Dopo aver catturato l'uovo di Kishin numero 99, Maka Albarn, maestra d'armi, e Soul Eater, la sua arma, devono catturare l'anima di una strega. I due tentano di prendere quella di Blair e, dopo alcuni tentativi, riescono nel loro obiettivo. Però, quando è ormai troppo tardi, Maka e Soul si accorgono che Blair è una gatta dai poteri magici e non una strega. Blair sopravvive in quanto i gatti hanno sette vite, mentre Soul e Maka devono quindi ripetere la cattura delle uova di Kishin dall'inizio.

I quattro studenti raggiungono la casa di Stein, che sembra intenzionato a compiere un esperimento sui ragazzi. Soul, Maka, Tsubaki e Black Star lo affrontano senza avere successo. Si scopre che il padre di Maka era stato per cinque anni arma di Stein e quest'ultimo aveva condotto degli esperimenti su di lui. Vedendo il grande coraggio dei ragazzi, Stein dichiara finito il corso di recupero. In realtà era tutto programmato e Maka e gli altri rimangono senza parole. Il giorno successivo, i ragazzi scoprono che Stein ha sostituito Sid come loro insegnante.

Maka, dopo lo scontro con la spada demoniaca, è rimasta traumatizzata e non ha il coraggio di vedere la cicatrice di Soul. La ragazza si prefigge di diventare più forte e, da una discussione con il padre Spirit, scopre dell'infezione che ha colpito la sua arma. Nel frattempo Black Star viene mandato da Sid a sistemare la biblioteca, ma non ne ha nessuna voglia. In quel momento giunge Kid in cerca di un libro sulla leggendaria sacra spada Excalibur. Anche Black Star se ne interessa e i due maestri d'armi intraprendono un viaggio alla ricerca della leggendaria spada, la più potente arma esistente. Giunti a destinazione, i due trovano l'arma leggendaria, ma non si rivelerà affatto quello che speravano. Infatti, come rivela anche Stein, chiunque è in grado di impugnarla, ma non esiste nessuna anima in grado di sopportare la sua personalità.