Alla Shibusen gira voce che Sid, uno degli insegnanti della scuola, sia morto e che ora voglia che anche gli studenti seguano la sua fine. Scampando alla lezione tenuta dal provvisorio professore Spirit, Maka, Soul, Black Star e Tsubaki vengono mandati dal Sommo Shinigami a seguire un corso di recupero al cimitero. I quattro studenti devono sconfiggere lo zombie di Sid e capire chi lo abbia ridotto così. Sconfittolo, scoprono che il responsabile è Franken Stein un maestro d'armi che in passato era stato un allievo della Shibusen. Così Maka e gli altri raggiungono la casa di Stein.

Quando sembra la fine per Soul e Maka, giungono nella basilica il Dr. Stein e il padre di Maka Spirit, i quali capiscono le capacità del sangue nero. In tal modo Stein, sfruttando l'onda della sua anima, riesce a neutralizzare Crona scagliandolo fuori dall'edificio. Tuttavia entra in scena il misterioso personaggio che manovra Crona, la potentissima strega Medusa. Essa però non ha intenzione di combattere e fugge portando via Crona con sé. Ritornati a casa, Soul viene ricoverato nell'infermeria della Shibusen e si scopre che il sangue nero ha infettato il suo corpo.

The Kishin and the Grim Reaper tear into each other with unimaginable levels of power. Before this ultimate clash between good and evil concludes, great sacrifices will be made.

With her friends fallen, Maka must find the strength to face the Kishin alone. The world is in jeopardy and evil is poised for certain victory - until something stirs deep inside the young Meister’s heart.