リュンカが巻き起こした東京湾怪光事件から数ヶ月。バーディーとつとむの二心同体生活は相変わらず続いていた。ある日、バーディーに任務が下る。リュンカ事件のきっかけを作った犯人たちが、地球に逃亡したという。それを見つけ出し、逮捕するというものだ。そんな捜査の途上、バーディーはある懐かしい人物と出会い…。

幼い頃、まるで兄妹のようにいつも一緒だったナタルとの再会を喜ぶバーディー。そんな二人の姿を面白くないと思う少女がいた。翔子である。彼女はリュンカ事件で死亡したナタルの親友の妹で、自身もリュンカ事件で怪我を追い入院していたのだ。一方のバーディーは捜査を進め、ついに逃亡犯の一人を追い詰めるのだが…。

リュンカ事件の際、廃墟と化してしまった六本木一帯。その避難所を取材に訪れたのは、早宮ひきいる報道研即席メンバー。その前に現れた、まりなとたくみ、という二人の子供。避難所を案内してあげるというのだが、それは、ガイド料目当てなのだった。一方、つとむは避難所内の診療所にナタルの姿を見つけて…。

逃亡犯たちの逮捕は依然として難航していた。それどころか、バーディーが手がかりを掴んで辿り着くと、犯人は必ず何者かによって殺害されている。いたちごっこの状況に業を煮やしたバーディーは、強行手段に出る。地球人に変身できる擬装チップを密売している売人を尋問し、犯人へ繋がる手がかりを得ようとするが…。

バーディーが仲間を殺害していると勘違いした逃亡犯たちが、バーディーをおびき寄せて返り討ちにしようとイルマを誘拐した。イルマ奪還のため指定場所に向かったバーディーだったが、そんな彼女を軍出身のガトールが離れたビルからスコープで狙う。バーディーは攻撃を受けつつも、なんとかイルマ奪還に成功するが…。

ガトールの攻撃のダメージによりバーディーとつとむは精神融合を起こしかけていた。バーディーの精神消失を食い止めるべく、バーディーの意識深層へマインドダイブを決行するつとむ。そこには、アルタ人迫害の風潮にさらされながらも養育係のマリオネット・ヴァイオリンと平穏に暮らす幼き日のバーディーの姿があった…。

クリステラ・レビが招いた「アクラバルの悲劇」。その犠牲者を追悼する式典がセントラルタワーで行われようとしていた。つつがなく式典が執り行われようとしていたその時、大きな爆発音がしてタワーが崩壊を始める。テロが再び引き起こされたのだ。混乱を極めるタワーには、ヴァイオリンとバーディーもいた…。

リュンカ事件により、兄を失った翔子の元に、彼女の親戚が里親を申し出た。ナタルのそばを離れたくない翔子は彼に相談しようとするが、バーディーとナタルが親密にしている所を目撃し、ショックで病院を飛び出してしまう。翔子の行方を追って街を駆け回るバーディーとナタル。つかまりたくない翔子は、二人を振り回す…。

モスの攻撃を受ける中、隠されていた『力』が覚醒したナタル。その場は回避できたものの、病院で再びモスの襲撃に遭ったナタルは立ち上がれぬ程に消耗し、室戸のアパートに匿われることになる。残された時間がわずかだということを悟ったナタルは、室戸や翔子、そしてバーディーの前から去る決意をするのだった…。

つとむの学校の文化祭が明日に迫ってきた。六本木廃墟など、これまでに取材してきたことを発表するため、準備に追われる早宮たち。その一方、ナタルが消息を絶って以来、すっかり塞ぎこんでしまっているバーディーを元気づけたいと気にしていたつとむは、発表用の廃墟の写真の中にあるものを発見してしまい…。

いよいよ文化祭が始まった。学校はたくさんの出し物で賑わっている。だが、バーディーとつとむはそんな楽しく幸福な会場を後にする。ナタルに会いに行き、そして真実を確かめるために…。そのころナタルは、残された時間で自らの目的を果たすために最後の行動に出ていた…。

真実を求め、最後の戦いに挑むバーディー、つとむ、そしてナタル。その先にあるものは…