連邦の首都オリオテーラにあるアルタ人街で爆破テロが発生、偶然居合わせた同盟側の領事ゲラブが巻き込まれる事件が起きた。テロの首謀者は「新秩序革命戦線」という組織と、その主導者キンゼルだった。声明文を出し新たなるテロを予告するキンゼル。その交渉人として、キンゼルはバーディーとネーチュラーを指名して…。

沢尻村で起こった怪事件の影響を受け、東京に帰れなくなってしまった一同だったが、そんな彼らの元に、勝利や室戸、そしてシャマランが訪れる。その夜、事件現場を捜査するバーディーに、突如襲い掛かる影が。それはバーディーとほぼ互角、あるいはそれ以上の戦闘能力を持つマリオネット・オンディーヌだった…。

リュンカが巻き起こした東京湾怪光事件から数ヶ月。バーディーとつとむの二心同体生活は相変わらず続いていた。ある日、バーディーに任務が下る。リュンカ事件のきっかけを作った犯人たちが、地球に逃亡したという。それを見つけ出し、逮捕するというものだ。そんな捜査の途上、バーディーはある懐かしい人物と出会い…。