在一個未知的地點，屬於一個企圖捕獲Machina Linebarrel的組織——加藤機關，與以全球最大醫療設備製造商聞名的JUDA集團之間正展開激烈的戰鬥。隨著JUDA的力量被壓制，他們請求增援，而增援來自另一台名為Vardant的Machina及其駕駛員森次玲二。在他對抗敵人時，JUDA的其他成員正在討論最近敵人加藤機關的行動。與此同時，浩一的家人接納了繪美進入他們的家庭，而浩一在學校展示了他新獲得的能力和信心，擊敗了那些曾經欺負他的人。隨後，浩一對繪美表達了感謝，因為她“殺了他”，讓他獲得了新的生命。之後，加藤機關發起了新的攻擊，目的是引出Linebarrel。浩一再次被捲入戰鬥，JUDA的兩台Machina也加入戰鬥，試圖阻止敵人。然而，浩一宣稱自己才是真正的“正義”，並同時對抗雙方，未意識到他所造成的附帶傷害。在Machina撤退後，浩一宣稱他的任務已經完成，而繪美和矢島則對他造成的破壞和所作所為感到震驚。

在一個未知的地點，屬於企圖捕獲Machina Linebarrel的組織——加藤機關，與公開宣稱為世界最大醫療設備製造商的JUDA集團之間展開了激烈的戰鬥。隨著JUDA的力量逐漸不敵，他們請求增援，而增援來自另一台名為Vardant的Machina及其駕駛員森次玲二。在他應對敵人時，JUDA的其他成員正在討論加藤機關最近的行動。與此同時，浩一的家人歡迎繪美加入他們的家庭，而浩一在學校中展示了他新獲得的能力和自信，擊敗了那些曾經欺負他的人。隨後，浩一向繪美表達了感謝，因為她曾“殺了他”，賦予了他新的生命。在此之後，加藤機關發動了一次新的攻擊，試圖引出Linebarrel。浩一再次被捲入戰鬥，而JUDA的兩台Machina也參與其中，試圖阻止敵人。然而，浩一宣稱自己才是真正的“正義”，並同時對抗雙方，沒有意識到他造成的附帶損害。在Machina撤退後，浩一宣稱他的任務已經完成，繪美和矢島則對他的行為及其造成的破壞感到震驚。

浩一在駕駛Linebarrel與神秘的加藤機關作戰時，給小鎮造成了巨大的破壞。城崎為將市民捲入戰鬥感到內疚，但浩一自己卻沒有這樣的想法，他真心相信自己是正義的英雄。就在此時，由JUDA王牌駕駛員森次玲二操控的Vardant出現在浩一面前。

失去Linebarrel後，浩一陷入絕望，並將他的憤怒無情地發洩在無辜的市民身上。由於他是因子，沒有人能在沒有武器的情況下匹敵他的力量。出於對擔心浩一的新山理沙子的關心，矢島決定與浩一對峙。在傾盆大雨中，矢島和浩一展開了一場拳鬥，就在此時，一台流浪Machina出現在他們面前。

JUDA的總裁石神邦生向浩一提出邀請，讓他加入他們對抗加藤機關的戰鬥，但浩一拒絕了。然而，當雙胞胎駕駛員遠藤靜奈和遠藤泉奈陷入嚴重困境時，石神再次請求他的幫助。

浩一搬到JUDA的宿舍新公寓，並正式認識了其他駕駛員。令他驚訝的是，繪美也轉學到了他的學校。

浩一的同班同學道明寺誠開始對城崎表現得過於親近。感覺到城崎的不安，浩一向道明寺發起挑戰，但奇怪的是，他甚至無法觸碰到道明寺。後來，浩一接待了加藤機關的總裁加藤久嵩，他試圖向浩一提供加入加藤機關的機會。隨後揭示出，城崎和加藤來自不同的次元。與此同時，理沙子與城崎對峙，詢問她與浩一的關係。

浩一、森次和美海接到了一項任務，協助美軍運輸飛機撤退並殲滅那裡的敵人。這是浩一的第一次正式任務。浩一與森次組隊，迎戰由加藤機關的菅原正樹和尤里安娜·費斯福爾帶領的大量Arma部隊。與此同時，正在Painkiller上支援一般部隊撤退的美海，遭到一台新敵人Machina的攻擊。

為了了解更多關於加藤機關在世界各地部署的神秘球體的資訊，浩一和同伴們突襲了南美洲的一個加藤機關基地。然而，山下為了幫助森次而離開了自己的崗位，但卻只得到了森次冷淡的回應。

聖誕節即將來臨，浩一受邀參加理沙子組織的派對。浩一發現，JUDA小組也在籌備一個聖誕派對。對於大多數將JUDA視為家的成員來說，這更像是一場家庭聚會，而不是像浩一所想的“工作場所”派對。派對的氣氛突然被一則消息打斷：美國的一顆衛星武器被加藤機關接管，這使得加藤機關可以攻擊世界上的任何地方。浩一和山下接到摧毀衛星武器的任務，並前往外太空。

浩一和山下在外太空遇到加藤機關的新型Arma，名為八咫鏡。由鴻星陸操控的八咫鏡在控制衛星武器的同時，對世界各地發動同步攻擊。浩一試圖摧毀八咫鏡，但其驚人的機動性和速度阻礙了他的行動。從地面摧毀衛星武器的計劃也以失敗告終。在別無選擇的情況下，甚至連Linebarrel也被迫撤離戰區。

