宇宙連邦捜査官のバーディーは、あるものを持ち出したギーガーを追い、地球へやってきた。地球人として生活しながらギーガーの行方を探ろうとするバーディーだったが、有力なてがかりもつかめないまま、アイドル「有田しおん」となり、グラビアの誌面を飾る毎日だった。そんな折、ようやくギーガーの情報が手に入るが…。

バーディーとギーガーとの戦いに巻き込まれたつとむは、瀕死状態の身体を修復する間、バーディーの心に自分の精神を宿した「二心同体」で生活を送ることになった。信じられない事実を受け入れようとするつとむ。そんな中、早宮たちは交通事故に遭ったクラスメイトである中杉小夜香の見舞いに行こうとつとむを誘って…。

普通の生活を送りたいつとむは、「自分の許可なくバーディーにならない」という条件を出す。それを承知するテュートだが、それが面白くないバーディー。一方、交通事故で重傷だったはずの小夜香は、事故の後遺症もなく、むしろ以前よりも元気で快活な少女になっていた。そんな小夜香をつとむは、少しづつ意識し始めて…。

連邦につとむの体の修復が正式に受け入れられた。一時帰還するバーディーとつとむ。メギウスやスケルツォなど、懐かしい面々との再会も早々に、バーディーは裁判所から呼び出しを受ける。先の宇宙空間での捕り物劇の際逮捕された被告の証人喚問のためだ。だが、その裁判の最中に神祇官のネーチュラーが介入してきて…。

連邦の首都オリオテーラにあるアルタ人街で爆破テロが発生、偶然居合わせた同盟側の領事ゲラブが巻き込まれる事件が起きた。テロの首謀者は「新秩序革命戦線」という組織と、その主導者キンゼルだった。声明文を出し新たなるテロを予告するキンゼル。その交渉人として、キンゼルはバーディーとネーチュラーを指名して…。

小夜香の邸宅で退院祝いのパーティーが開催された。事故から奇跡の生還を遂げた小夜香は、よく笑う快活な少女になっていた。一方、つとむはバーディーの捜査に無理やりつき合わされ、パーティーに行くに行けない羽目に。だがその頃小夜香も、皆と楽しい時間を過ごしつつも、心の底ではつとむの来訪を待ち続けていた…。

地下鉄構内で連続殺人事件が起きた。その事件が起こる時には、近隣のラジオやテレビから「呪いの歌」が聞こえてくる…という噂が流れていた。一方、バーディーも一連の事件に地球人以外が関与していると直感し、捜査に飛び出す。が、しおんの姿で自宅を出ようとした矢先、つとむの姉であるはづみが帰ってきてしまい…。

夏休みを利用して、小夜香の別荘で合宿をすることになった一同。山間部の過疎地帯、沢尻村。そこにある別荘で楽しい一時を過ごすつとむ、小夜香、そして他の面々。しかしそんな中、小夜香に近づく影があった。「早く目を覚ませ。君は生まれ変わった」。影は小夜香に、そう囁く…。

沢尻村で起こった怪事件の影響を受け、東京に帰れなくなってしまった一同だったが、そんな彼らの元に、勝利や室戸、そしてシャマランが訪れる。その夜、事件現場を捜査するバーディーに、突如襲い掛かる影が。それはバーディーとほぼ互角、あるいはそれ以上の戦闘能力を持つマリオネット・オンディーヌだった…。

沢尻村から戻ってから塞ぎがちになってしまった小夜香。そんな彼女を元気づけるため、つとむは小夜香をお台場へ誘う。まるでデートのようなシチュエーションにドキドキするつとむ。だが一方で、バーディーはリュンカの行方について、ある考えに至っていた。それはバーディーにも、そしてつとむにとっても残酷なもので…。

つとむの本来の体の修復が完了した。近く元に戻れるという。しかしそんな中、中杉家にある事件が起こり、小夜香と連絡がつかなくなってしまう。心配したつとむは、少しでも小夜香の力になれないかと奮闘する。そんなつとむに、バーディーはついに真実を打ち明ける。それを聞いたつとむは…。

小夜香がシャマランの元へ身を寄せた。自らの願望を実現すべくシャマランは最終段階へと入っていた。彼は小夜香を、そして東京すべてをもその渦に巻き込んでゆく。そして最後の時がくる。ついにリュンカが目覚めたのだ。「見えざる死」が東京でも起ころうとしている。食い止めようとするバーディーだが…。

