宇宙連邦捜査官のバーディーは、あるものを持ち出したギーガーを追い、地球へやってきた。地球人として生活しながらギーガーの行方を探ろうとするバーディーだったが、有力なてがかりもつかめないまま、アイドル「有田しおん」となり、グラビアの誌面を飾る毎日だった。そんな折、ようやくギーガーの情報が手に入るが…。

バーディーとギーガーとの戦いに巻き込まれたつとむは、瀕死状態の身体を修復する間、バーディーの心に自分の精神を宿した「二心同体」で生活を送ることになった。信じられない事実を受け入れようとするつとむ。そんな中、早宮たちは交通事故に遭ったクラスメイトである中杉小夜香の見舞いに行こうとつとむを誘って…。

普通の生活を送りたいつとむは、「自分の許可なくバーディーにならない」という条件を出す。それを承知するテュートだが、それが面白くないバーディー。一方、交通事故で重傷だったはずの小夜香は、事故の後遺症もなく、むしろ以前よりも元気で快活な少女になっていた。そんな小夜香をつとむは、少しづつ意識し始めて…。

連邦につとむの体の修復が正式に受け入れられた。一時帰還するバーディーとつとむ。メギウスやスケルツォなど、懐かしい面々との再会も早々に、バーディーは裁判所から呼び出しを受ける。先の宇宙空間での捕り物劇の際逮捕された被告の証人喚問のためだ。だが、その裁判の最中に神祇官のネーチュラーが介入してきて…。

連邦の首都オリオテーラにあるアルタ人街で爆破テロが発生、偶然居合わせた同盟側の領事ゲラブが巻き込まれる事件が起きた。テロの首謀者は「新秩序革命戦線」という組織と、その主導者キンゼルだった。声明文を出し新たなるテロを予告するキンゼル。その交渉人として、キンゼルはバーディーとネーチュラーを指名して…。

小夜香の邸宅で退院祝いのパーティーが開催された。事故から奇跡の生還を遂げた小夜香は、よく笑う快活な少女になっていた。一方、つとむはバーディーの捜査に無理やりつき合わされ、パーティーに行くに行けない羽目に。だがその頃小夜香も、皆と楽しい時間を過ごしつつも、心の底ではつとむの来訪を待ち続けていた…。

地下鉄構内で連続殺人事件が起きた。その事件が起こる時には、近隣のラジオやテレビから「呪いの歌」が聞こえてくる…という噂が流れていた。一方、バーディーも一連の事件に地球人以外が関与していると直感し、捜査に飛び出す。が、しおんの姿で自宅を出ようとした矢先、つとむの姉であるはづみが帰ってきてしまい…。

夏休みを利用して、小夜香の別荘で合宿をすることになった一同。山間部の過疎地帯、沢尻村。そこにある別荘で楽しい一時を過ごすつとむ、小夜香、そして他の面々。しかしそんな中、小夜香に近づく影があった。「早く目を覚ませ。君は生まれ変わった」。影は小夜香に、そう囁く…。

沢尻村で起こった怪事件の影響を受け、東京に帰れなくなってしまった一同だったが、そんな彼らの元に、勝利や室戸、そしてシャマランが訪れる。その夜、事件現場を捜査するバーディーに、突如襲い掛かる影が。それはバーディーとほぼ互角、あるいはそれ以上の戦闘能力を持つマリオネット・オンディーヌだった…。

沢尻村から戻ってから塞ぎがちになってしまった小夜香。そんな彼女を元気づけるため、つとむは小夜香をお台場へ誘う。まるでデートのようなシチュエーションにドキドキするつとむ。だが一方で、バーディーはリュンカの行方について、ある考えに至っていた。それはバーディーにも、そしてつとむにとっても残酷なもので…。

つとむの本来の体の修復が完了した。近く元に戻れるという。しかしそんな中、中杉家にある事件が起こり、小夜香と連絡がつかなくなってしまう。心配したつとむは、少しでも小夜香の力になれないかと奮闘する。そんなつとむに、バーディーはついに真実を打ち明ける。それを聞いたつとむは…。

小夜香がシャマランの元へ身を寄せた。自らの願望を実現すべくシャマランは最終段階へと入っていた。彼は小夜香を、そして東京すべてをもその渦に巻き込んでゆく。そして最後の時がくる。ついにリュンカが目覚めたのだ。「見えざる死」が東京でも起ころうとしている。食い止めようとするバーディーだが…。

熾烈を極めるバーディーとリュンカの戦い。激しい戦いの先にあるのは一体？ そしてその時つとむは、そして小夜香は…？