JUDA小組成員來到一個熱帶島嶼進行公司出遊。由於石神邦生的好心安排，理沙子和道明寺誠也被邀請加入。當道明寺詢問浩一誰是他的真正心上人，是理沙子還是城崎時，浩一感到尷尬。短暫的假期被打斷，小組成員一個接一個地被神秘的爬行生物抓走。

道明寺和小組成員之間仍在討論熱帶假期的話題，唯獨城崎沒有分享他們的熱情。假期也讓浩一和城崎之間留下了一道尷尬的裂痕。浩一和山下被召集參加會議，並前往石神的房間。就在那一刻，他們聽到石神房間裡傳來了槍聲。當發現森次射殺了石神時，浩一急切地想為此與他決鬥。在浩一無法擊敗森次後，城崎代替他上場戰鬥。

意外事件接連發生。石神的死亡讓人們感到悲痛，而Linebarrel的秘密被揭示，令浩一震驚，其他人，包括緒川結衣，也陷入了困惑。與此同時，與加藤機關結盟的桐山英治繼續加強對日本的控制，直到日本幾乎完全落入桐山和加藤機關之手。JUDA被認定為反國家武裝集團，並受到自衛隊陣雷旅的攻擊。浩一試圖利用僅存的Machina——Linebarrel來突破他們的防線。

浩一和城崎找到一個安全的地方，並進行了一段短暫但急需的休息。城崎開始恢復記憶，她向浩一坦白說，她害怕回想起自己早已遺忘的記憶。看到城崎極力與自己的恐懼作鬥爭，浩一做出了某種決定。然而，他們的平靜很快被突然襲擊他們的兩台由澤渡拓郎和迪米特利‧馬卡洛夫駕駛的敵機——伊達天和迦具土所打破。

帶著新的正義感，JUDA小組成員開始對抗敵人。他們的第一步是奪回被桐山和他的部隊佔領的JUDA。當浩一利用Linebarrel吸引桐山的注意力時，其他人通過緊急路線潛入設施。當他們進入時，發現該設施由JUDA的尖端安保系統保護，這些系統設置了不尋常的關卡來證明他們是JUDA小組的成員。

當矢島回來時，理沙子和浩一感到困惑，因為他們試圖隱瞞矢島“死亡”的秘密。然而，在看似良好的回歸背後，矢島在派對上向JUDA的其他人揭示了他是加藤機關新型Machina——幻影的駕駛員。隨後，他綁架了城崎，完成了加藤的任務。

按照矢島的指示，浩一前往一個廢棄的俄羅斯基地尋找城崎，但那裡等待他的只有加藤。與此同時，矢島向城崎詢問她對浩一的感情，而JUDA的其他成員則在努力保護美咲鎮免受敵人的入侵。

由菅原正輝駕駛的格萊恩尼德出現在美咲鎮，開始安裝最後一顆球體。美海、山下和由道明寺領導的震雷旅進行反擊，但無濟於事。與此同時，浩一救出了城崎並返回JUDA總部，但在途中被矢島攔住。矢島堅持要浩一停止戰鬥並回到理沙子身邊。兩人無法和解。在傾盆大雨中，矢島和浩一駕駛Linebarrel和幻影在海灘上互相搏鬥。

自上次戰鬥以來，美海的低潮狀態一直沒有消失，而PAINKILLER無法進行作戰，這進一步加劇了她的狀態。美海的拼命訓練讓她的身心俱疲。當浩一來訪時，美海終於振作起來。與此同時，加藤機關已經在全球設置了球體，準備大規模開啟多維入侵。靜奈和泉奈的任務是說服聯合國採取行動，但他們會聽嗎？

JUDA集團現在負責阻止球體的啟動。然而，山下收到了一封信，指定他執行一項特殊任務，圍繞富士山腳下的青木原樹海附近的秘密重逢。在那裡，山下必須與森次對決。與此同時，其他JUDA成員震驚地發現桐山還活著，他展示了自己新獲得的力量，試圖將他們全部摧毀。

擋在浩一面前的不是別人，正是他的宿敵——森次玲二。森次快速逼近，準備向浩一及其同伴展示他們的經驗不足和力量不及。面對森次，浩一無法獲得足夠的力量和實力，幾乎無力反擊。在Vardant激烈的戰鬥中，Linebarrel是否能展現出它的力量？

敵人的入侵已經開始，浩一和他的隊伍肩負起保衛地球的重任。浩一和他的Linebarrel決定將入侵者驅逐進時空連續體，並返回他們的維度。當浩一和他的Linebarrel衝向太空時，城崎對入侵者發起了突襲……

在其他地方，早瀨浩一只是一個普通的初中生。然而，他成為了Linebarrel的一部分，結交並失去了朋友，並找到了他最想保護的東西。就在浩一回顧他至今為止的人生時，Linebarrel最終決定展示它的真正終極形態！

這是蕾切爾·凱爾文首次訪問日本的序幕。隨後還有一個簡短的第二部分，講述瑞秋主持一檔關於JUDA集團的節目。

在拯救世界之後，浩一和他的朋友們在JUDA集團的溫泉度假村放鬆休息。浩一試圖向城崎表白他的感情，但在他還沒來得及說出口時，一群Linebarrel開始攻擊總部。隨後發現這些Linebarrel是原版Linebarrel的複製體。浩一和城崎無法啟動原版的Linebarrel，這讓他無法參與戰鬥。然而，Linebarrel本能地再次覺醒，兩人合力消滅了這些複製體。