宇宙連邦捜査官のバーディーは、あるものを持ち出したギーガーを追い、地球へやってきた。地球人として生活しながらギーガーの行方を探ろうとするバーディーだったが、有力なてがかりもつかめないまま、アイドル「有田しおん」となり、グラビアの誌面を飾る毎日だった。そんな折、ようやくギーガーの情報が手に入るが…。

熾烈を極めるバーディーとリュンカの戦い。激しい戦いの先にあるのは一体？ そしてその時つとむは、そして小夜香は…？

リュンカが巻き起こした東京湾怪光事件から数ヶ月。バーディーとつとむの二心同体生活は相変わらず続いていた。ある日、バーディーに任務が下る。リュンカ事件のきっかけを作った犯人たちが、地球に逃亡したという。それを見つけ出し、逮捕するというものだ。そんな捜査の途上、バーディーはある懐かしい人物と出会い…。

バーディーが仲間を殺害していると勘違いした逃亡犯たちが、バーディーをおびき寄せて返り討ちにしようとイルマを誘拐した。イルマ奪還のため指定場所に向かったバーディーだったが、そんな彼女を軍出身のガトールが離れたビルからスコープで狙う。バーディーは攻撃を受けつつも、なんとかイルマ奪還に成功するが…。

つとむの学校の文化祭が明日に迫ってきた。六本木廃墟など、これまでに取材してきたことを発表するため、準備に追われる早宮たち。その一方、ナタルが消息を絶って以来、すっかり塞ぎこんでしまっているバーディーを元気づけたいと気にしていたつとむは、発表用の廃墟の写真の中にあるものを発見してしまい…。

いよいよ文化祭が始まった。学校はたくさんの出し物で賑わっている。だが、バーディーとつとむはそんな楽しく幸福な会場を後にする。ナタルに会いに行き、そして真実を確かめるために…。そのころナタルは、残された時間で自らの目的を果たすために最後の行動に出ていた…。

真実を求め、最後の戦いに挑むバーディー、つとむ、そしてナタル。その先にあるものは…