熾烈を極めるバーディーとリュンカの戦い。激しい戦いの先にあるのは一体？ そしてその時つとむは、そして小夜香は…？

リュンカが巻き起こした東京湾怪光事件から数ヶ月。バーディーとつとむの二心同体生活は相変わらず続いていた。ある日、バーディーに任務が下る。リュンカ事件のきっかけを作った犯人たちが、地球に逃亡したという。それを見つけ出し、逮捕するというものだ。そんな捜査の途上、バーディーはある懐かしい人物と出会い…。

幼い頃、まるで兄妹のようにいつも一緒だったナタルとの再会を喜ぶバーディー。そんな二人の姿を面白くないと思う少女がいた。翔子である。彼女はリュンカ事件で死亡したナタルの親友の妹で、自身もリュンカ事件で怪我を追い入院していたのだ。一方のバーディーは捜査を進め、ついに逃亡犯の一人を追い詰めるのだが…。

リュンカ事件の際、廃墟と化してしまった六本木一帯。その避難所を取材に訪れたのは、早宮ひきいる報道研即席メンバー。その前に現れた、まりなとたくみ、という二人の子供。避難所を案内してあげるというのだが、それは、ガイド料目当てなのだった。一方、つとむは避難所内の診療所にナタルの姿を見つけて…。

逃亡犯たちの逮捕は依然として難航していた。それどころか、バーディーが手がかりを掴んで辿り着くと、犯人は必ず何者かによって殺害されている。いたちごっこの状況に業を煮やしたバーディーは、強行手段に出る。地球人に変身できる擬装チップを密売している売人を尋問し、犯人へ繋がる手がかりを得ようとするが…。

バーディーが仲間を殺害していると勘違いした逃亡犯たちが、バーディーをおびき寄せて返り討ちにしようとイルマを誘拐した。イルマ奪還のため指定場所に向かったバーディーだったが、そんな彼女を軍出身のガトールが離れたビルからスコープで狙う。バーディーは攻撃を受けつつも、なんとかイルマ奪還に成功するが…。

ガトールの攻撃のダメージによりバーディーとつとむは精神融合を起こしかけていた。バーディーの精神消失を食い止めるべく、バーディーの意識深層へマインドダイブを決行するつとむ。そこには、アルタ人迫害の風潮にさらされながらも養育係のマリオネット・ヴァイオリンと平穏に暮らす幼き日のバーディーの姿があった…。

クリステラ・レビが招いた「アクラバルの悲劇」。その犠牲者を追悼する式典がセントラルタワーで行われようとしていた。つつがなく式典が執り行われようとしていたその時、大きな爆発音がしてタワーが崩壊を始める。テロが再び引き起こされたのだ。混乱を極めるタワーには、ヴァイオリンとバーディーもいた…。

リュンカ事件により、兄を失った翔子の元に、彼女の親戚が里親を申し出た。ナタルのそばを離れたくない翔子は彼に相談しようとするが、バーディーとナタルが親密にしている所を目撃し、ショックで病院を飛び出してしまう。翔子の行方を追って街を駆け回るバーディーとナタル。つかまりたくない翔子は、二人を振り回す…。

モスの攻撃を受ける中、隠されていた『力』が覚醒したナタル。その場は回避できたものの、病院で再びモスの襲撃に遭ったナタルは立ち上がれぬ程に消耗し、室戸のアパートに匿われることになる。残された時間がわずかだということを悟ったナタルは、室戸や翔子、そしてバーディーの前から去る決意をするのだった…。

つとむの学校の文化祭が明日に迫ってきた。六本木廃墟など、これまでに取材してきたことを発表するため、準備に追われる早宮たち。その一方、ナタルが消息を絶って以来、すっかり塞ぎこんでしまっているバーディーを元気づけたいと気にしていたつとむは、発表用の廃墟の写真の中にあるものを発見してしまい…。

いよいよ文化祭が始まった。学校はたくさんの出し物で賑わっている。だが、バーディーとつとむはそんな楽しく幸福な会場を後にする。ナタルに会いに行き、そして真実を確かめるために…。そのころナタルは、残された時間で自らの目的を果たすために最後の行動に出ていた…。

真実を求め、最後の戦いに挑むバーディー、つとむ、そしてナタル。その先にあるものは…