Dopo aver catturato l'uovo di Kishin numero 99, Maka Albarn, maestra d'armi, e Soul Eater, la sua arma, devono catturare l'anima di una strega. I due tentano di prendere quella di Blair e, dopo alcuni tentativi, riescono nel loro obiettivo. Però, quando è ormai troppo tardi, Maka e Soul si accorgono che Blair è una gatta dai poteri magici e non una strega. Blair sopravvive in quanto i gatti hanno sette vite, mentre Soul e Maka devono quindi ripetere la cattura delle uova di Kishin dall'inizio.

Quando sembra la fine per Soul e Maka, giungono nella basilica il Dr. Stein e il padre di Maka Spirit, i quali capiscono le capacità del sangue nero. In tal modo Stein, sfruttando l'onda della sua anima, riesce a neutralizzare Crona scagliandolo fuori dall'edificio. Tuttavia entra in scena il misterioso personaggio che manovra Crona, la potentissima strega Medusa. Essa però non ha intenzione di combattere e fugge portando via Crona con sé. Ritornati a casa, Soul viene ricoverato nell'infermeria della Shibusen e si scopre che il sangue nero ha infettato il suo corpo.