Maka e Soul sono stati inviati a Firenze per una missione extra scolastica che consiste nello sconfiggere Sanson J, un pluriomicida divoratore di anime umane. Nel frattempo un gruppo di teppisti importuna un maestro d'armi nella Basilica di Santa Maria Novella, ma questi su ordine di un personaggio misterioso, li uccide tutti e fa ingoiare alla sua arma le loro anime. Maka e Soul, completata la missione, si accorgono di quanto è accaduto e si recano sul luogo dell'evento. Scoprono che il maestro d'armi si chiama Crona e che la sua arma, Ragnarok la spada demoniaca, è parte del suo corpo e che nelle sue vene scorre sangue nero. Essi sono molto vicini a diventare Kishin e per questo Maka li sfida per punirli. Tuttavia lo scontro procede a vantaggio di Crona che, grazie al sangue nero, non sente molto i colpi né subisce delle ferite. Quando Maka si trova in confusione e non sa più come agire, Crona tenta di ucciderla, ma Soul Eater difende la sua maestra d'armi facendosi ferire gravemente.

With her friends fallen, Maka must find the strength to face the Kishin alone. The world is in jeopardy and evil is poised for certain victory - until something stirs deep inside the young Meister’s heart.