが、博士の記憶は失われたままだった。連絡を受けたハニーは青児の事務所へと急ぐが、途中でシスタージルの襲撃に遭う。

如月博士が再びパンサークローに捕らわれてしまった。こちらから敵のアジトに出向けば命を落とす可能性が高いが、ハニーは青児と共にシスタージルの居城に乗り込むことを決断。しかし、青児も人質となってしまう。

戦いから戻ったハニーの前に謎の少女・葉月聖羅が現れた。学園に転入してきた聖羅はフェンシング部に入ることになる。彼女は部のエースであるハニーを負かすなど腕前も一流で、瞬く間に学園のアイドルになるが…。

シスタージルを倒しても試練が続くハニー。父は彼女のもとを去って試練を突きつけ、聖羅は謎めいた言葉を口にした。一方、聖羅への不信感が日増しに深まるなか、パンサークローの怪人・ペガサスパンサーが現れる。

聖羅がパンサークローなのではという疑念を消せないまま、ハニーはテニス部の練習を見にきた。今日は青児が臨時コーチを務めているのだ。そこでハニーは、学園のアイドルの座を懸けて聖羅とテニス勝負を行う。

動物園に怪人が出現。ハニーが事態を収めて学園に戻ると、父・如月博士から電話がかかってきた。博士はハニーに、「空中元素固定装置は、プリンスゼラの協力を得て開発した」という驚くべき秘密を打ち明ける。

聖羅は、如月博士がハニーに愛情を抱いていることがどうしても我慢できない。自分を捨てた父が、自分ではない別の誰かに愛情を注いでいる。このためハニーを嫌い、敬愛していた博士にまで反発するのだった。

ハニーたちは夏の海に遊びにきたが、聖羅は相変わらず協調性がない。ビーチには青児も来ており、久々の依頼を受けて探偵活動に励んでいる。その依頼内容は、新婚の夫婦がなくした結婚指輪を見つけることだった。

心の奥に深い寂しさを抱えている聖羅は、いつも孤独感に苦しみ悩まされていた。そんな聖羅は、信頼するプリンスが、「憎しみの刻印」を彼女の胸に刻んだ者だと話しているのを目撃し、強い衝撃を受ける。

ハニーは自分を憎む聖羅に共に生きていこうと訴えるが、聖羅はミスティハニーに変身し、青児を人質に取って最後の対決を迫ってくる。青児はハニーの正体を知り、現れたプリンスは残酷な事実を明らかにする。

ふたつの空中元素固定装置は、如月博士とプリンスが競って開発していたものだった。不完全な方の装置をプリンスが実用化したことで聖羅が生み出され、彼女はハニーと戦うための道具に変えられたのだった。

聖羅はハニーの目の前で炎の中に消え、空中元素固定装置が形見に残された。ダークパンサーに刺された父もすでに絶命。残酷にも姉妹の心をもてあそんだプリンスに対し、ハニーは怒りに震えながら剣を繰り出す。

着々と復活を遂げつつあるパンサークロー。一方、ハニーはもう誰も戦いに巻き込みたくないと思い悩み、生活の場をひそかに青児の事務所に移そうと考えていた。それを知った夏子は引き止めようとするが…。

焼け落ちた寮の跡地で不思議な小動物を拾ったハニーは、この動物に「ダンダン」と命名し、ペットとしてかわいがることにした。しかしダンダンのせいで、ハニーたちの通学バスがゴーゴンクローに狙われてしまう。

パンサークローの怪人・エレクトリックパンサーが、世界一高価なルビー「アメリカの女王」を強奪。取り戻した者には500万円の報奨金が支払われる。ハニーと青児は、寮を再建する資金を稼ごうと捜査に乗りだした。

聖チャペル学園のOB・望月達彦は「神風」と呼ばれるレーサー。彼の出場するレースを控えたサーキットで、パンサークローが暗躍を始めた。これを察知したハニーと青児が、事件を未然に防ごうと始動する。

中近東で暴れ回るのは「砂漠の悪魔」と恐れられるスカッドパンサー。彼女には、1人の幼い女の子を助けた過去がある。その少女と出会ったのは、悲惨な殺戮が日常茶飯事となっていた泥沼の戦場だった。

聖チャペル学園の理事長邸から発見された地図と古文書は、財宝の在りかを示すものらしい。ハニーたちは鼻息も荒く、お宝が眠るというジャングルに足を踏み入れるが、行く手には危険がいっぱい待ち受けていた。

ハニーが商店街の福引きで豪華賞品を当てた。夢の列車・バイオレットトレインで旅する3泊4日のツアーだ。しかし怪人カッタークローが出現し、暴走する列車に時速100キロ以下になるとスイッチの入る爆弾を仕掛ける。

国際科学者シンポジウムに参加する予定だった科学者の1人が、パンサークローに誘拐されてしまった。それを知った学園長は、ハニーに神崎美津子という女性のボディガードになってくれるよう依頼する。

腹が減っていた青児は、水道水で空腹をごまかす以外に術を持たない。パンサークローの追跡に力を注ぐあまり本業がおろそかになり、とうとう蓄えも尽きてしまったのだ。そんな彼に、夏子が救いの手を差し伸べる。

実験用の宇宙ステーションがパンサークローに乗っ取られた。これを受けて宇宙空間に向かうハニーに、青児が危険を承知でついていく。ハニーは捕らわれて変身不能の状態に陥るが、敵の仲間割れによって勝利した。

プリンスゼラはパンサークローを離脱しており、「パンサークローは欲望そのものから生まれ、人の世に影のように寄り添い続けてきた存在」と言う。プリンスは、パンサークローのいない世界へ行こうとハニーを誘う。

ハニーとフレディクローの戦いは続き、青児とハニー親衛隊の少年は、発射準備態勢に入ったミサイルの解除に必死で取り組んでいた。発射用の制御装置を解体するためには、回路を正しい手順で断ち切らねばならない。

プロレスの観戦にきたハニーと夏子。プリンセス・ユリとコング・ザ・ヒールが激突する会場で、青児が警備員のアルバイトをしているのだ。そこにシスタージル率いるパンサークローの一団が現れ、会場を占拠する。

パンサークローの首領・パンサーゾラがハニーたちの前に出現。その途端、聖チャペル学園の一帯は深い闇に包まれ、夏子たちが地中深くに引きずり込まれてしまう。この闇は、全世界へと拡大しつつあるらしい。

シスタージルがハニーの前に立ちはだかる。闇の中にとらわれていた夏子や学園長たちは青児が救出。パンサーゾラは倒されるたびに復活するシスタージルを体内に取り込み、空中元素固定装置を奪おうとハニーに迫る。

最後の聖戦から3年の月日が流れた。大学生になったハニーは青児と結ばれ、娘の聖羅を加えた3人で探偵事務所で暮らしていた。そして今日、費用が足りずに断念した結婚式をようやく挙げるに至ったが、事態が一変する。