Megumi odeia morar no pequeno vilarejo de Sotoba. Ela sonha em se formar no ensino médio e se mudar para a cidade. Apenas duas coisas mantêm seu interesse na vila, a gigante Mansão Europeia que foi recentemente construída no topo de uma colina e o menino Yuuki Natsuno.

Megumi está morta e um enterro é realizado para ela. A Dra. Ozaki fica chocada com sua morte repentina e pede permissão para realizar uma autópsia para determinar a causa exata de sua morte, mas o pai de Megumi se recusa.

O Dr. Ozaki está convencido de que Nao Yasumori contraiu a mesma doença que matou Megumi e vários outros na aldeia. Ele realiza vários testes, todos com resultados conflitantes que não correspondem a nenhuma doença conhecida. Nao morre como os outros de uma causa desconhecida.

O Dr. Ozaki tem uma reunião com a equipe da clínica e anuncia sua crença de que uma epidemia de origem desconhecida está presente na cidade e matou 19 pessoas. Ele pede que eles fiquem vigilantes ao procurar pessoas que exibam os sintomas conhecidos, mas não digam a ninguém com medo de iniciar um pânico em massa.

Seishin conversa com os parentes do falecido recentemente e descobre o padrão de que todos eles ficaram doentes e fracos apenas alguns dias antes de morrer e que muitos largaram o emprego antes de ficarem doentes. Ele também descobre que muitas famílias repentinamente retomaram a mudança no meio da noite sem contar a ninguém.

Masao acorda e se encontra deitado em um canteiro de flores, quase dois metros abaixo. Natsuno une forças com Kaori e Akira e os convence a ajudá-lo a cavar a sepultura de Megumi para confirmar se ela está realmente morta ou se "ressuscitou". Enquanto isso, após seu breve encontro com Natsuno, Dr. Ozaki se convenceu de que os vampiros são responsáveis pela misteriosa morte na vila. Ele decide ficar de olho em seu último paciente como um teste para essa nova teoria.

Natsuno, Kaori e Akira cavam o túmulo de Megumi para confirmar se ela realmente ressuscitou ou não. Encontrar seu caixão vazio Kaori é repentinamente atacado por um homem estranho cujo corpo está frio como um cadáver. Mais tarde, sem o conhecimento deles, os pais de Natsuno são visitados por uma garota estranha que pede para entrar na casa.

O Dr. Ozaki e Seishin tentam em vão salvar a vida de um paciente idoso. Depois que uma transfusão de sangue parece retornar suas forças, o Dr. Ozaki tem certeza de que descobriu a cura. Naquela noite, ele recebe uma prova irrefutável de que a praga é na verdade uma trama de vampiros. Junte-se a eles ou morra.

A casa de Natsuno é visitada por uma jovem estranha que exige ser convidada para entrar. Quando Natsuno volta para casa, seus pais contam a ele sobre a garota, mas ela se foi. Percebendo que seus pais deram permissão ao vampiro para entrar em sua casa a qualquer momento, ele se prepara para eles virem buscá-lo. Claro que será Megumi que virá atrás dele, ele fica chocado ao ver quem veio atrás dele.

Enquanto os aldeões de Sotoba debatem a causa das mortes frequentes, a xamã da cidade aponta o dedo para os moradores da mansão Kanemasa.

Natsuno aprende mais sobre Shiki e avisa Kaori e Akira para deixar a cidade antes que seja tarde.

Natsuno pode estar morto, mas ele vai se levantar? Dr. Ozaki descobre que sua esposa já está nos estágios finais de drenagem do sangue. Depois que ela fica reta durante a noite, ele diz a todos que cuidará dela, mas como cuidar de um morto?

O pai de Kaori desmaia de repente. Na clínica, o Dr. Ozaki estuda o cadáver de sua esposa em busca de pistas sobre como combater o Shiki.

O Dr. Ozaki tenta contar a verdade aos habitantes da cidade, mas é ridicularizado pelos moradores que acreditam que ele está sobrecarregado na clínica. Ele então tenta reunir evidências para informar o mundo exterior do que está ocorrendo, apenas para descobrir que os Shiki assumiram o controle do governo local e alteraram todos os registros para que ninguém tenha morrido na cidade no papel. Desmoralizado e exausto, Dr. Ozaki fuma do lado de fora de sua clínica quando Natsuno aparece e lhe diz que não está sozinho.

Kaori e Akira encontram sua mãe perto da morte. Akira decide entrar em ação e vai ao templo para coletar talismãs para afastar Shiki enquanto Kaori prepara as estacas. Ao mesmo tempo, Tooru é convidada para um chá com Sunako e descobre suas origens como Shiki.

Seishin descobre que seu pai acamado desapareceu sem deixar vestígios. Kaori aparece no templo coberta de sujeira, seu cabelo e olhos enlouquecidos de desespero e implora a Seishin para dar seus últimos direitos para que ela esteja pronta quando Megumi vier matá-la como o resto de sua família.

Natsuno recebe a visita de Tatsumi, que o informa que ele é um dos quatro conhecidos “lobisomem” Shiki, aqueles que podem andar ao sol. Naquela noite, Tooru é levado para as cabanas onde os Shiki colocam os corpos esperando para ver se eles se viram. Lá dentro, ele encontra a enfermeira Ritsuko, mas se recusou educadamente a beber sangue. Ao mesmo tempo, o Dr. Ozaki começa seu plano para destruir Shiki, enganando a bela, mas vaidosa Chizuru, fazendo-a vir ao festival da cidade sob o pretexto de estar sob seu controle.

Com a aldeia finalmente acreditando no Dr. Ozaki sobre o Shiki, eles começam a planejar como exterminá-los. Sunako ouvindo sobre a morte de Chizuro ordena que Tatsumi prepare o Shiki para acabar com a aldeia matando ou virando a mordida nos sobreviventes.

Com o primeiro dia chegando ao fim, a vila matou muitos Shiki, mas o Dr. Ozaki acredita que eles não mataram a maioria. Tooru é forçado a tomar uma decisão sobre a recusa de Ritsuko em beber sangue e, ao amanhecer do segundo dia, uma nova forma de ataque é revelada pelo Shiki.

Os moradores finalmente descobrem onde Sunako está escondido. Tatsumi cria uma distração para atraí-los enquanto Seishin tenta levá-la para um local seguro.

A montanha está em chamas e ameaça engolfar toda a cidade. Ao mesmo tempo, o Shiki final faz seu último esforço para escapar.